˙後期（真心）阿賴耶識

前期阿賴耶識是妄心唯識論，認為人要去除阿賴耶識的兩個妄性才能恢復到純淨阿賴耶識的圓成實性，但後期受到如來藏清淨本性——佛性思想影響，轉而強調阿賴耶識原本自性清淨，所以人人都可以成佛，就如深層的大海是如如不動的，妄象只是它表面的波浪，因此也有經就將雜染的阿賴耶識稱為第八識，將完全清淨的阿賴耶識稱為第九識，《楞嚴經》：「以阿摩羅識為第九，總立之為九識者，似至真諦三藏，始見其說。」並認為滅第八識才能立第九識，《決定藏論》：「阿羅耶識滅，此識滅故一切煩惱滅。阿羅耶識對治故，證阿摩羅識。」不過一般多認為阿賴耶識就是雜染和清靜兩面，不需分類。

唯識前後期差別在於，前期認為妄境依於妄心，為客觀唯心論；後期認為妄境雖依於妄心，但也是不離真心，一切事相與理性，雜染與清淨，皆統攝於真心之中，所以是更透徹的主觀唯心論。（曹志成，1997）

因為後期唯識強調真心，所以也稱真心唯識學、無為依（無為法所依）唯識學，此時阿賴耶識也等同如來藏了，如《入楞伽經》：「阿梨耶識名如來藏。」

˙後期（心性）如來藏

如來藏原本是講眾生都有清淨的佛性，後期與唯識結合，故又稱心性如來藏，也兩者合稱，《入楞伽經》：「欲證勝法如來藏阿梨耶識者，應當修行令清淨故。」同時也連帶認為如來藏是宇宙緣起，如《央掘魔羅經》：「一切法是如來藏所作。」後來《法嚴經》講「一切唯心造」、「三界唯心、三世唯心」，這裡的心指的也是如來藏。

此時如來藏還是實有的，但自性從「無始以來恆有」變成了「不生不滅」，《能顯中邊慧日論》：「不空如來藏過恒沙不離不脫不異。不思議佛法。即楞伽經云。如來藏識不生不滅。」不過受了空觀思想影響，也開始有經說，如來藏只是一種方便說，跟涅槃等同，《入楞伽經》說：「為諸一切愚癡凡夫，聞說無我生於驚怖，是故我說有如來藏；而如來藏無所分別寂靜無相，說名如來藏。大慧！未來現在諸菩薩等，不應執著有我之相。」

˙結論

最後要特別回顧強調三點，方能不誤解主流識藏思想。一者，識藏是無始以來「個自」存在的，而有一個根本、大一統的本體識藏，也非個別識藏是從本體識藏脫離出來的，否則便是梵和梵我。二者，宇宙是個自阿賴耶識幻象的總合，而非一個根本、大一統的本體識藏所發起，否則就是梵。三者，識藏的本性都是實有的，而這個實有本性理論從無始恆有進化成不生不滅，只有識藏雜染後生起的妄象（宇宙）是虛妄的。

識藏理論的起始雖然託言是彌勒菩薩傳授的，但實者是歷代祖師們「論證」出來的，它可能可以自我解釋宇宙與人類的緣起與過程，但這並非「證實」出來的，基本原理仍是出自無法解釋與證實的自我假設，譬如為何無始以來識藏即存在？為何識藏會有兩面三性？為何識藏的本性就是清淨佛性……而這就是人類思維到了「究竟」一定會面臨的無解之謎。

但不能否認，就哲學立場而言，識藏理論提供了一個非常龐大繁複的辯證架構，成為世界哲學史上重要、獨特、完整的唯心緣起論、認識論和認知心理學，而且它擺脫人須依附於造物主才能存在的神權觀，同時更認同人人皆可成佛，因而使人更重視修行的實踐，對人的獨立與完成是一大鼓舞。