3、下座和尚的紛擾：因為當時印度經常發生飢荒，所以許多人混進沙門蹭飯（國家與富商供養沙門很大方，以便日後可以生天），這些蹭飯比丘一再逾矩，逼得佛陀要不斷制定戒律，也讓教團陷入混亂。《雜阿含經．卷第四十一．一一四四》記載，世飢饉，乞食難得，阿難與眾多年少比丘人間遊行至南天竺，有三十年少弟子捨戒還俗，迦葉責問阿難，阿難解釋說，諸多惡人以為伴黨，相破壞故，惡人於僧中住，映障大眾，分為二部，互相嫌諍。所以迦葉便罵阿難說：「汝是童子，不知籌量。」可見下座和尚很多敗壞紀律，也敗壞佛團秩序。

4、教團的尼怨與尼諍：一般認為佛教是第一個成立教團的沙門，其實耆那教才是，但佛陀是第一個成立女性出家教團的，當時印度極度重男輕女，甚至認為女性不能接受宗教洗禮，因而無法獲得宗教重生，所以不是再生族。雖說佛陀一開始並不想收女比丘，認為女人有九惡法，但後來還是因姨母大愛道的緣故成立比丘尼教團，這在當時已經是創舉了，同時女性也能修成最高等的阿羅漢獲得解脫，在耆那教裡，女性只能先在來世變成男生，然後才能修成正果，所以不要再說佛陀重男輕女了（但到了大乘佛教又回復先轉男身才能成佛）。不過佛陀還是為比丘尼制定更多戒律，地位也低於比丘，而且比丘尼如果已經得道，還是不能收徒。

當初極力說服佛陀接受比丘尼的是阿難，但「大迦葉出身於豪富的名族，生性為一女性的厭惡者」（《華雨集》第三冊，印順），所以教團的比丘尼自然擁護阿難，每每對大迦葉有許多責難，大迦葉說法時還會吐槽，大迦葉自然也更厭惡她們，後來還出了一夥六大惡尼（六群比丘尼）經常惹是生非，甚至誣賴得道阿羅漢對她性侵。乃至佛陀剛涅槃時，迦葉責難阿難九事中，有三件與女性有關，可見比丘尼在佛陀教團一直是爭議點。（一說，阿難長得俊美又對女性比丘與信徒和善，所以獲得她們的支持，此說頗有誣衊之嫌，從經看，阿難對人原本就和善退讓，而迦葉則固執又咄咄逼人。）