佛陀滅度之後大迦葉和阿難續掌教主，等他們也都滅度後不久，佛教教團就開始正式分裂，進入部派佛教，最後佛教在互相流血式的攻訐中於印度正式滅亡（見《雜阿含經．六四〇》）。其實佛陀在世時就已經預言這樣的結局了，所以常常勸誡僧眾之間不可諍鬥，因此我們應該更正視佛陀教團的紀律問題，時時引以為戒，並不需加以粉飾！以下所說的分裂，都不是所謂的「根本佛教分裂」，因為當時尚未分裂出部派，只是佛陀教團的派系與分裂。

1、始終存在的異議勢力：佛陀教團並非一派和諧，甚至能以波濤洶湧來形容，佛陀在世時祂的堂兄弟提婆達多即因戒律見解不同，帶領眾多教徒出走，公然分裂（第六點詳）。當時佛陀雖然受記提婆達多因破和合僧會下地獄，但後世經典紛紛為他平反，說他雖在地獄但仍大自在，《法華經》甚至說他後來也被佛陀受記成佛，唐三藏西天取經時還見過提婆達多的教派，可見當時他也是以「佛」的名義在弘法，同時也可見，提婆達多應該沒有那麼壞，而且他提出的是更嚴格而非鬆散的戒律，所以事件起源應該是戒律紛爭而非奪權鬥爭。

也有人認為，提婆達多與他的擁護者，包含有名的「六群比丘」（六個成群結夥的惡僧）都是佛陀的釋迦族，也都是高貴種姓，所以看不起十方比丘，因而造成分裂，這說法也不對，因為六人中有多人在當時或日後得道，後世也多有人為其平反，可見他們也只是活躍的異議分子而已。

2、上座的多重山頭：因為佛陀允許祂的上座弟子（具足戒滿十年，或過十個夏安居，又說二十年、三十年不等）不分長隨或外在（長年追隨佛陀或長年在外遊行的）都可自收門徒，所以教團也自成派系而且不太和睦。1)長隨上座部分，譬如修頭陀（苦行）的大迦葉即經常當著佛陀的面或私下苛責修多聞的阿難及他的弟子紀律鬆散，後來又不允許阿難參加結集（最後妥協了，因為親聞佛法最多的，就非阿難莫屬）。佛陀過世後，教團就分成大迦葉、阿難和優波離三大集團，可見三大派系應該是佛陀在世就心照不宣的存在了。2)外在上座部分，因為他們更貼近民眾，所以對佛法和戒律的解讀會更趨於方便，因此見解也多有不同，但對法、戒的解釋權往往在長隨上座，佛陀過世後，大迦葉馬上召開結集以便釐清統整佛陀教法時，便以長隨上座的窟內結集為主；而外在上座便以次長老婆師波（最初五比丘之一，已證阿羅漢）自行聚眾進行窟外結集，因此也埋下日後教團正式分裂成上座部與大眾部的種子，而婆師波也被追奉為大眾部始祖。