˙識藏理論的缺失與矛盾

識藏無始以來即各自本有的思想會構成佛學邏輯的自我矛盾，解讀如下。

1、如果每個人最初的識藏都是清淨、不二、形上的，那又有甚麼差異、分別呢？所以應該是為一的，你不能說它是不二的，卻又是分別的，這便形成悖論。但人類的思考工具，不管是數學或邏輯，如欲探討「究竟」，最終會陷入這種悖論，見〈人類能解開終極緣起之謎嗎？〉。

2、如果每個識藏都是無始以來本自俱在的，並因而產生五蘊我想的妄執，那跟每個人都有永恆存在的靈魂其實相當類似，如果「大我識藏」違反無梵論，那麼「小我識藏」也應該違反佛陀否認有永恆靈魂的無我論。

3、婆羅門把人類與宇宙緣起推到一個梵，他不能解釋梵怎麼來的，就推說梵非我們凡人可知，如此只是落得一個不夠究竟。但佛教陷入的困境卻更嚴重，如果每個識藏都是無始以來本自俱在的，那不就等於有眾多個梵？如果這些識藏是定數的，那有幾個？如果是無量多個，那就有無量多個梵，比婆羅門只有一個梵還令人燒腦！而且，這個數量的問題，還會牽扯到有多少眾生數的問題，會有定數量（但不知此數為何）或無量數眾生？

4、識藏理論造成佛學四面楚歌。1)如果承認「大我識藏」，那不管承認「小我識藏」與否，都是承認梵，此路不通。2)如果否認「大我識藏」又否認「小我識藏」，等同回到佛陀的十四無記或中觀空論，學術沒有進展，此路亦不通。3)最後只好否認「大我識藏」卻承認「小我識藏」，但如此則是矛盾於自己「無我」的基本法則，而他所能辯解的便是「小我識藏」不等同永恆靈魂，但其實有點牽強。

所以後來佛教會被印度教（經過改良的新形態現代婆羅門教）創始人阿迪·商羯羅辯到一蹶不振，並非沒有道理，其中當然也包含識藏理論的矛盾。