馬英九基金會事件鬧到馬英九親自出馬要法辦親信，家務事愈鬧愈難看，更埋下內部團結與兩岸關係的隱憂。此情此景猶如2013年馬王政爭再現，此後爆發太陽花學運，國民黨自此不振；如今這場基金會紛爭，恐讓國民黨再陷危機。
馬英九目前最明確的指控，僅是質疑蕭旭岑任首席執行長卻沒有書面人令；對於蕭旭岑、王光慈的財政紀律問題則沒有明確說法，只有質疑不知道兩人去大陸談了什麼，有沒有接受捐款也要查清楚。別說證據了，其實連指控的內容也不具體。
蕭、王隨馬近20年，諷刺的是，馬卸任後受三中案追殺，被扣背信罪名，蕭、王一路陪他度過官司，馬卻回頭懷疑對方背信。但目前看來明確的爭議點僅是人事案疑義，馬英九卻要司法介入，身為國家前元首，一言九鼎，掌握了絕對話語權，如此大動干戈，就算最後司法查無實據，兩位親信是否恐先社會性死亡？
藍營內部對馬的道德潔癖是愛恨交雜，清廉是他的優點，但他對一些事的堅持卻誤了黨。比如他大量啟用學者任官，而非國民黨政治菁英，就此造成黨的人才斷層；2013年《服貿協議》剛簽，就急於發動馬王政爭，更給黨帶來難以治癒的打擊。
當年馬王或因有著競合關係，才導致馬認為王踩到道德紅線而執意發動政爭；如今類似場景再度發生，馬揮刀砍下的人卻是長年跟隨自己的親信。尤其，蕭旭岑現在還是國民黨副主席，也是負責國民黨目前兩岸聯繫的窗口，馬此時找來司法介入，勢必對國民黨的兩岸政策帶來難以預料的衝擊，更讓綠營找到攻擊的破口。多年過去馬的問題仍不見改善，昏聵彷彿又再現。
