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2001年間淡水馬偕醫院醫學研究科研究員林媽利醫師，針對一六七位台灣閩南、客家人，以及七十五位屏東、新竹客家人等二項血液分析研究中，從其組織白血球抗原半套體（HLA）中發現，台灣閩南、客家的祖先並非來自中原漢族，反而應該是南方民族的後代。

林醫師這項參考二十五項醫學、人類學等學術資料的研究發表論文，近來在台灣社會引起相當大的震撼，巔覆了台灣閩客族群屬於漢族的傳統看法。在台灣人常見的白血球抗原類型A33-B58-DRBI*03，所佔的比率極為接近，而且其基因頻率的距離相近，因而推斷台灣的閩南、客家人，從血統眼光看來，其祖先並非來自北方的漢人，反而與東南亞的南方民族較為接近。

日本大阪醫科大學教授暨遺傳學會會長松本秀雄，耗時十七年於1985年發布出版的著作，該書針對世界民族的基因比對研究資料，也發現與林媽利醫師部分類似的看法，松本秀雄當時出版的「日本民族的源流」一書指出，亞洲地區的人種皆源於古蒙古人種，後來於距今一萬～五萬年前的冰河時期開始移動，一部分向北移動成為北蒙古種，另一部分則向南方移動，成為南方蒙古人種，中國北方的漢族屬於北蒙古種，與南方蒙古種出現相當大的差異。松本秀雄針對世界人種的基因群研究資料發現，自稱漢人的台灣閩南人擁有的南方系基因群Gm afb3st為0.762，比台灣原住民族群的0.643，高出0.119。

另外， 自稱漢人的台灣閩南人的北方系基因Gm ab3st為0.002，遠低於台灣高山族原住民的0.047；顯見 自稱漢人的台灣閩南人所擁有的北方漢人血統相當稀薄。松本秀雄的檢驗結果也發現，世界上最純種的南方人種，為印尼婆羅洲東半部西里博斯的少數民族，其北方基因為零，南方基因系群高達0.766，比自稱漢人的台灣閩南人的0.762還高。