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林醫師2005到2008參加國科會的大型計劃，南島民族分類與擴散：人類學、考古學、遺傳學、語言學的整合研究，林醫師的團隊從事遺傳學的部份。在2007年林醫師的團隊已收集完大部份台灣原住民族群的血液檢体，就差幾個重要的平埔族，如噶瑪蘭的檢体，許多學者認為很可惜，2006年林醫師另外在進行國人血緣調查的時候認識了當時已經卸任的游鍚堃前院長，他一直主張林醫師應該對噶瑪蘭族的遺傳做調查，並說他在任職時與噶瑪蘭族正名運動的耆老很熟。

林醫師便和林醫師也認識的噶瑪蘭族精神領袖偕萬來長老聯繫，同時聯繫花蓮縣新社區潘金榮頭目、李文勝頭目，期待採檢工作可以順利進行，林醫師團隊研究的目的是「了解噶瑪蘭族的遺傳組成，與隣近族群的關係，及推論其來源及發展」。以林醫師在各部落採檢的經驗，林醫師通常是以電話說明，然後佐以信件或公文聯繫到可以接觸部落民眾的關鍵人物，如牧師、長老、頭目、村里幹事，然後通過關鍵人物的帶領，再到部落收集檢體。

林醫師在2007年1月12、13日率領兩位專任研究助理何俊霖、林政賢到花蓮縣豐濱鄉新社村噶瑪蘭部落，抵達後晚間與潘金榮頭目、李文勝頭目、周智慧鄰長，及原住民代表謝宗修先生聊天討論第二天如何向族人採檢事宜,他們也討論在林醫師去之前他們召開部落會議的結果（大部份的人同意林醫師去）。

第二天清晨潘金榮頭目用2次廣播通知族人前來提供檢体，早晨七點就有族人來，兩位助理依照族人吐口水的時間長短，向他們介紹我們做的研究是什麼，第二天先收集到24個檢體，然後到香蕉𢇁產業編織工坊去參觀及收集，林醫師於是在工坊遇到潘朝成，潘朝成質疑林醫師採檢體沒有經過部落會議的同意，潘金榮頭目向潘朝城解釋確實曾經部落會議的討論及獲得大部分參與會議者的同意參與，林醫師繼而與潘先生解釋約30分鐘。

2月15日給噶瑪蘭族精神領袖偕萬來長老打電話時，才知道林醫師回來後兩天就有三位從台北去的教授（陳叔倬、戴華、邱文聰）去部落調查，月底再去一次與族人開會，在會議時做出結論：族人不應該提供口水給林醫師，族人沒注意到自己的權益，如果讓林醫師發現他們有混血，怕會影響剛剛成功的噶瑪蘭族正名運動，偕長老說三位教授的發言在部落裡引起很大的風波，族人紛紛簽名要求收回口水。

3月24日林醫師再打電話給偕長老，偕長老說這個事件演變成這樣結果不是潘朝成一個人的責任，而是有加入從台北來的三個教授(陳叔倬、戴華、邱文聰)共同造成的。三月二十二日花蓮噶瑪蘭發展協會潘朝成發函馬偕醫院要求馬偕醫院限期在四月一日拿檢體到噶瑪蘭部落，並在族人面前銷毁口水、DNA檢體。馬偕醫院隨即於四月一日在新社村噶瑪蘭部落面前，銷毀檢體。

林醫師檢討後認為如有瑕疵的話，只在於林醫師選擇用國科會以前通過簡易型的舊版本的同意書，而沒有用新的冗長4頁的同意書，怕引起族人自卑，但舊版也涵蓋簡短的目的，方法，預期試驗効益，參加計劃受試者個人權益受到保護，就是不公開隠私，可隨時退出等，加上當時2007年全台的人体試驗委員會管理尚未上軌道，以致林醫師和助理們沒有注意到之只有留下一份考備的同意書給族人。

「噶瑪蘭口水事件」當下林醫師選擇保持緘默，主要的原因是當時噶瑪蘭族的總人口數只有5000多人，他們剛好正名成功，林醫師和他們一樣對正名很珍惜，她不想公開取口水時的實況和噶瑪蘭族人對質，讓噶瑪蘭的耆老們尷尬，因此她決定不做任何傷害他們的事情，選擇不為自己辯白，不管排山倒海來的批判，這件事甚至到現在還被當成學術倫理的教材在流傳。林醫師相信這些事的真相總有一天會攤開在陽光底下。

2008年林醫師讀到陳叔倬掛名在中國復旦大學人類學院發表的有關「台灣原住民與中國傣族等父系血緣的關係」(BMC EvolutionaryBiology 2008, 8:146)的文章中，陳叔倬就是林醫師在前面講的林醫師2007年1月到到噶瑪蘭部落採集口水2天後，隨後3個教授去部落調查引起風波中的一個，該論文記載220名台灣原住民的DNA檢體被送去中國上海的復旦大學分析。

這220人涵蓋大部份的台灣原住民:
阿美族(28人)、
排灣族(22)、
泰雅族(22)、
魯凱族(11)、
卑南族(11)、
鄒族(18)、
布農族(17)、
賽夏族(11)、
巴宰族(21)、
西拉雅-馬卡道族(37)、
邵族(22) 。