1543年，哥白尼〈天體運行論〉一書初版，書中提出了「日心說」，與當時已經存在一千多年且普遍為基督教世界所接受的「地心說」舊天文學說相抗。新學說最初的命運如何呢？
其實，日心說的主要論點，在1533年就已經大體形成，但是，哥白尼非常低調，憂慮張揚新說會引來各方的攻擊，直到他去世的前一年才勉強將書付印，初版只印了幾百本。而他本人據說只在彌留的前一刻才看到印出的樣書。
幾個世紀以後，有人指稱他所寫的〈天體運行論〉是一部徹底改變歷史卻沒人讀過的書。要說〈天體運行論〉是一部沒人讀過的書，顯然不實。但是，出書當時讀過的人想必無幾，因為書的內容非常專業、艱深。重要的是，書出以後的外界反應如何呢？
其實，初時外界並沒有什麼太強烈的反應。天主教廷將〈天體運行論〉列為禁書，是在1616年，是在出書七十幾年以後。外界一開始沒有太強的反應，想來主要是因為書的內容不為一般外人所知。即使是在天文學界，多數學者也只將該書視為「星表」，是查對星體的運行位置用的工具書，並未立即注意到該書的重大歷史意義。
1600年，一位那不勒斯的布魯諾因為宣揚哥白尼的日心說而遭火刑。不過，進一步了解，布魯諾之死可能不只是因為他宣揚日心說，主要是因為他藉著新的宇宙觀強烈批判基督教神學。〈天體運行論〉一書日後被列為禁書，可能反而是因為受布魯諾案的牽連影響。弔詭的是，〈天體運行論〉很可能也因為此案而更廣受注意。
約在1610年時，伽利略發現了木星的衛星，這對「地心說」形成嚴重挑戰，因為地心說主張所有的星球都圍繞大地運轉。但是，伽利略直到60歲的晚年，1633年，才被宗教裁判所判處終身監禁，稍後改為在家軟禁。而他支持日心說的著作也同時被禁。
在西方，這段科學發展的歷史，一般被認為是科學發展受阻於天主教會，特別是教會的狹隘與專斷。但是，一種新的科學知識或思想遭受這樣的阻滯、打壓命運或許未必是最壞的。最壞的命運或許是新知識被提出後完全無人理會，就這樣任其自生自滅。中國南北朝時的祖沖之提出的「勾股弦定理」（類似「畢氏定理」），大概就屬於這種命運，要等到一千多年以後，人們學到西方的數學，才讀懂了中國人自己所寫的數學論述。
思想有人批判，至少還會引起注意與討論，思想無人理會，幾乎形同從未存在。中國歷來所曾出現過的另類思想、知識，想來有不少面臨類似的命運。中國人過度注重實務面的思維，以及過度習於直觀式思維的文化習性對於科學知識的發展其實起著遠比天主教更大的阻滯效果。
不過，我們不妨再切近些審視哥白尼提出日心說後的遭遇，特別是外界如何反駁或回應他的論點。或許我們會發現，即使在今天，某些另類思想也還是繼續在遭受類似的打壓命運。而那些從事打壓思想的人，或許本身並不自覺自己所為何事。
在華人世界裡，對於哥白尼提出日心說一事，也有一定程度的重視。但是，當時他的學說究竟如何被打壓，打壓者的心態、思維究竟為何，其實一般人並無心細究。這是遺憾的事，因為我們仍然可能在不自覺間進行著類似的思想打壓的行為。只是我們並不去反省，也就不太可能意識到自己行為的問題。我們很容易會認為，只有舊時代的人或持特定信仰的人才會要打壓新思想，我們並不會做出這麼愚蠢的事。
那麼，就讓我們再多花點時間來看看當時打壓日心說者們的具體說法吧。未來有暇，我再嘗試指出當代的我們又如何在無意間打壓了可能的新思想。
以下的資料譯自維基百科英文版。
神學家兼天文學者托洛桑尼Giovanni Maria Tolosani，是佛羅倫斯聖馬可修道院的修士，曾撰〈論聖經真理〉一文，批駁」哥白尼的天文學說。他仿阿奎那（十三世紀歐洲重要神學家）的理性主義，從哲學論證批判哥白尼的學說。
除了訴求於基督教聖經與傳統外，他也以三項主要論點來論證哥白尼「日心說」的荒謬，因為他認為日心說未獲證明且無依據。首先，哥白尼假定大地(Earth，即今日所謂「地球」)在運動，卻未提供可演繹出此等運動的物理理論（一般人沒有注意到，對哥白尼理論的研究日後會導致整個物理學領域的反省）。其次，托氏批評哥白尼的思維過程拙劣。他認為哥白尼是先有特定想法，再去找現象去支持這個想法，而不是先觀察現象，再由此演繹出導致現象發生的原因。在此，托氏把哥白尼的數學公式類比於畢塔哥拉斯的做法（雅里斯多德曾批評過哥白尼，後來的阿奎那也曾接踵批判哥白尼）。亞氏主張，數學數字只是心智的產物而非物理真實，所以數字無法提供自然探究中的物理原因（如此則否定了數學物理學的可能性）。
有些當時的天文學假設（譬如「本輪」epicycles與「偏圓心」eccentrics等）被認為只是數學設計，用來調整天體運行位置的計算，而非解釋運動的原因。（當哥白尼仍然持完美軌道觀點時，他就依賴「本輪」概念。）這種「節省現象」被視為天文學與數學不能被當做確定物理原因的正規手段之證明。持此觀點，托氏對哥白尼進行了終極的批判，說他最大的錯誤就是源於用下層(inferior)的科學領域來對上層(superior)領域做出宣告。哥白尼用了數學與天文學來論述物理學與宇宙學，而不是先用已經被接受的物理學與宇宙學來確定天文學與數學之事。因此，哥白尼似乎損壞了當時整個的科學哲學系統。托氏認為，哥白尼掉入某種哲學錯誤，因為他未能精熟物理學與邏輯---任人何沒有這種知識，就只能是個差勁的天文學者，而不能區辨真假，因為他不能符合阿奎那所定下的科學真理的判準。托氏認為，哥白尼學說只能視為是未獲證明的粗野理論。
托氏注意到，哥白尼出書的序言並非由哥白尼本人所寫。其主旨稱整個天文學都無法做出真理宣稱。托氏否認這一點。雖然他仍然認為哥白尼企圖描述物理真相的企圖是錯的，他還是覺得把序言放入書中很可笑（但他並不知道這個序言並未經哥白尼本人授權）。托氏寫道：由於序言的這些話，本書作者（指哥白尼）的愚蠢遭到了斥責。哥白尼企圖藉著愚蠢的努力，恢復畢塔哥拉斯的微弱無力意見（火元素是宇宙的中心）。這很久以前就應該被毀棄，因為它明顯違反人類理性，也背離神聖命令。從此種情境，很容易就會在天主教聖經闡釋者與賭氣要跟隨此等錯誤意見者間出現歧見。我們寫這些小作品，就是為了避免這種醜聞。托氏宣稱：哥白尼既未閱讀、也未能了解哲學家雅里斯多德與天文學家托勒密的論點。他寫道：哥白尼在物理科學與邏輯上水準還不夠。猶有甚者，他似乎也拙於解釋聖經，因為他違反聖經中的一些原則，這有可能會使他不忠於他自己及他的書的讀者。…哥白尼的主張沒有什麼力量，很容易就被拆解，因為反對一種長期為每個人都接受（因為有很強的理由）的意見是很愚蠢的事，除非反駁者有更強的、不可消除的證明，且完全能消除對立者的理由，但是他絲毫沒能做到。托氏宣稱，他撰寫這些反駁意見目的是為了神聖教會的共同利益而要來衛護真理。不過，儘管托氏在其著作中下了不少功夫，這篇文章並沒有被發表，而可能是放在佛羅倫斯聖馬可多明尼各修道會的圖書館裡，有待由未來的控訴者引用（據信，多明尼各會的多瑪索卡其尼修士Tommaso Caccini在發出1613年12月駁伽利略的佈道文前曾閱讀過該文）。
梅蘭克森Melanchthon發表其「物理學基礎學說」一書，提出三個論點反對哥白尼，分別是「感覺證據、科學人的千年共識與聖經權威」。梅氏痛斥哥白尼的新理論，說是「有些人因為愛好新奇或為了顯示聰明，而主張地動說。他們不認為第八球體或太陽運動，而把運動歸於其他球體，還把大地(Earth)也歸入天體之一。這種玩笑並不是最新的發明。在現存阿基米德的「論沙粒清算者」一書裡，他報告說，古希臘薩摩斯(Samos)的天文學家雅里斯塔克斯(Aristarchus)就提過這種詭論，說「太陽靜止不動，而大地(Earth)繞著太陽旋轉」。即使巧妙的專家著手進行許多的研究以彰顯他們的靈巧，如此公開宣告荒謬意見還是不得體，而且立下有害的例子。梅氏繼續引述聖經章節，並宣稱「受到此等神聖證據的鼓舞，讓我們珍惜真理，不容我們自己偏離，不因為那些把為藝術帶來混淆視為知識榮耀之徒的惡作劇而偏離。在「物理學基礎學說」的第一版，梅氏甚至質疑哥白尼的品德，認為哥白尼的動機若不是愛好新奇，就是為炫耀聰明。不過，在這本書1550年的第二版裡，大幅刪除了這類人身攻擊。
一位天主教傳教士英格理（Francesco Ingoli）在1616年一月寫了篇短文，批評哥白尼的學說站不住腳，甚且是神學上的異端。雖然我們並不是很確定，不過他很可能被宗教法庭任命就此一爭議寫出其專家意見（在1616年
