電視節目【臺灣大代誌】今年2月8日播出的集數，當中有一段介紹臺南普濟殿的廟宇神蹟、信徒故事、廟方人員訪談，而本文在此也就分享一些臺南普濟殿營運建物興建、增擴建或改建的歷史，還有地理位置上的特色。

經查詢相關歷史資料，臺灣清治時期，康熙二十五年（1686年），普濟殿初次重建落成，由坐南朝北改為坐北朝南，為臺灣府城最早的王爺廟。

乾隆十一年（1746年），石文耀等人發起重修。嘉慶二十二年（1817年），石克纘等人再度發起重修。單龍盤柱為嘉慶戊寅年所落款。當時北港朝天宮開山住持-樹壁禪師（臨濟正宗第34代）的再傳弟子 邇蓮禪師(臨濟正宗第41代) 任普濟殿主持，出資取得寺廟右側土地，用以加蓋偏殿。邇蓮禪師圓寂後，同屬樹壁禪師法脈之瑞芳禪師（臨濟正宗第43代）於嘉慶、道光年間任普濟殿住持。

咸豐五年（1855年）的〈普濟殿重興碑記〉，記有捐款為石鼎美、黃謙記、蔡振益、陳合成、黃邦記、吳昌記、魏茂源、林致和。其中石鼎美即石時榮，在嘉慶年至同治年間，府城的大小公眾事務捐輸都能見其紀錄，建有石鼎美古厝。

清治末期，此廟為負責佛頭港、新港墘港、兌悅門等地治安的七合境之一，財力為成員中最大，聯境主廟則是老古石集福宮。

臺灣日治時期的20世紀初，此殿設有名為「鏞鏘社」的京劇團。昭和17年（1942年），粗糠崎土地公廟被廢後，廟中神像被安置於普濟殿內。在日治末期的1944年，普濟殿遭盟軍轟炸，廟前拜亭毀損；同年新營太子宮與普濟殿中斷交陪境。1945年，寺廟再次發起重修。

民國55年(1966年)後，聖君廟法主公神像安置於普濟殿內。民國63年(1974年)，普濟殿又再度重修，始成今貌，其正殿與偏殿大門開口方向相左，較為特殊。

約1990年代，臺南普濟殿開始會在池府千歲聖誕舉行救濟貧困，此後多年來未曾間斷。每年有三次救助活動，分別在農曆6月18日的池府王爺聖誕、農曆3月8日的張府聖君聖誕、農曆2月19日觀音佛祖的聖誕日。

民國100年(2011年)，台南大天后宮舉辦遶境，新營太子宮與普濟殿恢復中斷60多年的交陪境。民國102年(2013年)，台南市政府嚴厲管制廟會只能在神轎進出廟各放一串鞭炮、晚上十時後不可製造噪音，引發兩極反應，廟方人員與市議員謝龍介因而抗議市長賴清德。

2014年起，廟方在台灣元宵節前後舉行創意彩繪花燈比賽，次年臺灣網友票選普濟殿燈會為全台灣春節十大必看燈會之一。

2015年臺南市登革熱疫情，殿方依照古禮點雄黃、起硫磺、灑淨水、驅瘟疫，並以「蜘蛛八卦穴」為中心，向外各大街小巷皆佈連炮進行除疫儀式。殿方解釋此些儀式為祖先常用，或許不具科學根據，但至少讓市民心安。

2021年因COVID-19疫情影響，普濟殿元宵花燈7年來首度停辦。

2025年，普濟殿依主神指示啟建乙巳年百年王巡五朝禳災祈安福醮，經管委會查過去文獻發現上科王巡醮地舉行年份已經是180年前了。本科王巡醮原本由新營太子宮、南勢街西羅殿和六合境馬公廟聯合掛主普，因為恭請交誼境神尊時發生爭議，由西羅殿單方面宣布斷交，聯合馬公廟一同退出王巡醮，後來由普濟殿邀請四聯境另外三間廟宇贊普。

臺南普濟殿現址臺南市中西區普濟街79號(坐標：N22.99890，E120.19915)，經查位於《臺南市主要計畫》商業區，目前除基本的建物增擴建或改建受《建築法》、《臺南市建築管理自治條例》規範外，土地使用也會受到《都市計畫法》、《都市計畫法臺南市施行細則》的規範。

而依照《都市計畫法臺南市施行細則》第16條規定，目前臺南市的都市計畫商業區土地興修宮廟，無須經過臺南市政府都市發展局的許可，不過與宮廟同樣牽涉民俗信仰、風水命理之事項的公墓、殯儀館、火化場、骨灰（骸）存放設施等，臺南市的都市計畫商業區是有明確禁止施設。

此外，臺南普濟殿也因為鄰近臺南航空站，而被依照《民用航空法》、《航空站飛行場助航設備四周禁止限制建築物及其他障礙物高度管理辦法》規定，劃入禁止或限制建築地區或高度管制範圍之內，後續增擴建、改建至少會受它倆規範。

在環境敏感區方面，臺南普濟殿也位於24小時降雨量超過500mm便有淹水風險的地域，以及位在土壤液化中潛勢區，廟方人員允宜平日做好防洪排水與防震事項，並視需要進行建物健檢。