我們每天吃的食物中，幾乎都含有各式各樣的微生物，這是自然界正常的現象。但是自人類學會了各種烹煮食物的方法後，除了美味可口以外，更可殺滅或減少微生物，讓人們吃的更安全。然而，微生物並非都是有害的，有益的微生物也相當多，例如：以微生物發酵生產有用的物質，如抗生素、味精、酒、醬油、醋等，此時我們吃的是微生物的代謝產物而非微生物本身；另有一類有益的微生物，我們吃的是微生物本身，如乳酸菌、香菇、靈芝、冬蟲夏草、酵母菌等，其中乳酸菌和部分酵母菌則常以活的微生物狀態進入人體，這類微生物對人體健康有正面功效。
     學術上的用詞Probiotics，中文譯為「益生菌」或「原生保健性菌種」，為科學家經研究證實後，於1965年首度發表，目前Probiotics的定義可為「活的微生物，可改善宿主(如動物或人類)腸內微生物相的平衡，並對宿主有正面的效益」；經過科學家近四十年來的研究，有些益生菌的功效比原先的定義更為廣泛；而益生菌主要所指的即是乳酸菌和部分酵母菌。

     益生菌(Probiotics)係俄羅斯細菌學家及1908年諾貝爾醫學及生理學獎得主Eile Metchnikoff博士，依觀察保加利亞地區居民因常飲用醱酵乳獲得長壽，並從醱酵乳中分離出Lactobacillus bulgaricus，認為此菌株和使人們腸中去除毒素有關。Probiotics係由微生物產生，能刺激其他微生物生長之物質；亦有學者認為益生菌是活的微生物，以單一或混合菌株，用於人類或動物，因攝食後可改善宿主腸內菌態平衡，因而促進宿主之健康。

     專家對益生菌一詞大約形成四個共識：

1.必須是經由活菌作用，雖然死細胞證實有生理上之功能，但在消費者及科學的認知上則認定益生菌必須是活的微生物。

2.必須表現出可偵測的生理優點，且經由導入特定的生物體內研究證實此優點。

3.不侷限食品應用及經口服方式，可應用於藥品或外用敷料。

4.不限作用機制，只要對宿主具保健康功效均可視之，且不特別要求菌株在胃腸道中存活，其代謝產物在體內具生物活性即可。

除上述共識外，益生菌必須是一般公認安全(generally recognized as safe, GRAS)的菌株。目前常用為益生作用之微生物主要為乳酸桿菌、酵母菌、以及真菌。

(本文節錄自「環境與生態學報」第1卷第2期(2008年)，原文作者為徐旭昇(賴永美飼料有限公司)、李炎(國立台東大學生命科學研究所)