依據行政院農業委員會99年12月7日農授漁字第0991390869號公告：自100年元月1日起，參加基本安全訓練人員需繳交保證金並簽訂訓練保證金行政契約書，參加訓練人員於完成訓練後一年內累計出海從事漁業勞動三個月以上者，得於完成訓練後一年三個月內申請退還保證金，

各班別保證金金額如下：

(1)   漁船船員基本安全訓練班：新臺幣六千元。

(2)   小型漁船(筏)漁船船員基本安全訓練班：新臺幣四千元。

(3)   漁船船員基本安全訓練補訓班：新臺幣二千元。

(4)   養殖漁筏船員基本安全訓練班：新臺幣一千元。

漁業署委託全國各地海事水產職校辦理之基本安全訓練班，不受理現場候補。參加本署遠開中心自辦班次之現場後補人員，得於開訓當日上午07:00開始排隊登記, 上午08:00開始辦理報到，已報名人員應於08:30前完成報到。餘額於08:30以後開放現場候補人員依序遞補，候補人員以現金繳交保證金。

依據行政院農業委員會99年8月10日農漁字第0991321887號令，期滿換發漁船船員手冊（或同等級幹部船員執業證書）者，僅需檢附原領漁船船員手冊（或幹部船員執業證書）正本，及其他相關文件至縣（市）政府辦理，無需檢附基本安全（或幹部船員）訓練結業證書 ，亦刪除查核海上經歷及重新接受訓練之規定。