鳳山的基督長老教會是在西元1867年由馬雅各醫生創立，當時馬雅各醫生原本只是借用在地一間小屋進行佈道，後來在埤頭(今鳳山)的北門購買一所房屋作為禮拜教堂，於西元1868年受英國母會派駐台灣宣教的傳教士李庥牧師從高雄來到鳳山協助傳教的工作。

至今鳳山基督長老教會已歷經百年之久，中間其實也經過多次整修重建，才有現今令人相當驚豔的風貌。