一般人的印象裡，既然朱印船千里迢迢地由長崎出發，遠赴東南亞貿易各地進行貿易，似乎運回日本的應該會是東南亞地區的特產；可是，很令人意外的，朱印船貿易運回日本的商品裡，絕大部分是中國產的生絲以及絹布。

有兩個原因，造成這樣的結果。首先，雖然日本當地也出產生絲以及絹布，但和中國相比，兩者的品質無法相提並論。再者，德川家康（1543～1616）平定天下後，隨著太平之世的到來，人們對於高級衣物，也就是中國絹的需求也隨之增加。

但是，此時的明朝（1368～1644）政府，因為曾經吃過倭寇苦頭、再加上文祿、慶長之役（1592～1598）裡，與當時的日本軍在朝鮮交戰的緣故，不僅堅拒日本商船進入中國港口，也禁止中國商船航向日本。雖然有些中國船，以走私方式，把中國的生絲、絹布賣進日本，但這些杯水車薪的貿易量，根本無法滿足日本市場。

所謂窮則變、變則通，因為明朝並未對東南亞各港口實施海禁，中國商船遂利用這個漏洞，滿載生絲與絹布，航向東南亞各個港口，等到朱印船靠岸後，再互相交易。除了中國製品外，製作武具時的必需品，例如：鯊魚皮、鹿皮等等，以及砂糖等東南亞特產品，都透過朱印船，大量地輸入日本。

附帶一提的是，當時的荷蘭人便透過這個管道，利用朱印船停泊台灣的機會，把台灣當地鹿皮、鹿肉等等銷往日本…隨著雙方貿易往來，鹿皮、鹿肉的銷量也逐步增加。雖然朱印船貿易因為德川幕府的鎖國政策，於西元1635年終止，但根據荷屬東印度公司於西元1634年～西元1638年間的統計，在短短四年內，鹿皮的銷售量由十一萬張、成長為十五萬張。

而日本透過朱印船輸出的物品，除了銅、銀與硫黃外，還有銅錢與日本刀等等工藝品。特別是當時的明朝，已經發生白銀不足的現象，所以朱印船上的白銀，特別受到主要交易對象，也就是中國商人的喜愛。再加上當時日本的石見銀山（島根縣大田市），大量盛產白銀，雙方一拍即合，白銀變成雙方交易時，主要決算的方式。

可惜的是，隨著德川幕府（1603～1867）開始鎖國政策，盛極一時的朱印船貿易日趨沒落。寬永八年（1631），做為「鎖國政策」的過渡措施，德川幕府實施所謂的「奉書船制度」。朱印船出海時，除了原先的「朱印狀」外，還須取得由老中發出的「奉書」（ほうしょ），才能到東南亞進行貿易。

原先不具強制性的「奉書船制度」，從寬永十年（1633）變成強制性措施，嚴禁沒有取得「奉書」的「朱印船」出港，從此，「朱印船貿易」已經名存實亡。寬永十二年（1635），德川幕府除更進一步地，完全禁止日本船出航海外、甚至也禁止原先滯留海外的日本人歸國。在這個措施下，終於讓「朱印船貿易」劃下句點，而日本與東南亞各地的貿易利益，從此便由荷屬東印度公司獨佔。

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