早從日本南北朝時代（1336～1392）起，九州、瀨戶內海出身的武士、或是海賊，紛紛劫掠中國與朝鮮沿岸地區，這就是所謂的「倭寇」。十六世紀後半起，隨著葡萄牙人來訪日本，不只日本當地對國外的關心越來越高；就在這個時候，東南亞當地也出現了日本人的足跡…
當豐臣秀吉（1537～1598）完成統一之後，為了鎮壓倭寇、與管理日本對外貿易的需要，於天正廿年（1592），要求有意進行海外貿易的人，必須取得許可，也就是朱印狀（しゅいんじょう）後，才可以出航。自此，開啟了「朱印船貿易」時代…
令人遺憾的是，雖然豐臣秀吉首開「朱印船貿易」先河，殘留至今的相關資料卻所剩無幾…目前所能掌握的資料，都是江戶時代（1603～1867），與「朱印船貿易」有關的相關記錄。
在關原之戰（1600）中取得勝利、並確立天下霸權的德川家康（1543～1616），本身對海外貿易相當熱心，除了聘請漂流到日本的William Adams（1564～1620）做為外交顧問外，也向東南亞各地派遣使者，希望能和對方建立外交關係。更將豐臣時代開始實施的「朱印船貿易」制度化，從慶長九年（1604）開始、到寬永十二年（1635）為止，一共派遣350艘以上的朱印船，進行對外貿易。
這個時期的「朱印船貿易」有幾個特點：首先，「朱印船貿易」係以長崎為母港，統一由此出發、並返回此處。另外，「朱印船貿易」的目的地，並不包括當時的中國（明朝）以及朝鮮各港口。
這是因為，明朝當時禁止與日本船貿易，只有澳門因處於葡萄牙人的控制下，故不在此限。而日本與朝鮮間的貿易，當時由對馬藩全權負責，因此也不由幕府發給許可。
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