戰國時代（西元1493年～西元1573年）開始，水軍越發地活躍。例如：志摩（三重縣東部志摩半島）守護出身的九鬼氏，在九鬼嘉隆（西元1542年～西元1600年）率領下加入織田軍團，成為織田水軍的中堅。不論是在長島（三重縣桑名市）討伐一向一揆（天正二年、西元1574年）、或是發生於天正四年（西元1576年）和天正六年（西元1578年）的第一次與第二次木津川口（大阪灣木津川口）之戰，都可以看到九鬼水軍的奮戰紀錄。隨著織田信長死亡，九鬼水軍也歸入豐臣麾下，繼續為其統一天下而戰。

豐臣秀吉（西元1537年～西元1598年）除重用九鬼水軍外，也讓仙石秀久（西元1552年～西元1614年）、加藤嘉明（西元1563年～西元1631年），小西行長（西元1555年～西元1600年）及脇坂安治（西元1554年～西元1626年）等，從小開始栽培的武將，成為淡路（淡路島、目前為兵庫縣的一部分）和四國等地沿海地區的大名。再由他們編成水軍，參加九州征伐（西元1587年）與小田原之役（西元1590年）。

豐臣秀吉完成九州征伐後，在天正十六年七月八日（西元1588年08月29日）發佈了「刀狩令」與「海上賊船禁止令」。上一篇介紹中曾經提過，以保障航行安全為名，收取金錢這件事，是海賊眾重要的經濟來源。但隨著「海上賊船禁止令」的實施，這種行為被視為非法而遭到禁止。除此之外，透過這道命令，還要求這些海上勢力，必須服從當地的領主。自此，村上水軍的能島氏成為毛利的家臣，率領著毛利水軍。而原本臣屬豐臣家的海賊眾來島氏，更直接被拔擢為直屬豐臣家的大名，命令他編成豐臣水軍。重編後的豐臣水軍，於西元1592年起被投入文祿、慶長之役。

繼之而起的德川家，並不熱衷海外事務。除發布大名間禁止建造大船的禁令外，原本的水軍大名也都被轉封到內陸，和海洋分離。例如：前文提到的來島氏被轉封到豐後（大分縣）、九鬼氏則改封攝津三田（兵庫縣三田市）。

而德川水軍的骨幹，來自原本臣屬今川家、武田家的水軍：向井氏、千賀氏、小浜氏及間宮氏。這些家族隨著德川家轉封關東，可說是江戶幕府水軍的前身。至於江戶幕府水軍的據點，則設置於三浦半島的三浦，以及江戶的日本橋內。

寬永九年（西元1632年），江戶幕府在向井忠勝（西元1582年～西元1641年）的建議下，於兩年後完成將軍旗艦用的「安宅丸」。但隨著鎖國政策的實施，幕府水軍也逐漸老朽、縮編。當「安宅丸」於天和二年（西元1682年）被解體，真正的幕府水軍也在這個時候，從歷史舞台上消失。

資料來源：

「戦国水軍の興亡」宇田川武久、平凡社、2002年