始建於北宋的清淨寺，是大陸現存最早的伊斯蘭教寺。也是宋元時期，來到泉州的穆斯林商人的珍稀物證。仿照大馬士革伊斯蘭教禮拜堂的建築形式，具有空間上大分散、小集中特色。主建築為門樓、禮拜殿、明善堂等。與揚州仙鶴寺、廣州懷聖寺、杭州鳳凰寺合稱中國伊斯蘭教四大古寺。

遺存珍貴文物有宋代「出水蓮花」石香爐，用於舉行禮拜時焚燒檀香，以壽山石雕製而成，色白微灰，質純無瑕。香爐上部是一朵盛開的巨大蓮花，花心中凹洞，可放置香料，底層雕刻有波濤，意為清淨與潔白。寺門內北面圍牆正中，完好無損地保存著大明「敕諭」，是明成祖永樂帝頒發保護伊斯蘭教寺院的文告，周邊框繞刻浮雕龍飾，下框為雙龍戲珠。

始建於唐武德年間的伊斯蘭教聖墓，是大陸現存最古老最完好的伊斯蘭教聖跡，被稱為「世界伊斯蘭教的第三聖墓」，與沙烏地阿拉伯麥地那的穆罕默德聖墓、伊拉克納賈夫的阿里聖墓齊名。

墓廊如伊斯蘭教的新月，呈半月形，環抱兩座石墓。墓蓋石符合伊斯蘭文化，但最下層環刻的蓮瓣紋，是中華文化常用裝飾，顯示出外來與本土文化的融合。聖墓擁有歷代碑刻7通、石碑5方，是研究中國伊斯蘭教和墓史重要文物。

相傳唐高祖時期，泉州灣鱷魚為患。穆罕默德四大門徒中的三賢與四賢，奉旨治鱷。招來了老鷹叼著大石，砸向水中，趕跑了鱷魚，聖墓景區內的風動石，傳說是老鷹叼的一塊沒有落入海中的巨石。故伊斯蘭教聖墓，又稱三賢四賢墓。

草庵摩尼光佛造像，是全球現存唯一的摩尼光佛石造像，也是宋元泉州摩尼教傳播的重要史跡。草庵是建於宋朝的摩尼教寺院，初建時結草為庵，故名「草庵」。元朝時，改為石構建築。庵中現存雕鑿於元代的創教人摩尼石雕造像，高154公分，寬85公分，跏趺而坐，身著長衫，雙手疊置膝上，長髮分披於雙肩，頷下有二縷長鬚。身後有圓形背光，內雕放射狀光焰紋。

摩尼教又稱明教，創立於西元3世紀古波斯，晉代傳入中國，唐朝在西域商人中流傳，至3世紀的中亞與西亞已經絕跡，然而於中國東南沿海仍然存在。泉州是摩尼教最後消亡地之一，對於摩尼教研究，占有重要的地位。