在日治時代，因為盟軍禁運的關係，臺灣就已有把蔗糖轉為工業酒精的生產。1973年左右第一次能源危機發生時，農業技術單位奉命提供「能源作物」方面的研究，以「碳氫化合物含量、密植、粗放管理、能否提高投入能源比率、綜合性利用」等原則考量選擇糖蜜和甜高粱。然而油價回跌後，能源作物的想法便被束之高閣。

在2005年第二次全國能源會議結論中，決定重新以生質柴油回應高油價和排碳問題。做法是種植含油類生質燃料作物，把含油種子送至榨油廠，經過生質柴油工廠轉酯化後得到生質柴油，摻配在石化煉製後的柴油中。

大規模種植的第一類模式，在臺灣嘗試了3年左右。當時在嘉南地區進行的能源作物種植，是以「水旱田利用調整計畫」（也就是一般所稱的休耕補貼）為基礎。以試種的例子來看，種植能源作物試圖以大面積和不影響現有種植地的模式進行，但是大面積的農地在臺灣已經很難取得，休耕田雖然整體數量不少，卻缺乏農作收穫的動機，種植時出現的蟲害問題更成為小農的困擾。

第二種模式是以多種農業廢棄物或纖維素作物做為轉換原料，經由化工氣化法或生化厭氧發酵法產生生質酒精。這計畫有數家廠商嘗試從歐美廠商購買技術專利，雖在金融風暴隨之而來的經濟可行性考量下並沒有實際進行，但引發對農業廢棄物多樣化處理的討論。

第三類的實驗室模式，主要是來自中央研究院國家型生質燃料利用計畫，以基因轉殖或功能性基因的啟動，讓植物物理性質轉變。目標是啟動軟化作物莖稈的基因功能，直接利用酸水解為五碳糖和六碳糖，再以發酵菌處理成酒精；或者是把產生乙醇的發酵菌種轉殖到生長快速的大腸桿菌裡，做為產生酒精的「微型工廠」。

大量種植和實驗室模式的不同在於，種植農民會針對作物有所期待，並且以歷史記憶對政策加以評論。在能源作物種植過程中，農民就以日本時代製糖會社契作在收購不公所衍生出來的俗語「天下第一憨，種甘蔗給會社磅」，回應對能源作物政策的不以為然及缺乏誘因。

其次，農民和作物之間的互動是主動選擇的關係。在能源作物種植實驗初期，為了趕赴第一期試種，農試單位從印度和澳洲進口豆種，卻被農民批為會「暈機」而生長不佳；第二期紛紛回選之前常用的臺南四號豆。實驗室的技術取向模式，由於主張「原料多樣性」的農業研究端，和主張「製程多樣性」的化工建設端在技術上的觀點不同，也使得以「新興技術」為研究目標的計畫，反而被動地受到商業獲利規則和工業操作環境的限制。