三代祖師為民間神祇，惟其神明來源有四種不同的說法： 其一，三代祖師即為道教淨明忠孝道始祖許遜，於宋政和二年〈公元一一一二年〉誥封為「神功妙濟真君」，祖廟在江西南昌萬壽宮，墓陵存 於福州市光祿坊城隍廟附近。又稱：許真君、許真人、感天大帝；亦即今日成語：「一人得道，雞犬升天」典故的主人翁，自唐朝始被福建縣民奉祀許真君為「三代祖師」。辭源載：許遜，晉海南人，家南昌，字敬之，弱冠從仙人吳猛，受三清法要，後舉孝廉，官旌陽令，感晉室棼亂，棄官歸，周遊江湖，以道術為民除害。大康初，拔宅飛昇，並曾為臨水夫人之師。 其二，三代祖師為許由，字武仲，陽城槐里人氏，隱於沛澤，史稱古代高士。帝堯以天下讓之，不受，遁耕於中岳潁水之陽，箕山之下，堯又欲召為九州長，由不欲聞，洗耳於潁水之濱。歿後，葬於箕山巔，堯就其墓號曰「箕山公神」配祀五嶽。因其生逢夏生周三代之先，後人遂以三代祖師尊稱之。 其三，三代祖師為大唐太尉、直威將軍、醫生、陰陽宅堪輿家，後封代天巡狩嶺南行軍團許元帥，又稱州府城隍爺，神醫許真人。唐高宗德章二年〈六六九年〉由河南陟入閩粵贛平寇之亂，即客居漳州詔安，晚年在漳州浦南松洲、香洲一帶執教行醫，創辦松洲書院，傳授中原醫學、易經、宗教科儀及南北管樂曲、客家民謠，為中原文化流傳閩南文化之祖，清康熙時漳洲平和縣誌載許元帥祀於紫雲巖，又稱三代祖師廟，惜此廟在太平天國時代被焚，正史失傳。 其四，三代祖師（1164年-1203年），宋朝福建禪門臨濟宗高僧，俗名林珌，法號自超，福建永泰人，生於德化，幼年即篤信佛教，十二歲出家於南京少平寺，十五歲時回閩，在德化縣太湖山弘法，創建龍湖寺，時常為善信開示弘法，並舉行法會趨吉避凶，有奇效，人稱祖師是三代佛（過去七佛中第三佛，毗舍浮佛）轉世，故稱其為「三代祖師」。圓寂之後，鄉民在龍湖寺奉祀神位，從此成為祖廟。今日臺灣、南洋等地皆有祖師分香。