《仁醫完結篇》最終回也是兩小時，主要的劇情是處理三大部份：被南方仁「搞亂」的歷史如何收尾、穿越時空之謎，以及各派觀眾最緊張的「情歸何處」。縱使對之前的歷史部份有點不耐煩，對龍馬被刺殺後的情節，尚算交代得清楚，而且這部份直接跟「穿越時空」之謎拉上關係，節奏慢慢變得快起來。

雖然因此硬要讓橘咲中槍傷又一直未癒，讓她跟南方仁疑似「生離死別」，更來一個「最後的擁抱」…這些劇情似乎過於「巧合」，但能夠順利銜接第一部第一集的繃帶人之謎，這個設計值得一讚。的確，或者有很多人早就猜到繃帶人就是南方仁本身，但「穿越」的底蘊要到最後才解開，而且再度讓「現代」的南方仁穿越時空不知何處去，觀眾的情緒會因此而緊張。

個人覺得劇本最敢玩的，就是讓留下來的南方仁面對一個與自身經驗不同的「現代」：一個擁有「船中九策」，醫院有漢醫部，老人醫療費用由國家支付的現代日本！（現實中的日本歷史中只有「船中八策」…）真真正正從宏觀的角度「改變」日本歷史！

劇組甚至為免觀眾越看越亂，索性透過劇中的角色（第一部首回客串過的山本耕史）來解說，提出有關「平行世界」的理論，指出原本的南方仁藉著「時空穿梭」，跑到去另一個世界的古代，再把這個世界的「南方仁」踢到新的世界…如此不斷循環，似乎有很多疑惑──難道南方仁只能可憐地在不同的時空世界中穿梭，沒有安身立命之所？誰是「南方仁」的原點？不同時空世界的歷史都是如此被南方仁改變嗎？…但劇中其實沒有把「平行世界」當成唯一的答案，仍然提供無限的想像空間。如此「宏觀」的視野，在近年的穿越劇中實屬罕見，所以筆者仍然敢說《仁醫》系列是近年亞洲地區穿越劇的「新經典」。

當然，橘咲給ＯＯ大夫的「百年情書」是蠻動人餘韻。雖說兩人的感情一直淡淡的，可是橘咲對南方仁的感情從來都很明顯，亦明知他來自「未來」，還有「戀人」，不計較地單方面付出。倒是南方仁搖擺不定，有時念著現代的女友，有時想著橘咲的「好」而胡亂求婚，有時又只把坂本龍馬放在心上（腐女趣味？）。「百年情書」只是為橘咲的感情作一總結，讓南方仁用眼淚及心痛來回報她的深情而已。

個人比較驚喜的是「橘未來」的出現，感覺是「橘咲」跟「野風」合力把南方仁跟友永未來的關係「切斷」一樣！兩位身在古代的女性，同樣對南方仁產生情愫，同樣知道自己就算怎樣努力，也鬥不過那位一直活在南方仁心中，來自未來的「情敵」。野風明知自己跟那位「情敵」關係其實千絲萬褸，所以把思慕之情昇華，以保住自己的嬰兒為目標，保存「跟南方仁相愛」的後代；橘咲明知自己接生的是「情敵」之祖先，仍然盡力協助，在ＯＯ大夫消失後，仍然保存跟野風的情誼，收養她的女兒「安壽」。

通過她們兩位的「努力」，讓「友永未來」消失，變成一直跟南方仁毫無交集的「橘未來」，由這位「最熟悉的陌生人」跟南方仁交代橘家跟仁友堂後來的故事，總帶著一份荒謬的奇妙感；南方仁透過時空旅行改變了自己的「思念對象」，亦有周星馳《西遊記》系列之味道。如此玄妙又具備巧思的結局，令筆者覺得《仁醫》系列始終沒有名大於實。雖然，第二部的確有線路混亂的問題，歷史部份對不熟日本幕末歷史的觀眾造成困擾，《仁醫》系列仍然是近年最成功的日劇。雖然有指TBS仍入不敷支，但大製作能有高收視，才不會讓電視台認為「投資拍大製作是沒有意義的」。