民族國小

花蓮市

民國49年3月成立民族國民學校，79年裁撤，81年9月1日改為國立花蓮啟智學校美崙校區，97年4月18日該校與花蓮縣政府、宏達慈善基金會簽訂花蓮品格英語學院合作契約書，由宏達慈善基金會於美崙校區開辦花蓮品格英語學院，109年租約到期，花蓮縣政府收回校地。

佳林國小

新城鄉

民國73年配合佳山計畫建設，學校拆除，併入嘉里國小。

芳寮國小

壽豐鄉

民國37年設立水璉國民學校芳寮分班，46年改為芳寮分校，76年裁撤。

月眉國小朝保分班

壽豐鄉

民國60年設立月眉國小朝保分班，65年9月裁撤。

米棧國小

壽豐鄉

民國42年9月設立豐裡國小米棧分班，次年改為米棧分校，59年9月獨立為米棧國小， 62年8月降為豐裡國小米棧分校，71年7月改隸為月眉國小米棧分班，74年7月裁撤。

鹽寮國小

壽豐鄉

日治時設立月眉國校鹽寮分校，41年9月改為水璉國校鹽寮坑分校，47年9月改屬月眉國校，易名為月眉國校鹽寮坑分校，53年獨立為鹽寮國民學校，78年改為光華國小鹽寮分校，84年7月31日裁撤，改建為洄瀾國際文教會館。

吳全國小

壽豐鄉

民國53年設立志學國校吳全分校，57年獨立為吳全國校，其後改為平和國小吳全分校，85年7月31日裁撤，校區規劃為勞委會職訓局職業訓練場所。

中興國小

鳳林鎮

民國43年9月設立山興國民學校草鼻分班，46年更名中興分校，47年9月獨立為中興國民學校，87年改為大榮國小中興分校，89年裁撤，併入大榮國小。

南平國小

鳳林鎮

昭和14年（1939）設立鳳林小學校分校，昭和15年（1940）4月改為北林小學校，昭和16年（1941）4月改稱北林國民學校，民國35年1月更名為南平國民學校，86年8月裁撤，改建為南平中學。

南平國校平林分校

鳳林鎮

民國36年11月設南平國校平林分校。

森榮國小

鳳林鎮

日治時為林田山林場附屬子弟小學，民國36年設立森榮代用小學，38年更名為林田山場附屬小學，43年9月縣政府接收後改名長橋國民學校森榮分校，一到三年級的學童在此上課，四年級以上到長橋國民學校，47年10月21日在中山堂 東側的山坡地上獨立為森榮國民學校，55年林場高峰時期有12個班約447人就讀，76年改為分班，次年8月1日裁撤。

山興國小

鳳林鎮

民國35年10月8日設立大榮國民學校山興分校，42年8月1日獨立為山興國民學校，77年8月1日改為大榮國小山興分校，78年8月1日改為大榮國小山興分班，81年8月1日裁撤。

鳳信國小

鳳林鎮

民國53年成立鳳林國民學校分班，56年成立分校，57年獨立為鳳信國民小學，102年7月31日裁撤。

東富國小

光復鄉

民國37年9月設立北富國校加里洞分班，42年8月改為加里洞分校，43年8月獨立為東富國民學校，90年裁撤。

大全國小

光復鄉

民國48年8月設立光復國校大全分校，50年7月獨立為大全國民學校，90年裁撤後改設為鄉立幼兒園。

大富國小

光復鄉

昭和18年（1943）4月1日設立大和國民學校，35年1月25日改名大富國民學校，36年3月縣地重劃，新設光復鄉，大富國校更名尚和國民學校，鄉紳評議該稱呼倒唸欠雅，決議沿用舊名大富國民學校，103年7月31日裁撤。

瑞祥國小

瑞穗鄉

民國50年9月設立瑞穗國民學校瑞西分班，58年改為瑞穗國民小學瑞西分校，遷校至瑞西村180號，62年4月20日獨立為瑞西國民小學，75年更改校名為瑞祥國民小學，78年12月改為瑞穗國小瑞祥分校，86年7月31日裁撤。

鶴岡國小安野分校

瑞穗鄉

民國37年9月設立瑞美國校鶴岡分校，43年9月1日獨立為鶴岡國民學校，47年9月設安野分班，50年增設1班並成立安野分校，民國61年9月因人口外移，安野分校改為分班，64年9月裁撤。

德武國小牛山分校

玉里鎮

民國48年春設立德武國民學校牛山分校，58年9月裁併。

安通國小

玉里鎮

民國42年成立樂合國民學校安通分校，59年奉准設校為安通國小，77年安通國小撤校，原學區內學生歸併至富里鄉吳江國民小學。

東豐國小

玉里鎮

民國43年成立樂合國民學校石坑分校，49年獨立為石坑國校，鄉紳認為石坑二字不雅，50年7月改為石光國民學校，58年東豐里自樂合里分出，更名東豐國民小學，78年11月1日東豐國小裁撤，原學區內學生歸併至樂合國小。

東豐國小竹林分班

玉里鎮

民國55年設石光國校竹林分班，57年更名石光國小竹林分班，60年配合鄉里更名為東豐國小竹林分班，69年2月裁撤。

羅山國小

富里鄉

民國36年9月成立東竹國校羅山分校。42年9月1日獨立為羅山國校，57年改名羅山國民小學，80年7月降為東竹國小羅山分校，85年裁撤。

富南國小

富里鄉

民國49年設立富里國小富南分校，55年獨立為富南國民學校，因學生人數過少，96年校長遇缺不補，學生到學田國小上課，102年7月31日裁撤。

永豐國小豐南分班

富里鄉

民國47年設立永豐國民學校豐南分班，76年裁撤。

永豐國小四維分校

富里鄉

民國52年設立永豐國民學校四維分校，81年8月1日年裁撤，由花蓮縣富里鄉豐南社區發展協會認養，辦理「吉拉米代農事體驗計畫」。

富世國小大禮分校

秀林鄉

昭和4年（1929）在大同、大禮部落設砂卡礑蕃童教育所，隸屬於武士岸教育所，民國39年設富世國民學校大禮分班，48年改為大禮分校，後因分校學生人數銳減，62年改為分班， 66年裁撤，學生併入富世國小。

富世國小大同分班

秀林鄉

昭和4年（1929）在大同、大禮部落設砂卡礑蕃童教育所，隸屬於武士岸教育所，民國48年設富世國民學校大同分班，67年裁撤，學生併入富世國小。

文蘭國小重光分校

秀林鄉

民國47年9月設立文蘭國校重光分班，59年9月1日改為重光分校，編制三班，86年10月2日裁併。

水源國小嵐山分校

秀林鄉

為提供太魯閣林場嵐山分場員工子弟就學需要，民國44年9月設立佐倉國校嵐山分班，48年隨校名改為水源國民學校嵐山分校，56年裁撤。

和平國小和中分校

秀林鄉

民國48年2月設立和平國小和中分校，86年2月裁撤。

古風國小石平分校

卓溪鄉

原為富里國小石平分校，民國59年8月改為古風國小石平分校，86年7月裁撤。

太平國小大舜分校

卓溪鄉

民國51年9月設立太平國校中興分班，55年5月遷至中平，改為大舜分校，78年9月改為大舜分班，82年9月裁併，校區土地歸還卓溪鄉公所。

豐濱國小泰來分校

豐濱鄉

民國57年設立豐濱國小泰來分校，75年9月1日泰來分校裁撤歸併豐濱國小。

豐濱國小八里分校

豐濱鄉

民國43年9月設豐濱國民學校八里灣分校，74年改為八里分班，81年八里分班裁撤歸併豐濱國小。

磯崎國小

豐濱鄉

民國39年3月設立新社國校磯崎分班，46年改為分校，47年8月獨立為磯崎國民學校，57年9月實施九年國教，改名為磯崎國民小學，79年8月1日改為新社國小磯崎分校，84年8月1日獨立為磯崎國民小學，89年7月裁撤。

民國111年校址興建「原住民族山海劇場暨加路蘭廣場」。

太魯閣蕃人公學校

古呂社

明治33年（1900）5月1日設立的臺東國語傳習所古魯分教場，同年10月12日廢止，次年（1901）在古魯社（古呂社山山頂）重新設立分教場，明治38年（1905）改為太魯閣蕃人公學校，明治40年（1907）6月28日移轉到七腳川復校，9月20日改稱七腳川蕃人公學校，明治42年（1909）裁撤。

西拉岸乙種蕃童教育所

西拉岸

大正10年（1921）設立，昭和18年（1943）裁撤。

溪畔乙種蕃童教育所

溪畔

大正14年（1925）設立，昭和12年（1937）裁撤。

布洛灣乙種蕃童教育所

布洛灣

大正5年（1916）設立，大正14年（1925）裁撤。

合流乙種蕃童教育所

合流

大正5年（1916）8月1日設立，昭和12年（1937）裁撤。

撫子尋常小學校

塔比多（天祥）

大正7年（1918）4月1日設立內太魯閣尋常小學校，大正8年（1919）改為撫子尋常小學校，大正11年（1922）改為撫子尋常高等小學校，昭和12年（1937）裁撤。

塔比多乙種蕃童教育所

塔比多

大正5年（1916）8月1日設立，昭和12年（1937）3月裁撤。

巴支干乙種蕃童教育所

巴支干社

大正5年（1916）設立，昭和12年（1937）裁撤。

蘇華沙魯乙種蕃童教育所

蘇華沙魯社（蓮花池）

大正5年（1916）設立，昭和12年（1937）裁撤。

陶塞乙種蕃童教育所

羅多夫社（竹村）

大正5年（1916）設立，昭和12年（1937）裁撤。

西寶乙種蕃童教育所

西寶台地

大正5年（1916）設立，昭和12年（1937）裁撤。

西拉克乙種蕃童教育所

西拉克社

大正5年（1916）設立，昭和12年（1937）裁撤。

卡魯其乙種蕃童教育所

卡魯其社

大正5年（1916）設立，昭和12年（1937）裁撤。

洛韶乙種蕃童教育所

洛韶社

大正5年（1916）設立，昭和12年（1937）裁撤。

古白楊乙種蕃童教育所

古白楊

大正5年（1916）8月1日設立，昭和12年（1937）3月裁撤。

西拉歐卡教育所

西拉歐卡

大正15年（1926）設立，昭和12年（1937）3月裁撤。

卡拉寶乙種蕃童教育所

卡拉寶

大正5年（1916）8月1日設立，昭和12年（1937）3月裁撤。

托博闊乙種蕃童教育所

托博闊社

大正5年（1916）設立，昭和12年（1937）裁撤。

新城尋常高等小學校

新城

大正3年（1914）12月13日設立，昭和16年（1941）4月1日改稱研海國民學校，民國34年（1945）停辦併入新城國民學校，校址在今秀林國中。

港公學校

花蓮港街

昭和15年（1940）4月1日設立，昭和16年（1941）4月1日改稱港國民學校，校址在今花蓮市民政里，民國34年（1945）停辦，與曙國民學校合併，改稱明恥國民學校並遷入現址。

朝日國民學校

花蓮港街

明治43年（1910）4月1日設立花蓮港尋常高等小學校，昭和15年（1940）改稱朝日尋常高等小學校，昭和16年（1941）改名朝日國民學校。民國34年（1945）停辦改為成功中學，旋撥借省教育廳創辦花蓮師範學校，民國57年（1968）實施九年國教，設立花崗國民中學。

南園國民學校

吉野

昭和16年（1941）4月1日設立，校址在南園，今吉安鄉福興村，民國34年（1945）停辦，併入吉安國民學校。

銅門乙種教育所

銅門

大正6年（1917）4月1日設立，後改為銅門教育所，民國34年（1945）停辦，併入原為銅門尋常小學校的銅門國民學校。

巴都蘭甲種蕃童教育所

巴都蘭

大正10年（1921）4月1日設立，昭和12年（1937）裁撤。

壽尋常高等小學校

賀田庄（壽豐）

明治43年（1910）4月1日設立賀田分教場，大正3年（1914）4月1日獨立為賀田尋常高等小學校，大正11年（1922）2月23日遷校至今臺東農場北側，改稱壽尋常高等小學校，昭和16年（1941）改稱壽國民學校，民國34年（1945）停辦併入壽豐國民學校。

壽國民學校放置天皇夫婦御真影及教育敕語的奉安殿仍存，改建為福德宮，鐵門可見代表日本內閣的「五七桐紋」。

鳳林尋常高等小學校

鳳林

昭和9年（1934）4月1日設立，昭和16年（1941）4月1日改稱鳳林國民學校，民國34年（1945）停辦併入原名鳳林西國民學校的鳳林國民學校，校舍改充鳳林農業職業學校，旋改為鳳林中學。

上大和國民學校

光復

民國34年（1945）停辦，併入大馬國民學校（光復國民學校）。

玉里尋常高等小學校

玉里

明治44年（1911）設璞石閣尋常高等小學校，大正7年（1918）改名玉里尋常高等小學校，昭和16年（1941）4月1日改稱玉里國民學校，民國34年（1945）併入玉里國民學校（玉里第一公學校、旭國民學校），校舍改充玉里中學。

佳心乙種蕃童教育所

佳心

大正12年（1923）設立，昭和10年（1935）裁撤。

阿桑來戛乙種蕃童教育所

阿桑來戛社

大正14年（1925）11月9日設立，昭和12年（1937）裁撤。

大分乙種蕃童教育所

大分（打訓）社

大正11年（1922）11月25日設立，昭和元年（1926）裁撤。

大分尋常高等小學校

打訓社

大正12年（1923）4月1日設立，昭和18年（1943）3月裁撤。

太魯那斯乙種蕃童教育所

太魯那斯社

大正12年（1923）設立，昭和9年（1934）裁撤。

馬西桑乙種蕃童教育所

馬西桑社

大正14年（1925）4月1日設立，昭和9年（1934）裁撤。

落合國民學校

樂合

民國34年（1945）停辦，與雙葉國民學校合併為第一里國民學校，再易名為樂合國小。

富里北國民學校

富里

昭和15年（1940）設立富里尋常小學校，隔年（1941）改名為富里北國民學校，民國34年（1945）停辦，併入富里國民學校。