馬英九總統11日晚間在總統府召開國安高層會議，針對「廣大興28號」事件，與相關首長討論因應作為。馬總統在會中裁示：中華民國政府向菲律賓政府提出「四項嚴正要求」：第一、正式道歉，第二、賠償損失，第三、盡速徹查事實嚴懲凶手，第四、盡速啟動台菲漁業協議談判。

馬總統表示，從5月12日零時起算，72小時內若未獲菲律賓政府正面回應，中華民國政府將採取下列措施，以示抗議：第一、凍結菲勞的申請，第二、召回中華民國駐菲律賓大使，第三、要求菲律賓駐台代表返回菲國協助妥善處理本案。