1.      民國38～51年編列有「機密費」及「特別費」

2.      民國52年  第一級科目：特別費(內部自行區分為特別費、機密費)

開始有「計畫預算」型態編列，以用途別科目表達。

3.      民國59年  第一級科目：特別及機密費；第二級科目：特別費、機密費

4.      民國81年  第一級科目：特別及機密費；第二級科目：特別費

5.      民國82年  第一級科目：特別費；第二級科目：首長特別費

6.      民國84年  第一級科目：特別費；第二級科目：機要費

此次預算科目之改定，非單純名稱更改，而是符合法治，使預算科目於法有據，捨首長特別費，以機要費編列，藉與一般行政科目之首長特別費有所區隔。

7.      民國87年  第一級科目：業務費；第二級科目：機要及機密費

雖行政院將「特別費」改列於「業務費」之下，成為第一級科目業務費之子目，但國務機要費仍獨立存在另一第二級科目「機要及機密費」或「機要費」，不再編列於「(首長)特別費」項下。

資料來源：台灣台北地方法院95年矚重訴字第四號、97年金矚重訴字第一號、98年矚訴字第二號判決書第145～147頁)