寡糖由於生理學上的特性使然，所以衍生出來許多對宿主健康貢獻良多的特殊功能。這些生理學上的特性簡述於下：

一、低齲蝕性：蛀牙誘發菌(S. mutans) 無法利用寡糖進行蛀牙機轉，因此食用寡糖不會有蔗糖引發蛀牙的後遺症。

二、難消化性：寡糖無法為人體消化酵素所分解，屬於難消化性糖，因此食用後不會造成血糖值及血液中胰島素升高，同時也不會轉化成熱能導致肥胖。

三、腸道內菌群的利用性：寡糖只被比福多菌所利用、而不被有害菌利用，是一種選擇利用性極高的糖類。

        四、脂質改善性：具有與膳食纖維相同的脂質改善性。