台灣內部關於熱比婭的爭議，應該分成兩個階段、三個面向來討論。兩階段是指熱比婭紀錄片的播映和熱比婭受邀來台，三面向則是台灣的表現自由等民主人權議題、台灣的國家利益和中國大陸維吾爾人民的人權與前途。

關於影片的播映，純屬表現自由層次，吳敦義院長已經說得很清楚，而且態度軟硬適中：「任何人、任何國家，都應該要尊重言論自由」。他還進一步說「關心電影、藝術關心文化、關心言論自由的人，不論是國家或是機構，也應該尊重高雄市政府的選擇」。同樣的，任何團體、個人因為紀錄片播放受到干擾、壓制，向任何政府表達抗議，也都是正當的。

至於某些民間團體著手邀請熱比婭來台，他們邀請客人的權利自然應該得到尊重，但是此舉是否妥當，從台灣的全民利益、國家利益來看，顯然是需要慎重考慮的。

毫無疑問，新疆的穩定對大陸當局來說，關係到主權與領土的完整，甚至關乎政權的生死存亡，這是「根本利益」的問題。我們可以不同意中共的主張，不認同它的價值觀，批評它的施政舉措，但是如果台灣還要跟大陸互動往來，不打算徹底決裂，就不能不考慮對方的「根本利益」。不僅兩岸關係如此，世界上任何兩個國家的往來，除非已決心背水一戰，否則都得將對方的根本利益納入權衡考量的範圍。

日前中共國務院新聞辦公室發表了《新疆的發展與進步白皮書》，嚴厲指責東突勢力實施暴力恐怖活動，威脅地區的安全與穩定。中共視熱比婭擔任主席的世界維吾爾大會為東突勢力的代表，進行各種密謀策劃。熱比婭自稱並不追求新疆獨立，也不採用暴力手段，至於台獨運動的主流也沒有推動「三獨合作」的意圖。但是，如果親綠團體在此時邀訪熱比婭，必定刺激中共裡面一部分力量和大陸一些民眾產生「三獨合作」的錯誤聯想，反而容易讓大陸內部對台強硬派的聲浪滋長。

去年「三一四事」件之後，中共軍方內部已有一些聲音指出，此事件後國內外事態的發展超過大陸人民的容忍限度，讓大陸當局在戰略選擇上沒有迴旋空間，必須對「外來勢力」等更為強硬。「三一四」事件如此，「七五事件」亦然。

廿多年來，兩岸經過各種衝突和磨合，好不容易促使大陸當局的對台政策產生了調整與進步，形成了相對比較開明、願意面對台灣主流民意的對台政策路線。如果在兩岸關係和平發展初露曙光的時候，一些團體僅從自己進行政治鬥爭的考慮出發，選擇在敏感的時刻，不斷碰觸敏感的議題，刺激大陸內部的激進民族主義，迫使中共對台政策更趨強硬，這樣的作法真的是「以台灣為主，對人民有利」，又能真提升大陸維吾爾族的人權嗎，顯然有很大的疑問。