澎湖水族館為提昇營運品質並進行維生系統與空調系統年度歲修，預訂自95年11月16日至95年12月15日進行一個月年度歲修工程。

澎湖水族館是一座引用外海海水的海洋水族館，許多的維生系統管線需要定期檢修保養維護；另外，館內一些設施也將更換永遠維持嶄新狀態，每年歲修工程對水族館的經營管理是十分重要的投資更不能疏忽的事項。

澎湖水族館表示，休館期間將加強人員訓練，協助服務人員繼續加強專業知識及解說技能，以便在開館後能以全新的風貌及更佳的服務品質與遊客見面；儘管即將休館暫停營業一個月，但是服務絕不打烊，在休館期間中業務人員仍歡迎業者及遊客的參觀預約，不受到任何的影響。