有許多的自然食品標榜能治癌症，但寡糖無法治療癌症，它只能預防癌症。

人得癌症的機轉可簡單的歸納為下列二個原因：

一、免疫力不足。

二、身體承接過多的致癌因子。

因此，要預防癌症上身，首要之務乃提高自身的免疫系統機能，免疫系統所涉極廣，於此只談及與寡糖相關的部份。

寡糖能使腸道內的比福多菌大量增殖，並因而抑制有害菌在腸道內定殖，並且因比福多菌菌體成份能增進淋巴球的活性及促進干擾素的製造，因此能活化宿主的免疫系統，由於免疫力的提昇，因此可以有效預防癌症。

另外，當機體承受過多的致癌因子，免疫系統形成心有餘而力不足現象時，終究還是逃不過癌症發生的夢魘。致癌因子影響人體分成二種途徑，其一是透過攝食或呼吸系統帶入體內，另一則是原本並非致癌性的物質，在進入人體之後，經由複雜的生化機制而轉換成致癌物。

蛋白質和脂肪原是人類生體運轉之所必須，但當攝取過量，並且經由腸道內有害菌的代謝之後，衍生成酚類、二次膽汁酸、　　（Indole）等，而這些全都是致癌因子。

又，食物中的防腐劑、保色劑--硝酸鹽，蔬菜中的亞硝酸鹽等進入體內之後，經有害菌的代謝作用變成亞硝基氨，這也是致癌因子。

普遍見到的膽固醇，也會因有害菌的代謝而轉換成女性荷爾蒙，此乃子宮癌的致癌因子。

這些內因性致癌因子，往往佔人體所承受的致癌因子的大半比例，要消除這些因子，除了攝食內容及數量的控制之外，最好的方法是改善自身腸道內的菌群生態。一定得讓有益菌--比福多菌佔有優勢的狀態，並改善便祕症狀，使食物殘渣儘速排出體外，讓有害菌與食物殘渣藉由代謝轉化生成致癌因子的機率降到最低。致癌因子的數量減少之後，罹患癌症的機率也就大幅降低了。

        食用寡糖正好可符合增殖有益菌，抑制有害菌，解除便祕等，因此，藉由寡糖的攝取以預防癌症乃最妥善的方法。