錦衣衛的業務職掌為「掌直駕侍衛、巡查緝捕」，這一句話就包括了錦衣衛的兩大執行機構與職權：

一、大漢將軍：主管皇帝侍衛、展列儀仗、傳遞皇帝命令以及職掌廷杖等事項，可以說和一般禁衛軍毫無不同（只有職掌廷杖此項為錦衣衛獨有）。

二、經歷司和南、北（名稱，非方位）鎮撫司：這一方面即為錦衣衛與一般禁衛軍不同的特點，分述如下：

1. 經歷司：主管錦衣衛公務文書的出入、謄寫及檔案封存等事項。
2. 南鎮撫司：主管一般衛、所部隊人員之犯罪偵查、審訊、判決、情報以及軍事武器之研發事項。
3. 北鎮撫司：主管各地藩王及官員秘密監視、肅反肅貪，獨立偵訊、逮捕、判決、關押權力（詔獄）以及反間諜事項。

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