日本在取得臺灣之前,一直是砂糖進口國,造成相當程度的入超,而日本主要的進口對象便是臺灣,從17世紀便開始進口,而在清乾隆年間成書的《續修臺灣府志》即提到日本長崎最喜歡臺灣貨,臺灣生產的白糖、青糖、鹿獐等皮「價倍他物」,故日本取得臺灣之後積極發展臺灣糖業,以求日本食糖的自給自足。
明治時期
日本剛開始統治臺灣時,糖業的生產仍由傳統糖廍進行,直到明治三十三年(1900年)12月成立臺灣製糖株式會社,並於今高雄橋頭設置臺灣第一座新式糖廠「橋仔頭製糖所」後,改變了臺灣糖業的生產方式。而在臺灣製糖成立前第四任臺灣總督兒玉源太郎已於1900年1月請正在訪美的農學博士新渡戶稻造協助調查各國糖業與糖政設施,而後新渡戶博士在詳細調查,並在歸途上視察埃及與荷屬東印度(爪哇)等地的糖業。之後新渡戶博士受聘為臺灣總督府殖產局長,於明治三十四年(1901年)9月提出《糖業改良意見書》,書中有7點改良辦法、11項保護獎勵方案與14項對於糖業設施及機構的改良意見,臺灣總督府接納其意見後,於隔年6月14日頒布了〈糖業獎勵規則〉並成立臨時臺灣糖務局處理相關業務。〈糖業獎勵規則〉主要是以資金補助、確保原料、市場保護三方面的措施組成,資金補助主要針對新式糖廠,提供購買製糖機器等補助,而在明治四十年(1907年)後改著重振興蔗作,提供肥料或購買肥料的補助,以及蔗苗與水利工程的補助;在確保原料方面則將全臺蔗作區劃分或指定為各個原料採取區域,以防止製糖會社濫設與各工場互搶原料而影響蔗價,各原料採取區內的蔗農未經許可,不得將甘蔗運到區域外或作為砂糖以外製品的原料;市場保護方面則是運用關稅壁壘的方式來保護臺灣糖業的發展。另外在明治三十五年(1903年)5月14日時,於臺南大目降(今臺南新化)設置甘蔗試作場,兩年後(1905年)又在試作場附設糖業講習所,分別進行甘蔗的栽培研究與農工的培訓。
此外日本統治初期,歐美洋行在臺灣還有一定勢力,三井物產株式會社於明治三十五年(1902年)在臺南設立辦事處後,開始攏絡洋行買辦,並自行用船運送砂糖,不久日本橫濱的增田屋與安部幸兵衛商店合組合股會社加入臺灣糖業運輸的競爭,臺灣總督府方面亦刻意扶持日本的商船會社,迫使英商道格拉斯汽船公司退出臺灣市場,打擊洋行在臺優勢。日俄戰爭(1904年)後,歐美糖商已大多退出臺灣市場,只剩英商怡記洋行等仍在經營,日後一度成立F.S.D會社(The Formosa Sugar and Development Company, Ltd.),經營位在今臺南永康的三崁店製糖場等糖業工廠,但最後該公司仍被臺灣製糖併購,歐美資本自此退出臺灣糖業。
然而新式糖廠的投資引進因為當時日本工業技術還不成熟,且受到日俄戰爭影響,初期並不順利,於是在此背景之下臺灣出現了「改良糖廍」,是一種保有舊式糖廍營運形式與規模,但內部則改用新式機器製糖的糖廍。改良糖廍大約在明治三十八年(1905年)左右開始出現,當時只有四家,但在日資尚未大舉入臺,新式糖廠也未大量設置的情況下,臺灣資本家紛紛投資改良糖廍,僅過了三年數量便增長到61家,期間雖因為法令的關係一度減少,但於明治四十四年(1911年)達到全盛期,共74家,但隨即就因連續兩年(1911、1912年)的暴風雨重創臺灣糖業以及新式糖廠大量建設,改良糖廍大量衰減,至日治時期結束僅剩下幾家而已。而在這段改良糖廍的活躍期,舊式糖廍大幅倒閉,在改良糖廍全盛期(1911年)時僅剩不到200家,即從進入日治時期後有1000多家舊式糖廍倒閉。
而在改良糖廍沒落之前,在臺灣的新式製糖會社於明治三十八年(1905年)到明治四十二年(1909年)期間逐漸出現,除先前早已設立的臺灣製糖外,尚有鹽水港製糖、新興製糖、明治製糖、東洋製糖、林本源製糖、新高製糖、大日本製糖進入臺灣糖業市場。而由於臺灣糖業利潤頗高,一度有經濟學者提出將糖業國有化的想法,但是由於明治四十二年(1909年)爆發了大日本製糖的日糖事件醜聞,使日本政府一度差點接收已嚴重虧損的大日本製糖,導致日後日本政府放棄糖業國有化的想法。新式製糖會社在明治四十三年(1910年)大量創建,如臺北製糖、北港製糖、斗六製糖、帝國製糖、中央製糖等,原本新式製糖工場在明治四十一年(1908年)時只有8間,隔年便增加到15間,明治四十五年(1912年)時達到29間。而促使此一現象的因素,主要有〈樸資茅斯條約〉(1905年)帶來的2000萬日圓賠償、明治四十年(1907年)日本向法國借到的三億法郎令日本的經濟得以紓困,且與清朝簽訂〈滿州善後條約〉能從滿州取得工業原料促使日本工業發展,而在經濟與產業好轉後,資本家的投資意願提升,且先前影響臺灣糖業的〈輸入原料砂糖戻稅法〉也將於明治四十二年(1909年)到期,故吸引日資投入臺灣糖業。此外臺灣縱貫鐵路的完成(1908年)與株式會社三井銀行設立(1909年10月)亦對日資進入臺灣糖業有所促進。
而在日治時期,臺灣的製糖業被定位成是為了日本本土精糖生產原料(粗糖)的存在,雖然並未明文規定,但臺灣總督府對於精糖工廠的設置多所抵制。但此一做法令日籍資本家多所不滿,因為強制把粗糖運回日本再製成精糖只是徒增成本,遂進行遊說,使臺灣的糖廠可以生產精糖以外的糖,其中最具代表性的是明治四十二年(1909年)鹽水港製糖率先生產的「耕地白糖」。此外也有其他製糖會社改從其他方面著手,如大日本製糖的藤山財團就曾在朝鮮與北海道投資研製甜菜糖,明治製糖之後也投入甜菜糖研製,一度威脅到臺灣蔗糖,但隨著歐洲在第一次世界大戰後產業復甦,甜菜糖生產仍以歐洲為主。
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