「東南軍政長官公署」成立於1949年6月21日，是由下野的蔣介石以國民黨總裁身份，
在台北召開東南區軍事會議，將嵊泗列島、舟山群島、福州、廈門及台灣融合成一個
攻守整體，經行政院政務會議於7月18日通過，公署設於介壽館，名義上轄有
江蘇、浙江、福建、臺灣四省。
1949年12月7日行政院遷臺，也搬入介壽館後，公署與行政院在角色及功能上都重疊，
1950年3月15日，復行視事的蔣總統下令撤廢東南軍政長官公署，人員與業務轉移至
總統府及行政院。