馬祖擁有豐富的生態之旅，除了看燕鷗外，島上開闢不少生態步道，例如北竿的碧園，可以發現長得像兔尾的厥類，馬祖人又稱為貓尾。在馬祖餐館裡，可以看看海邊礁岩隙裡的龜爪，又叫筆架或佛手，令人感歎造物者的神奇。

島上散布許多野花，成片綻放，不同季節誘引著旅人，建議帶著情人來馬祖看花，份外浪漫。馬祖最漂亮的野花，當屬6、7月盛開的月見草花，鵝黃的花朵迎著春夏之交而吹起的南風搖曳。野生的石竹開著7、8月，而狗娃花也搶著燕鷗離開前的9月怒放。

初秋來馬祖賞花，一定不會錯。馬祖石蒜在東引點燃著火紅的花蕊，約一個月後，紅花石蒜接棒。尤其是在東引的東湧燈塔、東莒發電廠山坡上，紅花石蒜成片爭豔，如處仙境。