由於一般防毒軟體並非專為郵件伺服器所設計，因此需做特殊設定，例：將電子郵件相關檔案排除。否則，收發信件時可能跳出似是而非的SMTP或Outlook錯誤代碼，進而造成對問題上的誤判。

以EVO郵件伺服器為例，搭配現今最夯且價格上又具親和力的客戶端防毒軟體品牌：

ESET NOD32 Antivirus 4.2 單機版 / 伺服器版

avast! Antivirus Pro 6 / 伺服器版

雖然不是郵件伺服器專用的防毒軟體，卻可以利用

1. 防毒軟體內部設定

請參考下列教學短片，注意設定重點確實完成設定動作：

a. ESET NOD32 Antivirus 4.2 單機版/企業版 - 強烈建議
設定重點 - 將掃瞄電子郵件的功能關閉，將郵件伺服器的子目錄加入掃瞄排除名單
教學短片 - Windows 7, Vista, XP, Server 2008 R2, Server 2003 R2

b. avast! Antivirus Pro 6 單機版 -
設定重點 - 將電子郵件防護的功能關閉，將檔案系統防護關閉
教學短片 - Windows 7, Vista, XP

c. avast! Antivirus 伺服器版 -
設定重點 - 將掃瞄電子郵件的功能關閉
教學短片 - Windows Server 2008 R2, Server 2003 R2

2. 防毒軟體命令列指令說明

防毒軟體和郵件伺服器已整合，使用者無須在防毒軟體的「命令列指令」模式做任何設定，若因特殊原因需要編輯命令列指令，請按照下面的教學短片開啟命令列的指令使用說明：

a. ESET NOD32 Antivirus 4.2 單機版/企業版 -
教學短片 - Windows 7, Vista, XP, Server 2008 R2, Server 2003 R2

b. avast! Antivirus Pro 6 單機版 -
教學短片 - Windows 7, Vista, XP

c. avast! Antivirus 伺服器版 -
教學短片 - Windows Server 2008 R2, Server 2003 R2