由建築師張樞主導的花蓮新站建築設計，顛覆台灣西部車站藏身都市叢林的意象，將花蓮新站打造成開放式花園車站，令人耳目一新。張樞表示，花蓮新站是此次花東新車站當中，唯一一個可飽覽太平洋美景的半開放車站，以花園大廳作為都市與車站的交集，讓旅客走進花蓮，得先走過花園。

    　相較於西部車站的繁忙快速，花東新車站坐落東部青山綠水，使得車站的設計需融入花東縱谷的陽光、空氣、植物、水、山等自然景象，以車站來說花東的故事，對設計是一大挑戰。張樞認為，花蓮新站是涼亭、花園、慢活的開始，打破車站與都市的界線，「往後走進車站，看到的不是便利商店，取而代之的會是花園。」

    　張樞以「穿著衣服改衣服」形容花東車站改建工程，由於施工同時需兼顧台鐵營運，未來的花蓮新站將往東移，並將舊站融入新站當中。花蓮新站的花園大廳棚架，遠看彷彿撐著一把特色造型大傘，迎接往來旅客，貫穿前後站的高架通廊宛如全天開放的都市街道，「遠看太平洋，F16的降落軌跡就從頭上劃過，非常震撼。」

    　「我們嘗試讓花蓮車站說自己的故事，這是最大的挑戰。」張樞指出，除了將花蓮元素放進車站當中，還考量未來旅客增加的需求，候車座位從144個增加為577個，候車空間則增加5.6倍，自動售票機、人工窗口及洗手間更多，增加旅客便利性。候車也將從過去的單調等待，轉變為逛商店街、喝咖啡、欣賞風景、旅遊諮詢、農產品展售、自由上網或餐飲等多元活動。