至於詐領助理費部份，高虹安被控疑似利用男友李忠庭當人頭，於2020年、2021年間，申請公費助理補助。而不管是資策會提告或是助理費疑雲，高虹安至今仍否定有犯罪。另也被控要求辦公室助理回捐助理費用當「公積金」，部門疑似挪為私人用處。

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檢調偵辦新竹市長高虹安任職立委時代，涉嫌行使男朋友詐領助理費無反貪污定罪條例，及涉嫌私行利用資策會期刊文章違反著作權法等案，14日偵察終結，助理費部份，檢方起訴；著作權部份，檢方賜與不告狀處分。

2023年4月28日，檢調二度傳喚高虹安，主要除再次釐清助理費案部分，還有資策會不滿高虹安任職時代，將因職務所得的研究效果擅自申請專利，申請人不是資策會，是以提告背約。

2022年12月間，檢調已針對高虹安涉嫌詐領助理費用部份，搜刮傳訊。高虹安的男朋友李忠庭也獲請回，時任辦公室主任的陳奐宇、助理台大十三妹「公衛文」王郁文，則各被以10萬元交保候傳。