選民對單一選區兩票制陌生，加上兩張立場對立的公投票，使立委選舉投票更複雜。為指導支持者「正確投票」，民進黨在每一選區為黨籍候選人印發一萬張「投票指示卡」，讓支持者投票時隨身攜帶。

民進黨副秘書長劉建忻表示，區域立委候選人宣傳會強調自己的號次，政黨票和公投票往往會被忽略，而且民進黨政黨票的號次是「5」、討黨產公投票號次是「3」，再加上區域候選人的號次又是另一個號次，要用號次口訣教導支持者怎麼投票，投錯票的情形反而可能會增加。

他舉例說，2004年總統大選，陳呂配是１號，加上兩張公投票，民進黨鼓吹支持者都「蓋圈」同意，因此喊出「100」一百分口號，結果後來驗票時發現，有不少支持者在陳呂的1號旁蓋上兩個圈圈，造成很多廢票。