翁啟惠是李遠哲從美國找回來、欽定的中央研究院院長接班人，更是李遠哲所規劃的中央研究院「產業化經營」的執行者．

翁啟惠背信、貪汙、內線交易數罪併發，正待「絕不辭職，辯護自己的清白，堅持到最後一分鐘」！李遠哲為了緊急設置停損點，狠下殺手給他來了一個一刀斃命：「我覺得翁啟惠在這個階段辭職，是對中研院有幫助的．」

翁啟惠還沒下台，對於院長繼任人選李遠哲也迫不及待地做了手腳．肥水不落外人田，每個月伸手跟國家拿五十萬新台幣的的「太上院長」果然不是幹假的．

翁啟惠這個觔斗，栽得不輕、但也絲毫不冤：

第一，繼李遠哲之後，翁啟惠把中央研究院這個冷衙門搞得風生水起，財源滾滾，院長這個缺也肥得能流出油來．一般人只能看了眼紅，但是彼可取而代也，有辦法的人卻可以想辦法把翁啟惠扳倒．蒼蠅不會叮沒有縫的蛋，更何況翁啟惠自己捅出了天大的紕漏．光是一個斯文掃地就足以把翁啟惠掃地出門，更何況整個浩鼎案既然爆開來了就必須抓一個替死鬼，尹衍樑沒事，蔡英文沒事，翁啟惠就合該有事．

第二，報載蔡英文政府原先已經內定翁啟惠在院長卸任之後轉任南港生技園區總管，李遠哲、翁啟惠在中央研究院還只能掛羊頭、賣狗肉，打着學術的幌子小打小鬧的撈點碎銀子．生技園區乖乖不得了，可是集國家政策、資金、特權於一身的一座超級大金礦，饞涎的人更是所在多有．翁啟惠如果不自殞滅，以他那種「他人太好，不了解社會險惡．」而又表現得貪婪成性的的性格，遲早還是難逃毒手．

第三，翁啟惠最該死的一個原因，應該是「獅子大開口」！當浩鼎的股票市值從當初的三十一元新台幣一路飆升到七百多元的時候，翁啟惠這個專家、權威的身價顯然被嚴重低估，當初如果是以他女兒名下的三千張股票買斷，現在要求再加一、兩個零似乎也並不為過．除了獅子大開口，翁啟惠那張口沒遮攔的大嘴巴恐怕也是一個潛在的禍患．

以翁啟惠現在這種犯罪嫌疑人的身分，以往在學術上的成就大概就此一筆勾消，中華民國折損了一個號稱「距離諾貝爾獎最近的學者」，美利堅合眾國多了一個流亡海外經濟罪犯．事實上國際上重要的學術獎項，以往一向傾向於不頒發給出任行政職務的所謂「科學家」．試以柯文哲為例，趟過政治的渾水就再也回不了急診室．

李遠哲卸任中央研究院長之前為自己量身裁製了一個辦法，對「獲諾貝爾獎或相當殊榮者」，終身支月薪五十萬，外加每年一五○萬「退休年終獎金」；這隻超級大肥貓不僅吃定了中研院，甚至把中研院當成自己的禁臠，不但藉機逼退翁啟惠，甚而出面操控新任院長遴選．

聯合報資深新聞評論黃年撰文指斥李遠哲為「太上院長」，並且呼籲各界、特別是中研院不可如此縱容李遠哲如此巧取豪奪！

有鑑於國民黨裝聾作啞，民進黨保駕護航，黃年沉痛指出：「中研院內知恥識義之輩的自省自清，已是當前撥亂反正的主要動能．中研院若是眾神默默、萬馬齊喑，吞下這場汙穢的選舉，這就不能只怪李遠哲一人，而是今日中研院所有學者士人的道德共業了．」

李遠哲以太上院長的姿態對翁啟惠發出了逐客令，這個被李遠哲黑手操控的中央研究院曾經直屬於李登輝總統、陳水扁總統，也將直屬於行將就任的蔡英文總統，只有在馬英九總統任內，這是一個獨立的、但也被徹底產業化了的「學術單位」．