在準備要放暑假的時候,皮卡丘們正努力的編寫暑假計畫,但是卻被藍鱷一群神奇寶貝破壞了,也意外的發現了遺落的小島地圖,在雙方勢不兩立下決定到小島上探險,在島上的神奇寶貝們為了保衛秘密,開啟了古代的機關,一場奇趣的大冒險即將展開。