而回乡证在防伪性能、使用效率、管理水平等方面均难适应新要求。为了加快港澳居民办理通关手续，方便港澳居民出入境，公安部制定了卡式回乡证。

1999版港澳居民来往内地通行证

俗稱第一代回鄉證的回鄉卡於1999年1月15日起启用，并逐渐取代回鄉證自助受理。“回乡卡”是智能式机读卡，边防检查人员只需要将它插入OCR机读器，平均不用十五秒，即完成全部通关手续。有效期分为3年和10年有效两种，年满18周岁的为10年有效，未满18周岁的为3年有效。

《通行证》采用了许多高新技术，防伪性能、印刷制作工艺达到国家先进水平。(一)直观部分。1.材料为特殊聚脂塑料，正反面均用彩虹印刷;2.背面右下角可见内容为“广东省公安厅”的汉语拼音的光变波浪图案，不同角度可显示透明、橙色及绿色;3.广东省公安厅盖章;4.对强光透视可见卡的内部有“天坛”图案，从背面可见“天坛”第二层屋檐右边有一白点。仪器核查部分——正面有“缩微”横线，通过放大镜可见内容为“港澳居民来往内地通行证”的汉语拼音;正面左上角藏有荧光波浪图案，通过紫光灯可见内容为：“广东省公安厅”的汉语拼音。[16] 2010年2月，公安部出入境管理局实行通行证“终身号码。2022年12月，最后一批1999版港澳居民来往内地通行证有效期限截止，所有持1999版港澳居民来往内地通行证的港澳居民须换领2012版港澳居民来往内地通行证来往内地。

2012版港澳居民来往内地通行证

隨著《內地與香港關於建立更緊密經貿關係的安排》的進一步落實以及港粵經貿關係的緊密化，提高回鄉證的回鄉證自助受理、安全性分析以及通關效率越來越迫切，中國港中旅集團公司於2007年成立回鄉證改版设计工作領導小組。工作组按照要求，拟定新卡改版方案，仅新卡设计样式就九易其稿。

公安部决定自2012年12月28日起启用新版通行证，自2013年1月2日起受理新版通行证申请。

自2020年10月10日起，港澳居民可在内地申请换发补发港澳居民来往内地通行证(俗称“回乡证”)。