臺灣介紹-歷史(中華民國-民主時期-馬英九)-2008年3月22日至2016年5月20日
第一次政黨輪替（2000年3月18日至2008年3月22日）
陳水扁時期
2000年3月18日總統選舉民進黨的陳水扁、呂秀蓮當選中華民國第十任正、副總統，寫下中華民國首次政黨輪替的歷史紀錄；3月31日三義火車站新站房落成；6月1日林鳳營火車站由三等站降為甲種簡易站，並指定由隆田站管理，又台鐵新營車站管理後壁車站；10月1日新馬站由簡易站降為招呼站；行政院文化建設委員會將魚藤坪斷橋指定為震災紀念物。
2001年1月1日，廈門與金馬小型三通實施，首度展開兩岸小規模正式通商、通航和通郵；2月7日因1999年921大地震而嚴重傾斜的集集車站，依原貌重建完工；3月1日枋山站由三等站降為簡易站，並指定由加祿站管理；3月11日豐原站發生列車溜逸事故，失控列車於台中站南端出軌，造成三人喪生；5月31日原位於市區、盲腸線的臺東舊站廢止，臺東站仍維持原有臺東新站名稱；6月1日武塔車站由三等站降為甲種簡易站，並指定由南澳站管理，馬蘭停辦客運業務；7月21日車埕站房因921大地震受損重建完成；8月1日馬蘭廢止。曾經由鐵路局租給民間業者做為餐廳，目前已歇業，現為自行車道休息站；10月18日拆除高雄第二臨港線草衙車場南端銜接中鋼公司路線；12月1日原臺東新站站改稱為臺東車站，舊站舊站房拆除，改建為台東鐵道藝術村至今；竹南站南號誌樓拆除，移至集集車站重組；以「臺澎金馬個別關稅領域」名義加入世界貿易組織。
2002年2月6日1999年921大地震，造成集集線毀壞嚴重，集集車站傾斜，多處路線鐵軌也挫曲變型修復通車，並持續轉型成為台灣著名觀光鐵路之一；3月28日高雄車配合三鐵共構工程，舊站房向東南移動82.6公尺保存，並修建為「高雄願景館」（2014年設為高雄鐵路地下化展示館），高雄車站相鄰車站里程告示牌；臨時車站啟用；6月1日配合臺鐵人力精簡及南港專案計劃，五堵站由三等站降為簡易站，並指定由汐止站為管理，又康樂站由三等站降為甲種簡易站，又「瀧溪」站由三等站降為甲種簡易站，並指定由大武站管理；7月1日東港線正式廢止；7月31日高雄港蓬萊線拆除；8月時任總統陳水扁公開表示中華民國(R.O.C.)與中華人民共和國(P.R.C.)的關係是「一邊一國」，引發北京當局反彈；8月9日2051A次自強號於本站南端發生事故，造成南北雙向不通；臺灣鐵路管理局神岡線鐵路貨運支線(今潭雅神自行車道),長度8.7公里，路線自潭子站分歧後，向西行進通往清泉崗空軍基地油庫終點站，全線除土地外,所有建設經費悉由軍方申請美援支付，委由臺灣鐵路管理局管理,由軍方使用並支付養護費用,臺灣鐵路管理局於8月28日拆除竣事，舊路基後來變成自行車專用道路；9月9日林邊行車方式改為中央控制；9月20日高雄港站與高雄車站被市府登錄為歷史建築；10月4日大橋車站啟用，由臺南車站管理；11月22日太原火車站啟用，興建時以所在行政區北屯區暫名為「北屯」，通車前因鄰近太原路更名太原。車站所在地老地名為三十張犁（今稱三光）；12月7日高雄港站南號誌樓以南各股因捷運施工停用；12月15日南港站配合鐵路地下化與三鐵共構工程，臨時站房啟用；12月16日高雄港站南號誌樓拆除；永春車站行車管理的功能都移至新站之後，再將原有的舊站房拆除，由於永樂車站的站房與月台區北移，導致與隔鄰的永春招呼站距離太近，於12月18日時裁撤了永春車站；高雄港站南號誌樓配合高雄捷運工程而拆除；濁水車站站房再次重新修建；神岡支線因貨運業務量縮減，加上功能逐漸由公路取代，宣告停駛，2002年拆除完畢，並改建為潭雅神自行車道；台灣教育部廢除大學聯考，以「大學入學指定科目考試、大學學科能力測驗、大學入學術科考試」作為大學多元入學的指標。
2003年1月1日大溪站管理站由大里站改為頭城站； 1月23日田中車站擴建跨站式站房落成；3月2日由臺灣麥當勞公司向臺鐵承租經營的高雄臨港線嘟嘟火車正式營運；3月14日臺灣首例非典型肺炎引發SARS風波，使得全臺灣產生恐慌浪潮，創下臺灣戰後以來，醫院封院、街坊封樓、醫院外全面發燒篩檢的首見景況；6月13日武塔車站由甲種簡易站降為招呼站，觀音號誌站裁撤；北迴線電氣化改良大部分工程於6月底完工；7月1日南港站降等為二等站；7月4日在花蓮舉行北迴線電氣化通車典禮，由總統進行開幕剪綵儀式；7月16日「東海站」管理站由佳冬站改為枋寮站，又佳冬由三等站降為甲種簡易站，並指定由枋寮站管理；7月28日配合鐵路地下化工程，臨時站房啟用；8月永樂車站新站房完工啟用；8月11日配合車站北端改線工程完工，完成路線切換，啟用海端新月台；8月21日配合馬蘭鉤溪橋改建，馬蘭鉤溪橋-瑞穗間全線高架，富源站-馬蘭鉤溪橋新設引道，瑞北站廢止；11月14日蘇澳新站跨站式站房落成啟用，接送者可以直接開車上二樓；11月23日濁水車站站房重新修建完工啟用；配合行政院人力精簡，鳳林派出所裁撤；苗栗縣政府依文化資產保存法公告指定龍騰斷橋為縣定古蹟；年底成為東亞第一個立法保障公民投票權的地區。
2004年1月19日指定彰化扇形車庫為縣定古蹟；2月1日貢寮站由三等站降為甲種簡易站，並指定由雙溪站管理，四城站由三等站降為甲種簡易站，並指定由宜蘭站管理；3月19日於總統大選前夕發生「三一九槍擊事件」，為中華民國政府遷台以來首次國家元首遭槍擊事件；3月20日第11任正副總統陳水扁及呂秀蓮當選連任；5月中旬五堵舊站拆除；頭城站為全台管理站最多的三等站，而因應臺灣鐵路管理局將業務清淡車站逐漸簡化降等為簡易站或降為招呼站；2004年年中潭子車站原日治木造站長宿舍群拆除，改建為停車場，可供15輛汽車，300輛機車停放；8月由當時的臺中縣政府交通旅遊局，在拆除舊山線鐵軌之後，將原來的鐵路路線規劃改造成為鐵馬專用車道，稱為「后豐鐵馬道」；9月5日前頭城站共管理頂埔、外澳、龜山、大溪等四站，9月6日大里站由三等站降為甲種簡易站後，頂埔站改由礁溪站管理，但增加了大里、石城兩站，本站之管理站增加至五站，範圍幾乎涵蓋全頭城鎮；萬榮站客運雖然有停靠莒光號等對號列車，但還是不敵林田山人口外流之缺，上車人數僅7,718人，收入197萬元左右；10月21日凌晨，內獅車站北方的嘉和遮體附近發現不明的鐵塊；12月21日在內獅車站南方（往台東方向）的鐵路橋上方鐵軌的彈簧鋼夾遭到破壞，所幸沒有列車通過，台鐵也因此加強巡邏；鎮安車站東港線轉轍器拆除。
2005年1月10日的改點中平快車車種不再出現於縱貫線北段，全面被通勤電聯車和復興號取代，七堵調車場改建完成啟用，取代南港調車場成為台鐵客車調度基地，啟用行車調度電話，北迴線全線雙軌化工程完成，列車班次密度得以大幅增加，並且有效縮短台北至花蓮的行車時間；1月16日宜蘭頂埔站由簡易站降為招呼站；在捷運化方面，台鐵增設多個通勤車站來縮短站距，以便民眾利用就近車站：八堵和基隆之間增設的三坑車站於5月9日啟用；5月15日台中站百週年紀念活動，開行蒸汽火車慶祝；5月27日彰化扇形車庫整修完畢；5月31日立法院通過沙崙線連接臺灣鐵路管理局中洲車站與台灣高速鐵路臺南車站的鐵路支線相關預算；6月汐止和南港之間增設的汐科車站動工，經費新台幣3億5千萬元；6月21日末班2057次高雄往台東的自強號列車行經內獅車站時因鐵路的魚尾鈑遭破壞，列車因而出軌，此次列車雖然只有出軌傾斜，但也造成旅客受傷；6月23日百福車站開工；6月立法院預算審核通過新十大建設；7月7日沙崙支線舉辦地方說明會，大潭村民眾對路線規畫不滿意，要求變更，但中洲、中生村支持，後仍照原訂計畫徵收土地完成；7月15日旗尾線旗山站房公告為縣歷史建築(高雄縣政府94年7月15日府文資字第0940149542B號)；7月25日福隆站體改建完工，其中站名看板以仿宋體書寫，工程由東北角海岸國家風景區管理處撥款及台灣電力公司贊助，為台鐵車站中獨有的風格；由於電腦連線售票及花蓮客運漲價，萬榮車站業績成長2成，年度營收285萬元，上車人數成長至15,011人；8月12日起，針對陳水扁總統任內爆發的醜聞，由前民主進步黨主席施明德於台灣發起「百萬人民倒扁運動」，要求陳水扁總統負起政治責任下台，又稱「紅衫軍運動」；8月21日臺鐵南迴電纜線遭破壞；9月8日增設嘉北火車站通車，施工期間曾稱以「北嘉義」、「嘉基」等名，正式通車前改為今名，當地地名為「後湖」，站前公車站牌仍沿此名；9月30日舞鶴車站設立號誌站,拆除原本廢棄的月臺，另鋪上一股道； 10月10日潭子車站首度增停復興號，北上132車次，南下109車次，首開西部幹線三等站停靠對號列車的先例，鄉長蕭隆澤及立委紀國棟，偕站長吳聲萬共同揭開彩球慶祝；10月20日高雄第一臨港線貨運列車高雄港站改於前鎮車場到發，西臨港線不再安排貨運車次；11月5日921地震台中車站結構受損整修完畢；11月23日，光復-大富間加濃濃溪橋改建為兩孔下承型華倫式桁架橋，並新設引道4.5公里以避免橋樑被洪水沖毀；12月4日晚間高雄捷運橘線文化中心站到五塊厝站隧道工程崩塌災變，第一臨港線中正路平交道塌陷中斷，原本從高雄站經由東臨港線進入前鎮車場的貨物列車暫時改由西臨港線進入，使得原本已經停駛貨物列車的西臨港線意外重現往日榮景；12月19日高雄東臨港線於上午恢復列車通行，受到影響而停駛的嘟嘟火車亦於隔日恢復正常行駛。
2006年1月26日高雄市政府辦理燈會，向臺鐵局借用苓雅寮大橋，並於橋面搭建木板供行人及自行車通行，西臨港線宣告中斷，從這天起，嘟嘟火車由高雄站開抵新光站後，不再開至苓雅寮大橋及高雄港站，直接原車折返高雄站，臺鐵亦開始評估嘟嘟火車是否永久停駛；2006年2月19日潭子車站首度增停莒光號，北上南下共4個車次；2月28日嘟嘟火車最後一次行駛於高雄臨港線，隔日嘟嘟火車回送至花蓮定期保養三天；3月3日原定3月4日恢復行駛的嘟嘟火車，由於高雄市政府還未完成苓雅寮大橋上木板的拆除作業，以致火車無法通行，臺鐵及麥當勞於晚間宣布嘟嘟火車暫時停駛（實際上嘟嘟火車從此實質停駛）；3月17日，台東往高雄的96次莒光號列車行經內獅車站與枋山車站間，因鐵路遭到破壞導致列車出軌，車頭嚴重損毀造成柴電機車R104號報廢，三節車廂也翻覆至一旁的蓮霧園中造成1人死亡、2人受傷；3月31日配合臺鐵捷運化政策重新設大村站，並指定由員林站管理；4月4日大村站正式啟用，位置在日治時期站址北方100公尺；4月9日高架工程完工切換新線，汐止新站啟用、五股高架新線新站啟用；5月27日捷運板橋線板橋站－土城線土城站段開放試乘；5月31日板橋線板橋站隨著板橋線「新埔－府中」段與土城線「府中－永寧站」段正式通車而啟用，又潭子車站首度增停自強號，北上2056車次，南下2051車次，為豐原=高雄=台東的南迴線列車，當天一早發車前，鄉長簡文祥率公所一級主管蒞站與站長吳聲萬，在第一月台與該列自強號乘務人員共同拉開紅布條慶祝，隨後並在車站發送簡易時刻表與公所施政文宣品，簡單隆重，也是首開西部幹線三等站停靠自強號列車的先例。當天有一個趣事，由於該列車為行駛南迴線，使用柴聯式列車，鄉長及公所一級主管看見柴聯式列車與一般認知的PP推拉式列車不相同，且較老舊，以為不是自強號，後來由站長解釋確為新停靠的自強號，讓鄉長與公所主管原為積極爭取停靠而歡欣實現的表情一時之間非常尷尬；6月1日試辦女性專用車廂；6月8日到10日於台東關山舊站展出「薪火相傳．鐵道文化～鐵道文物展」活動，由展出者張建忠及林文淵導覽解說,10日當天將有「薪火相傳．鐵道文化」活動，以鐵道悠遊至里壟、文物展、座談會及舊車廂參訪等；6月28日《中國時報》報導試辦女性車廂效果不佳，台鐵表示尚待評估是否為既定政策；6月，曾因大雨造成大甲溪水暴漲，洪水強力衝擊造成舊山線大甲溪鐵橋花樑鋼橋的橋墩移位，使鋼橋自行車專用路面扭曲； 7月1日多良站因業務清淡而宣佈裁撤，客運列車不再停靠本站；8月1日大湖火車站因業務量下降，降為三等站，臺鐵運務段及車站專區的網頁標示還是二等站；10月1日台鐵整編非對號列車車種，原有的通勤電聯車、冷氣柴油客車全部統稱為區間車，普通車與平快車全部改編為普快車，又多良站正式裁撤；10月27日原本規劃時臺鐵的新左營站為「左營新站」，後來於2005年底改為現在的名稱新左營站啟用，興建經費新臺幣24.6億；10月31日臺灣高鐵左營站啟用，屬高捷左營與臺鐵新左營站共構，興建經費新臺幣33億；11月1日原先由員林站始發之列車改由田中發車，分別為1017次、1024次、1000次等三班自強號列車；11月3日斗六二代站房拆除; 11月1日苗栗福安地下道啟用；11月16日高鐵板橋站啟用；12月正式使用行車調度電話；七堵調車場改建啟用；12月1日，女性車廂試辦期結束，台鐵未公告續辦，又枋山站由簡易站降為招呼站，又新烏日車站部份啟用，烏日站再度降為簡易站，並指定由新烏日站管理；高雄港站-前鎮車場間之西臨港線路段停駛，又左營站降等為簡易站，並指定由新左營站管理，又臺鐵新左營站正式對外營業；新烏日車站部份啟用；12月22日石榴車站站房和周圍的職員宿舍以「石榴站車站及職員宿舍」之名登錄為歷史建築。
2007年1月5日台灣高速鐵路「板橋—左營」段通車，台鐵配合新建的新烏日及新左營兩車站也於同時啟用，以供乘客轉乘高鐵台中站和高鐵左營站，又配合臺灣高鐵通車，嘉義公車捷運開始行駛；1月21日於七堵原後站位置改建的七堵車站新場站正式啟用，前站停止使用，七堵後站、七堵前站名稱走入歷史；2006年6月曾因大雨造成大甲溪水暴漲，洪水強力衝擊造成舊山線大甲溪鐵橋花樑鋼橋的橋墩移位，使鋼橋自行車專用路面扭曲，臺中縣政府2月進行修復；3月1日配合六家線之新建及內灣線改善工程，內灣線新竹－竹東段暫時停駛；3月2日高鐵自本站向北延伸通車至台北站；3月29日配合玉里-東里間改線工程，三民-東里間自動號誌停用約8小時；3月30日玉里-東里間截彎取直、雙軌化（為臺東線少數雙軌化區段之一），東里站西遷至新站址，安通車站廢站；3月由花蓮區漁會代表林國賢及新城村長陳俊維發起更名為新城（太魯閣）車站； 4月2日配合臺鐵捷運化大林站增建月台及跨站式站房動工；4月26日台南鐵路地下化計畫定案，台南車站本體則計畫保存作為地標；5月3日樹林站第三月台啟用；七堵和五堵車站之間增設的百福車站於5月8日啟用，因地方民意要求，對號列車部份增停八堵站，為了提高宜蘭線服務品質和運轉速度而引進的太魯閣列車正式投入樹林與花蓮間營運，為台灣首次引進的傾斜式列車； 6月停用舊式無線電站車通訊系統；6月9日民雄跨站式站房工程動土；6月15日在大里車站南方約200公尺發生列車相撞，事發當時，由試運行的電力機車組正面，撞上電聯車（區間車）側面，造成5死15傷的事故；大里站設有「鐵路之旅-小站巡禮紀念章」之戳章，可供旅客蓋戳留念；8月1日潭子車站西出口（或稱西站）安檢通過，正式啟用，首開由地方政府出資為台鐵興建站房的先例，站房由縣長黃仲生及鄉長簡文祥題字落款；8月25日正式改為新城（太魯閣）車站；8月28日EMU700型電聯車加入營運；9月1日「人車同行」試辦，又員林鐵路高架化動工；9月28日深澳線再度停駛； 11月竹南北半段跨站站房完工；12月26日高架化工程路線切換時，冬山仍於原站房營業；汐止和南港之間增設的汐科車站於12月30日啟用，為簡易站，並指定由汐止站為管理；深澳線隨深澳火力發電廠停用，而正式廢止，又臺灣通使用；高雄捷運橋頭火車站由美濃窯朱邦雄博士創作橋頭站陶壁公共藝術「天工開物」，尺寸12公尺高 × 9公尺寬 × 6公分至45公分厚。
2008年1月18日「南科」臨時月台開工，臨近南部科學園區，在臺鐵捷運化的增設車站中，屬於後續計畫，由於當地舉辦2008年臺灣燈會、以及疏解南科聯外運輸，在臺南縣政府要求下提前設站，並由縣府墊付工程款。然而由於時間急迫，於2008年先設燈會臨時站，僅有鋼構月台。燈會結束後，改建為正式站；1月31日七堵新站第一月台啟用，列車停靠月台位置調整；1月25日高鐵快捷公車高鐵台南站-台南公園線通車，作為沙崙線通車前替代方案.；2月25日為疏運旅客需要，臺中車站開始增加太魯閣號班次；2月20日「南科」臨時站啟用，等級為招呼站；2月25日為加強疏運需要，彰化開始停靠太魯閣號，又豐原火車站開始停靠太魯閣號；3月3日台灣燈會結束，「南科」臨時月台停用；3月9日高雄車站臨時站隨著高雄捷運紅線「橋頭火車站—小港」段正式通車而啟用，又隨著高雄捷運紅線「橋頭火車站－小港」段正式通車高捷左營站而啟用，原名蓮池潭站，後配合高鐵轉乘，更改為現今之站址與站名，興建經費新臺幣17.2億，又高雄捷運橋頭車站啟用；3月11日員林站開始停靠太魯閣號；3月18日橋頭站停用日治時期舊站房，遷入捷運共構新站；
