臺灣介紹-歷史(中華民國-民主時期-蔡英文)-2016年5月20日至
第二次政黨輪替（2008年3月22日至2016年5月20日）
馬英九時期
2008年3月22日由中國國民黨提名的馬英九、蕭萬長在第12任正副總統中勝出，當選第十二任正副總統，是謂臺灣民主政治第二次政黨輪替；3月27日海端站由三等站降為乙種簡易站，並指定由關山站管理，仍具有交會列車的功能；4月1日為配合台鐵宜蘭線高架化工程與冬山河森林公園的開發，冬山站與周邊鐵路路段曾進行過高架化改建工程，新站體以「綠色隧道」作為設計主題，採用瓜棚造型的外觀，是台灣第一個以休閒觀光為目的所開發改建的鐵路車站，為東部幹線第一個高架車站；5月拆除站車系統車上設備，全部改為行調電話系統；5月1日車埕站由招呼站提升為簡易站，由水里鄉公所代管並代售車票；5月15日台鐵實施年度時刻表調整，太魯閣號和區間快車大幅增班，普通車並同時退出宜蘭線營運，改點幅度為歷年最大，七堵站取代松山車站成為西部幹線各級南下列車始發站，永康火車站開始大量停靠莒光號、復興號，又濁水站由招呼站提升等丙種簡易站，又后里車站正式停靠自強號；5月20日濁水車站開始販售名片式和薄紙式車票；6月20日台北－樹林間共計4站試辦悠遊卡付費；7月1日試辦「旅客攜帶置於攜車袋自行車隨乘」與對號列車「旅客攜帶寵物隨乘」服務； 7月3日配合高雄市區鐵路地下化計畫，高雄港檢車分段遷移至高雄機廠遷移完成；鼓山車站-高雄港站路段及高雄港站站內區亦隨之停用；8月1日悠遊卡使用範圍擴大，基隆－中壢間共計19站開放使用悠遊卡付費，部分車站亦同步提供悠遊卡的加值服務；8月23日多良站成為郵輪式列車的中途停車地點，但並未恢復其原本的車站編制；9月21日松山新建地下化車站正式啟用，列車改行駛地下隧道及停靠地下化月台、縱貫線松山汐科段鐵路地下化工程竣工，臺北市內路段全面地下化，南港地下化車站（台鐵部分）隨著鐵路地下化工程完工而啟用；9月28日高雄第二臨港線穀斗列車停駛；10月21日員林鐵路高架化臨時軌道動工；11月1日至9日辦理「摩登高雄‧百年風華」活動，開行「高雄港尾班車」專車；最後一班列車於九日下午五點三十分由高雄港站駛離後，鼓山車站-高雄港站不再有火車行駛，隨後高雄市區鐵路地下化計畫之鼓山車站一至六股拆除工程開工，鼓山車站通往高雄港站的鐵軌正式截斷，此後火車再也無法駛入高雄港站；11月13日沙崙線橫跨鄉道南160線之高架橋因施工不慎崩裂，稍後敲除重建；11月19日高雄臨港線奉准廢止；汐科車站之身障人士若要坐輪椅從南側進入月台，須等候站員開啟月台中段的身障電梯， 連接汐止遠東世界中心、台5甲線之步行聯絡道未與站房同時興建，遲至12月15日才竣工啟用；12月16日高雄港站及其管理之新光車站裁撤；12月18日捷運藍線營業列車全面駛入南港站月台調頭，但仍會在昆陽站預先清車；11月19日高雄第一臨港線高雄港-前鎮車場路線正式奉准廢止； 12月5日大林站新月台及跨站式站房啟用；12月16日高雄港站裁撤；12月19日斗六跨站式站房啟用；12月25日下午兩點隨著捷運南港線「南港─昆陽」段正式通車而啟用，首班車為全車彩繪車「貓熊」，又12月25日「拔林車站」降為招呼站；12月31日高雄港站辦理交接，高雄港站所屬之前鎮車場業務移至高雄車站管理；配合沙崙線中洲車站改建期間失去待避功能，於保安火車站原有側線旁興建第二月台，方便辦理旅客列車待避作業。
2009年1月竹南南半段及站房主體工程完工；1月9日南科火車站工程動工；2月15日臺灣鐵路管理局副局長張應輝表示，預定6月辦理舊山線招商，由民間業者經營舊山線復駛；2月18日配合臺鐵捷運化政策,動工興建浮洲車站；5月13日配合高雄市區鐵路地下化計畫暫時裁撤（鼓山第二代站房停用）；6月15日服役30年的EMU100型自強號電聯車，進行平日最後定期營運，未來除留部分車組動態保存及輔助行駛外，其餘車輛將報廢除籍；6月16日台鐵實施年度改點措施，除縮短區間車行車時間外，也將增加西部幹線直達列車及東部幹線、南迴線運能，西勢站首次停靠對號列車175次往臺東復興號列車（之前每年春節加班莒光號列車都會增停本站），永康火車站莒光號以下全部停靠，並開始停靠自強號；7月樹林站第二月台6至7車處設置販賣便當櫃檯；7月4日台北捷運內湖線南港展覽館站隨著內湖線正式通車而啟用，並同時啟用本站至內湖線南港展覽館站間免費公車接駁，以期減低忠孝復興站的運量負擔；7月14日因臺鐵捷運化需要，原第一代車路墘停車場舊址(即今仁德糖廠附近重設仁德火車站動工；7月16日至26日於高雄市舉辦「2009年世界運動會」；7月25日旗尾線旗山站房修復完成；8月莫拉克颱風侵襲臺灣而發生嚴重水災，使中南部與東部蒙受巨大損失；8月8日八八水災造成林邊溪橋受損，林邊車站遭厚實的泥沙覆蓋，導致列車只能行駛至南州車站，屏東線、南迴線中斷，又部份班次自強號臨時增停林鳳營火車站至8月13日止；8月10日經建會通過「臺南市區鐵路地下化計畫」，工程期為7年8個月，預計2017年完工；8月15日竹南跨站式車站完工，正式啟用；8月31日第三次江陳會談提議將兩岸包機轉為兩岸定期航線啟航；9月15到25日台北市舉辦「2009年夏季聽障奧林匹克運動會」；10月21日員林鐵路高架化臨時軌道完工；10月23日民雄跨站式站房完工並開始使用新站房； 10月27日新烏日車站少數部分自強號開始停靠；10月28日為配合員林鐵路高架化工程，原先由員林站始發之列車改由田中發車，分別為1085次、1086次（毀於2012年埔心事故）、1089次等三班太魯閣號列車，還有1120次、1121次等二班自強號列車；10月31日高雄市區鐵路地下化計畫新左營站場增設工程開工；11月11日員林站切換至臨時月臺「西正線」（第一階段切換）；12月13日瑞北自行車道服務站完成啟用；12月29日隨著松山新站售票處完工，臨時南北站停止服務；12月30日八八水災受創最嚴重的屏東線林邊段、南迴線通車，環島鐵路網恢復；12月31日悠遊卡搭乘台鐵列車試辦合約到期，但悠遊卡公司承諾繼續提供台鐵基隆至中壢間各站乘車旅客悠遊卡服務；展開花東鐵路電氣化之相關工程；沙崙線大潭車站定名長榮大學車站，此舉曾受到當地居民反對；年底豐原=大慶間高架化捷運化工程開工，豐原=太原興建臨時軌，潭子車站設置臨時月台及臨時車站；臺灣鐵路全線里程重測後，彰化以南的車站營業里程改為經由山線（但電化桿上的里程標仍沿用經由海線的里程），運費計算里程方與車站營業里程一致，與「山線」相同，臺灣鐵路管理局內部部分官方資料亦無海岸線或海線名稱，而諸如年度統計年報內，海線營業里程資訊亦納入縱貫線。
2010年1月12日跨站式站房正式啟用，舉行啟用典禮並販售紀念月台票；1月南科火車站工程完工，升為簡易站；1月14日員林車站切換至臨時月臺「東正線」（第二階段切換）；2月28日行政院長吳敦義視察，宣佈以2011年1月1日為沙崙線通車目標；3月26日西部幹線基隆－新竹、東部幹線八堵－瑞芳間（暖暖除外）啟用臺灣通電子票證乘車；4月5日2056次自強號在西勢站發生引擎脫落事故，後來因西勢站長處理得宜而被嘉獎記功；5月24日舊山線三義至（舊）泰安間試運轉，做為復駛的準備；5月28日因應5月26日晨間，屏東－枋寮間區間車之發生男乘客性侵高中女學生案件，台鐵緊急指定晨間、夜間各級列車之第1節車廂為女性專用車廂；台鐵舊山線沿線陸續成為觀光景點，地方政府及民眾要求復駛的聲音愈來愈高，台鐵經過幾年的籌措，終於修復台鐵舊山線軌道，睽違12年的舊山線6月5日舊山線在三義和新山線銜接復駛，首班車以CK124蒸氣火車行駛，復駛編組為（舊）泰安←CK124 + 14CW8944（煤水車） + TPK32229（TP/TPK32200型客車） + TP32220 + TP32264 + TP32267 + TP32215 + R123→三義。因土地取得問題，舊山線復駛目前將僅於三義至泰安站間，泰安至后里站暫不復駛（列入第二階段復駛目標），舊山線復駛，三義火車站為起點站，同時慶祝6月9日123週年鐵路節暨舊山線ROT暖身，以帶動鐵道觀光旅遊新風潮，開行「CK124舊山線風情半日遊」懷舊郵輪式列車，三義－泰安舊站之間的舊山線復駛計畫中設置魚藤坪車站，又計畫於9月公開招商交由民間營運；6月15日高雄港站站內區攔腰截斷的的臨海二路打通至七賢三路工程完工通車；6月29日員林鐵路高架化高架橋工程動工，又第五次江陳會談於重慶正式簽署「兩岸經濟合作架構協議」；7月14日南科火車站正式啟用，並發售通車紀念車票；8月17日立法院正式表決通過「兩岸經濟合作架構協議」；8月18日臺鐵新左營站第一月台啟用，部分「高雄－枋寮」區間車以及南迴線「高雄－臺東（－花蓮）」對號列車改為從本站始發；10月1日中洲火車站由三等站提升為二等站（為因應沙崙支線通車）；10月10日CK124蒸氣郵輪式列車行駛至民雄站為止；10月13日台鐵在網路上公告舊山線的委外經營（ROT）案；10月20日CK124蒸氣郵輪式列車行駛至本站為止；10月24日利用高雄港站閒置站房整理而成的「打狗鐵道故事館」開館，館內展出相關鐵道文物，目前由高雄市政府文化局委託中華民國鐵道文化協會營運；10月29日苗栗車站跨站式車站工程動土；10月30日CK124蒸氣郵輪式列車行駛至本站為止；2010年11月6日至2011年4月25日2014年3月18日，台北市舉辦「2010年台北國際花卉博覽會」，是台灣第一個正式獲得國際園藝家協會及國際展覽局認證授權舉辦的A2/B1級國際園藝博覽會；11月16日、18日沙崙線開放民間團體試乘；11月23日台鐵多卡通自動驗票閘門於南港車站、松山車站和台北車站正式啟用；12月22日因應沙崙線通車新增70班次及基隆車站改建計畫（基隆站內由8股道縮減為3股道運行），台鐵微調250班次列車時刻，復興號同時於12月21日離開西部幹線，台南火車站前站增設人行地下道無障礙電梯2座啟用（分別位於計程車排班區、經濟部標準檢驗局臺南分局）；12月22日台鐵大改點後，台鐵板橋車站已列為各級全部列車每班都必停的站，又配合復興號班次改由莒光號列車行駛，西勢站改由91次往臺東莒光號列車停靠，同日至28日進行沙崙線試運轉，排點比照通車後時刻（臺南－中洲段開放一般乘客搭乘），又新烏日車站全面停靠莒光號；臺鐵出租南臺南舊站房予民間業者，作為餐飲用途，又斗六站成為中南部電車的始發站之一；12月25日五都升格正式實施，乃1950年以來臺灣地方自治的最大變革；集集線為上映的以鐵路故事為題材的電視電影《記得我們愛過》的舞台。
2011年 1月2日沙崙線正式通車，為台鐵自1992年南迴線通車後再次新建路線，因作為建國百年首項活動，總統馬英九等人俱赴現場，台南、中洲站開放電子票證乘車，中洲站新建之沙崙線月台、軌道等設施，隨著該線通車而啟用，又長榮大學火車站與沙崙火車站啟用，翌日高鐵快捷公車台南公園線廢止，台南火車站20分鐘抵達與高鐵台南車站共站的沙崙火車站，又永康火車站並開行直通列車，無需轉乘，公路客運試辦啟用多卡通，悠遊卡正式進入南部交通領域；1月15日沙崙線免費乘車結束，台南、中洲、長榮大學、沙崙四站全程開放電子票證乘車； 1月24日下午三點第二臨港線從剛健鋼鐵公司開出最後一班到前鎮車場的列車後，第二臨港線也結束營運，高雄港站停駛後保存於蓮池潭的CT251（實為CT259）和DT609蒸汽機車搬運到高雄港站；2月20日藍線營業列車全面駛入南港展覽館站月台調頭，但仍會在本站1號月台預先清車，並同時恢復原有的列車行進方向設定（第一月台為上行月台；第二月台為下行月台）； 2月26日竹南車站配合2011年台灣燈會在苗栗活動疏運，創下單日旅客人次16萬紀錄；2月27日下午兩點隨著南港線自本站向東延伸通車至南港展覽館站，並在下午三點停駛兩站之間免費接駁公車；3月31日因林鳳營火車站副站長王國清針對身障者出入車站不得體言語及行為引發抗議；因3月31日林鳳營火車站副站長王國清針對身障者出入車站不得體言語及行為引發抗議，身障者並於4月3日齊聚台南火車站體驗至林鳳營車站體驗臺鐵的無障礙設施，台鐵率運務處長詹鴻漳，也在下午率領台南、高雄相關段長、站長在場等候，向大家為此事道歉；4月23日高雄港站自行車道完工啟用，該工程對高雄港站場域景觀影響甚鉅；4月24日高雄第一臨港線憲政路平交道至前鎮車場電車線陸續拆除；6月浮洲車站完工；6月18日員林鐵路高架化高架車站工程動工；6月30日台鐵擴大悠遊卡之使用範圍，北部增加侯硐、雙溪、貢寮、福隆等4站，南部則往北延長至南科站（增加保安、大橋、永康、新市、南科）； 7月12日高雄鎮車場為起點的第二臨港線正式裁撤；舊山線暑假期間行駛；板橋和樹林車站間增設的浮洲車站原預計8月30日啟用及辦理客運事宜因受南瑪都颱風影響，一併延期，啟用紀念月台票順延至9月2日發售，自首班車起啟用，並發售通車紀念月台票，於14時30分舉行通車典禮；2011年9月26日彰化跨站人行天橋正式啟用；9月28日台鐵啟用新式車次編法，對號列車調整為三碼（加班車在車次三碼前加註5），四碼則專供區間車與普快車使用，新版時刻表亦同時啟用，西勢站原91次莒光號改為701次莒光號停靠，永康火車站首次出現於定期旅客列車班表中成為列車始發站及終點站；舊山線10月15日至2011年12月31日行駛；10月28日大村後站正式啟用；配合銜接新竹市中心至高鐵新竹站而新建的六家線於11月11日完工營運，同時內灣線新竹—竹東段改建完成恢復通車；台鐵擴大悠遊卡、臺灣通之使用範圍，北部增加內灣線的世博（千甲）、竹科（新莊）、竹中、六家、竹東及內灣等6站；12月20日停止受理停靠枋野、多良兩站之申請；12月22日台鐵啟用超商取票服務；悠遊卡使用；花東鐵路電氣化及花東車站效能提升計畫，研擬林榮站復站，新林榮站將改設在新光兆豐農場大門前，距原址約1公里，兆豐農場投資3億5千萬元計畫復站，並在出資2千萬做為營運基金，新建的林榮站因該段為溪底隧道引道，故規畫為地下車站，設定為簡易站只停靠區間車，但集團希望藉由自強號停駐兆豐農場，能夠帶進更多觀光客，進而推動地方繁榮與發展，北上緊鄰豐田車站，南下為南平車站；2008年1月至2011年12月底間，鐵工局配合林邊溪橋改建工程將林邊站改為高架；桃園縣於2011年被賦予「準直轄市」地位。
2012年1月3日高雄市政府都市發展局與臺鐵高雄機廠合作，新增六節各式車廂至站區股道展示，除已有百年歷史之15EF19平車外，35BK32952行李車更恢復為原始藍啞鈴之塗裝，新增車輛如下：35SP32426客車（1966年）、15EF19平車（1912年）、35BK32952行李車（1970年）、35F20106平車（1975年）、3CK2109篷守車（1982年）、35G20060敞車（1969年），又潭子車站路線切換至臨時軌使用，啟用臨時月台及改至臨時車站營業，東站停用，並拆除站體，進行高架化站區工程，又造橋車站已由簡易站再降等為招呼站(無人站)，且繼續指定由竹南站管理；1月10日林邊站高架站房啟用；；1月17日發生於桃園縣楊梅市（今桃園市楊梅區）埔心平交道事故，一輛砂石車在經過台鐵縱貫線埔心車站以南、通往幸福水泥埔心廠大門的平交道時，砂石車駕駛疑似欲闖越平交道未成功，並有棄車逃跑的行跡，導致其後行經的台鐵太魯閣自強號列車撞上砂石車，造成機車長蔡崇輝送到醫院後死亡、列車長及乘客共22人輕重傷，此後僅能以5列40輛營運；馬英九與吳敦義在第13任正副總統連任成功；2月13日林邊站舊站房拆除；2月23日配合花東新車站運動，將原本平和站已不使用的站房重新整修完成改善月台設施；3月1日發生於1月17日埔心平交道事故地點的平交道於事故後不久即遭臺鐵封閉停用。駕駛蔡崇輝因公殉職，交通部鐵路局積極爭取以最高等級「冒險犯難」加給50%撫卹，但銓敘部官員認定屬次一級的「執行職務發生危險」撫卹，加給25%，家屬不服遂提起行政訴訟敗訴；3月30日台鐵暖暖站啟用悠遊卡服務；4月1日暖暖站正式啟用電子票證業務（僅限進出站不含充值服務），成為臺灣鐵路史上第一個設置電子票證業務的無人招呼站； 5月臺南火車站跨越第一月台與第二月台的電梯完工啟用；6月22日新烏日車站內部工程大抵完工，新烏日站文創商場（台灣鐵道故事館經營）開幕； 9月28日臺中車站高架新站工程動工；9月28日北湖車站舉行啟用典禮；台鐵向日本採購之TEMU2000型傾斜式電聯車普悠瑪號10月15日第一編成於日本車輛出廠；10月21日配合「花東新車站運動」開始改建新城（太魯閣）站工程，預計2014年12月完工；10月25日一名身份不明的男子在南下第171次自強號列車經過石龜站時突然自月台躍下，遭列車撞擊死亡；12月25日第一、二編成抵達基隆港，首日就在基隆站發生列車卡在月台，因工務段鋪設軌道時計算軌道曲線半徑錯誤，造成列車轉彎時EM車底牽引變流器的保護罩和月台末端斜坡擦撞，導致列車卡住、刮出刮痕，事後四名工務系統官員分遭記過、調職處分，因應普悠瑪號測試，一方面防止列車與月台間距過近，另一方面配合月台增高工程，將基隆、暖暖、牡丹、貢寮與和仁等5處車站月台邊坡敲除，彰化站則是將月台下方平時供站務人員使用的階梯敲除；12月18日湖口車站舉行跨站式站房啟用典禮；12月「石榴站」站房整修完工。
2013年1月1日林口線(桃林鐵道)停駛，結束營業；1月10日凌晨3時車埕木造站房發生火警，文化局列管之古蹟遭到祝融；1月18日TEMU2000型傾斜式電聯車普悠瑪號在台中后里到苗栗三義路段進行列車極速測試，跑出列車設計最大速限─時速150公里；2月1日舊東里站房改建為鐵馬驛站並正式啟用；2月6日普悠瑪號開始於樹林到花蓮間行駛，首航車次為5208次，編組為TEMU2003+2004；2月28日關山新站改建完成啟用，為鐵改局推動「花東新車站運動」第一個完成的車站；3月1日普悠瑪號每逢週五、六、日、一，開始營運樹林到花蓮間的路線，沿途停靠樹林、板橋、台北、松山、宜蘭、羅東、花蓮等車站，其中226次松山→花蓮間為直達，中間不停靠任何車站； 3月11日開始營運樹林與花蓮間的普悠瑪號列車；3月19日左營站遷移至跨站式站房的臨時車站，並拆除第一月台及原有站房做為地下化工區，僅使用第二月台；4月起普悠瑪號剩餘15列30組120輛分批陸續交車；5月1日協助經營林務局擁有之阿里山森林鐵路；5月1日普悠瑪號首度出現每天行駛的普悠瑪號班次（226次、223次）；5月30日台鐵擴大多卡通之使用範圍，北部向南延伸至苗栗等六站，南部向北延伸至後壁等7站，造橋、竹南….車站開放使用悠遊卡、一卡通、臺灣通及遠通ETC卡；6月4日高雄捷運環狀輕軌於前鎮車場內正式動工；6月25日歸來高架路線通車，高架新車站營運，又潮州站改為高架車站，又竹田站改為高架車站，保存日治時期木造車站，又西勢站改為高架車站，又麟洛改為高架車站；6月27日零時，關山站-瑞和站間截彎取直與隨著花東鐵路電氣化工程完成軌道切換後，花東月美站裁撤廢站走入歷史；6月大富站原有島式月台在靠站房側的新岸式月台於完工後停用；7月發生「洪仲丘事件」，促使民間團體發起「白衫軍運動」，要求政府重視軍中人權，促成國軍制度改革； 7月5日為疏運夏戀嘉年華造成北迴線周休假日旅遊人潮，從5日到7日、12日到14日止，連續2個周末每天加開2班普悠瑪號行駛樹林到花蓮間的路線[；7月17日竹北車站舉行跨站式站房啟用典禮；7月19日為因應暑期東部幹線輸運旅客需要，悠瑪號每逢週五、六、日開行14列次往返樹林到花蓮；平日亦有8列次往返，增加傾斜式列車發車密度；8月1日暖暖站改由瑞芳站管理；8月27日台鐵向日本採購之EMU800型區間電聯車，兩列抵達基隆港（剩餘35列由台灣車輛組裝）；8月29日，新山里隧道啟用，又原山里隧道群停用，又康芮颱風影響台灣，雨勢使雲林縣斗南鎮淹水，斗南站淹到只剩月台，鐵軌整個淹沒；9月25日進行列車運行時刻微調，配合更多列車編組投入營運，增開定期正班車及加班車，每日悠瑪號雙向行駛12列次，假日雙向行駛22列次，新城（太魯閣）站首度停靠普悠瑪號；又應因新購普悠瑪號列車首批7列正式加入東幹線營運，及配合台中鐵路高架化施工而調整時刻表，潭子車站取消了2班自強號列車，南下101車次、北上156車次；9月30日台鐵擴大多卡通之使用範圍，北部新增平溪線各站(三貂角)、內灣線，南部向北延伸至林內、向南延伸至屏東，多卡通開放皆可使用一卡通；10月3日因應新城～北埔間貨物班次增加，為路線容量需要，景美站向兩側擴建待避線，升等為乙種簡易站，仍由新城站管理；10月13日松山站與位於日本愛媛縣松山市、由JR四國所營運的松山車站締結姊妹站，成為台灣第二座與日本締結姊妹車站的鐵路車站），並於當日販售2500份紀念套票；10月16日苗栗第三代車站關閉，跨站式車站開始試營運；10月24日新光復隧道啟用；原光復隧道舊線停用；10月25日苗栗車站舉行跨站式站房啟用典禮；10月25日苗栗跨站式站房正式啟用，苗栗車站進入第四代車站時期；10月27日高雄臨港線成功橋橋面鋼樑開始拆卸；10月底本站配合臺鐵捷運化政策沙鹿火車站改建跨站式站房正式啟用；11月14日因新河底隧道改線，新建符合雙軌電氣化淨空標準之河底隧道完成軌道切換後，原溪口一號、二號隧道舊線及溪口廢站走入歷史；11月28日新豐坪溪橋啟用，舊豐坪溪橋以及3處平交道走入歷史；11月30日瑞芳後站（第三月台）開放，供乘客站內進出；12月10日改回舊名猴硐；12月13日旅客在拍攝多良站時，發生誤闖鐵軌淨空區域，列車急煞後以及旅客及時閃避，未釀造成事故；12月30日普悠瑪號列車全部17列34組136輛已於全數交車完畢，測試完畢正式投入營運；瑞芳原站外地下道改建為聯通前後站的地下道；同時新建地下道啟用；台東線電氣化，鳳林改為菸樓式站體。
2014年1月1日132名趕回花東的進香團團員集體強行搭乘普悠瑪號危及安全，台鐵強硬譴責，並指該團補票和罰金共四萬多元，創單一車次新紀錄；1月9日深澳線復駛至海科館車站，當日舉行啟用典禮，次(10)日開放民眾搭乘；1月9日隨海科館車站完工並啟用，深澳線將改為客運用途路線復駛；1月10日仁德車站舉行啟用典禮，高雄臨港線苓雅寮大橋橋橋面鋼樑開始拆卸，隔日（1月11日）全數拆卸完成，又仁德火車站新站正式啟用；1月16日2012年1月17日發生臺鐵埔心平交道事故2週年前夕，銓敘部官員翻案，確認蔡崇輝符合「冒險犯難」因公撫卹要件，1月17日，臺鐵全線列車駕駛員自發性串連，於當日上午10:00全國同步「鳴笛」5秒鐘，對蔡崇輝盡忠職守、捨身救人之英勇情操，致上最高敬意；2月16日因應南投燈會，新烏日車站開放停車；3月8日臺灣電力公司將已停用之兩部調車機與一輛煤斗車捐贈中華民國鐵道文化協會，並將車輛陳列於高雄港站，新增車輛如下：日立製D-3調車機、P35H22019煤斗車（1996年）、SCHÖMA製L03調車機（1986年）；3月18日由不滿簽署《海峽兩岸服務貿易協議》審查程序的大學生和研究生發起「太陽花學運」，並趁員警不備時，約400名學生攻佔立法院；3月23日由於太陽花學運未獲政府正面回應，部分學生於晚間7時35分由行政院正門攻入，是為「323佔領行政院事件」；3月22日因猴硐站名更改之故，名片式車票自16:00起正式走入歷史； 3月25日潭子車站高架化站區橋樑工程及月台基礎工程完工，目前進入站體鋼樑結構搭建工程；4月18日普悠瑪號首度於台東線進行電氣化試運轉，編組為TEMU2031+2032；4月29日配合太魯閣號維修需要，206次、271次、282次、247次暫時變更為普悠瑪號列車替駛，首度行駛樹林－彰化間（經山線），編組為TEMU2009+2010，又彰化開始停靠普悠瑪號，又配合太魯閣號維修需要，臺中站開始停靠普悠瑪號；4月底，國立東華大學學生發起志學站更名連署活動，希望該站能比照新城站模式（新城站〔太魯閣〕）將車站更名為「志學站〔國立東華大學〕」，以提升該地知名度，以及增加觀光客源。並且，同時希望能夠有更多自強號停靠該站，以方便居民以及學生返鄉需求。除此之外，學生也表達該站需要提升硬體設施的需求，例如該站並未設置無障礙設施，時常導致行動不便者須行走天橋，且在雨日有滑倒發生危險之虞，對於此舉，校方表示樂觀其成；4月29日山里站以北號誌自動化系統啟用；5月5日第211車次普悠瑪號在龜山車站撞擊一位穿越軌道的老翁，老翁當場死亡；5月22日林邊站獲得金路獎；6月22日配合鳳山計畫工程，拆除鳳山站舊站房，啟用於糖鐵鳳山站原址興建的臨時站房，車站內股道配置為三股道，設置一個岸壁式月台、一個島式月台；6月28日舉行花東鐵路電氣化通車典禮，象徵電氣化時代來臨，由TEMU2027+2028擔任的5999次媒體/官員試乘專列，於上午10點13分由台東準點開出，於下午1點43分準點抵達台北，創下台東－-北3小時30分的歷史記錄，也是本款車首度在台東線載客的記錄，又知本站以南迴線先行工程名義完成單線電氣化；7月1日以試營運模式，開行樹林－台東間普悠瑪列車，正式開放一般民眾搭乘，首航列車為TEMU2019+2020；7月3日利用高雄第二臨港線路廊興建的「前鎮區臨港線（翠亨南、北路旁）自行車道」工程，於第二臨港線中山路平交道南側舉行動土典禮；7月7日一列北上基隆的第112車次自強號，在行經龍井車站南側時不慎撞上正在軌道維修的道班工與台鐵職員，當場造成兩人殉職，列車停擺；7月16日台東線電氣化完工啟用，本日起大幅改點，普悠瑪正式營運於台東線，第一班正式營運列車為402次，編組為TEMU2017+2018，太魯閣號開始停靠志學車站，又1(51)、2(52)次觀光列車不停靠屏東站，屏東站首度有列車不停靠，又太魯閣號西部幹線端點延伸至斗六站，又為加強疏運需要，竹南站、沙鹿站、清水站、大甲站，開始停靠太魯閣號；7月18日蘇澳新站由二等站升為一等站，蘇澳由一等站降為二等站；7月19日花蓮站晉升為全國第四個特等站，人員編制九十九人擴充至一百四十人，成為東部幹線對號列車、跨線列車與太魯閣、普悠瑪、復興號的主要始發站與停靠站；7月27日臺中車站站前廣場的臺中BRT藍線臺中火車站（臨時站）啟用；7月31日新烏日車站由三等站升為二等站；8月1日凌晨高雄發生丙烯氣爆事故，導致三多路平交道部分路軌隆起位移，警報號誌及圍籬傾倒，第一臨港線停駛；8月2日八時，經高雄市政府應變中心同意，臺鐵高雄工務段、電務段人員進場搶修三多路平交道受損路軌，並於當日下午拆除平交道板；8月6日至9月1日台鐵在週一到週四開行花蓮站不辦客運之5406次超級直達普悠瑪號，時刻表是顯示列車從松山站開車之後直達台東站，雖是松山站直達台東站，仍要停靠花蓮站作司機員交接，首班5406次在8月6日開出，編組為TEMU2017+2018；8月14日下午2:31第417車次普悠瑪號在暖暖站前平交道撞死一名80歲的老翁，老翁當場死亡，事故列車編組為TED2013；8月25日高雄第一臨港線封閉超過三星期後，當日由S210柴電機車進行高雄=前鎮車場來回試運轉兩次，結果順利；8月26日高雄第一臨港線正式復駛。本日R24及R67柴電機車重連運轉經第一臨港線至前鎮車場，分別將高雄機廠的車輛拉出到高雄檢車段。已有PP自強號客車15輛拖出機廠，將加入中秋節輸運行列；9月花蓮站擴建計畫工程開工，主要工程包括東、西站改建工程、花蓮站主體新建工程、自由走道新建工程、花園大廳、雨棚新建工程等；9月7日421次普悠瑪號列車下午4時13分在雙溪站南邊轉轍器間發生死傷事故，當日編組為彩繪列車TED2019+2020； 9月19日配合高鐵車站而北移的豐富新車站站房與月台動土施工；台北捷運松山站10月5日台北市政府辦理松山線初勘；10月28日，集集線與日本千葉縣夷隅鐵道締結姊妹鐵路；10月31日交通部辦理台北捷運松山線履勘；11月2日員林鐵路與車站高架化正式通車；11月15日松山線正式通車而啟用；11月18日配合台鐵小幅改點，228次、229次普悠瑪列車延駛志學站；「花蓮市舊鐵道遊廊活力重現計畫」，舊鐵道軌跡（和平路至田浦車站）進行景觀路面改善工程，並增設解說牌，述說鐵路廊的歷史；；11月29日高雄車站捷運臨時站上行臨時軌廢止，改行永久軌；台鐵局計畫委託民間經營活化苗栗鐵道文物展示館，公開徵求「苗栗縣苗栗火車站鐵道博物館興建營運移轉案」民間投資者；桃園縣年底正式升格為直轄市，為台灣第六都。
2015年林榮站啟用，底新自強雙軌隧道通車後舞鶴號誌站將裁撤；高雄捷運環狀輕軌第一階段；6月30日啟用多卡通刷卡機；潭子車站目前雙向停靠對號列車計9列，區間車計100列；7月8日配合BRT廢除及優化公車專用道上路，原臺中車站站前廣場的BRT車站改為300、305、306路公車的停靠站；10月15日改點後普悠瑪號取代太魯閣號，280車次、271車次、282車次、273次、288次、283車次皆改為普悠瑪號每日來回，又改點後普悠瑪號取代原來太魯閣號,又竹南站也開始停靠普悠瑪號以始用278車次、285車次經海線每日來回。
第三次政黨輪替（2016年5月20日至今）
2016年1月1日員林鐵路高架化之其餘工程完工(含舊站體拆除、站前美化、舊臨時軌道拆除、平交道、四處地下道回填等；1月16日中華民國總統選舉民進黨提名的蔡英文當選中華民國第十四任總統，也是臺灣歷史以來第一位女總統，另外，國會也在這次第九屆立法委員大選首次政黨輪替，民主進步黨首次席次過半；
