臺灣介紹-歷史(中華民國-民主時期-陳水扁)-2000年3月18日至2008年3月22日
民主化時期（1988年1月13日至2000年）
李登輝時期
1988年5月高雄第二臨港線草衙車場-中鋼公司停駛；7月16日淡水線停駛，結束營業，原路線拆除改建為臺北捷運淡水線；9月19日配合台北市區鐵路地下化工程，前站改建為鋼筋混凝土之現代化站房；六塊厝-屏東2.2km雙線完工，知本-太麻里11.8完工；原舊的林榮車站主體拆除，僅剩下倉庫與宿舍，原址改建成林榮公園；林宗正牧師率領數名原住民青年以電鋸拆毀嘉義站前的吳鳳銅像，使「吳鳳神話」開始破滅。
1989年3月1日因行政區屬吉安鄉干城村，南華站名配合村名改為「干城」，又麟洛由甲種簡易站降為招呼站；3月16日暖暖站改只派一名站員辦理售票業務；5月15日瑞和站降為招呼站；8月20日深澳線結束客運業務；9月1日首段鐵路地下化路段，縱貫線華山貨運站（已廢止）－萬華站間路段竣工，當時一度臨時使用電氣路牌閉塞制；9月2日台北萬華間鐵路地下化竣工通車；因應永樂車站的居民請求，增建了一座客運用月台，並自9月26日開始停靠客運列車，之後，為了配合北回線的雙軌化暨電氣化改建工程永樂車站附近的路段進行路線修改，原有的月台停用，改在站區較北端設置新的月台並將客運服務業務遷至新位置開始營運；11月1日水里由三等站降為簡易站，並指定由濁水站管理；11月14日拆除舊永康火車站站房，改建為鋼筋混凝土的現代化站房；12月10日水里站管理站由濁水站改為二水站，唯一一個由台鐵派有站員的簡易站；鳳山-九曲堂8km雙線完工；深澳線停辦客運並全程辦理貨運，同年瑞芳後站廢止；「拔林車站」改為簡易站，固定時間派員售票。
1990年台北車站大樓（第五代站房）同時啟用，台鐵局本部於由原鐵道部廳舍遷至大樓內； 3月1日五堵降為三等站；烏日火車站降為三等站；臺灣鐵路管理局神岡線鐵路貨運支線(今潭雅神自行車道),長度8.7公里，路線自潭子站分歧後，向西行進通往清泉崗空軍基地油庫終點站，全線除土地外,所有建設經費悉由軍方申請美援支付，委由臺灣鐵路管理局管理,由軍方使用並支付養護費用,因神岡站於3月1日停辦貨運業務；大學生發起三月學運，李登輝總統認同此學運並宣布修憲及改選國民大會；4月1日石城站由簡易站降為招呼站，並指定由大里站管理； 4月24日舊山線北上30次莒光號列車於造橋＝豐富間的造橋隧道（第二代西坑尾隧道）南口，因山崩土石滑動發生撞山重大出軌意外，造成2名司機員喪生，E221報廢；6月1日七堵升為一等站；7月31日南勢－銅鑼4.1km雙線化通車；；8月1日七堵調車場與本站合併； 8月15日「石榴站」由甲種簡易站降為招呼站，由斗六站管理，又大肚車站因台鐵的貨運業務萎縮，起貨物列車編組移回彰化車站，站場改用來暫放已報廢待拆解的各種鐵路車輛；8月19日萬華改建後站站房；9月26日181B次普通車在鎮安-東港間因台汽客運國光號MCI大客車疑似闖越平交道，造成衝撞，共5人死亡30人受傷；9月23日中和線廢止；10月10日舉行花蓮後火車站啟用典禮；原中和線部分路段改建為台北捷運中和線，原中和站改建為台北捷運南勢角站；為了應付日益增加的北部通勤旅客，台鐵購入首批通勤電聯車EMU400型，並於11月9日正式啟用；糧食局的側線拆除，萬榮站貨運幾乎處於停擺的狀況，除了道渣之外其他貨運物品幾乎都難得一見；11月15日崁頂站由簡易站降為招呼站；12月15日「六塊厝」降為招呼站，並指定由屏東站管理；鳳山站原址新建之二樓鋼筋水泥站房完工；臺灣進一步落實自由民主與中央層級之政治改革，街頭抗爭成為臺灣日後自由民主社會的常見現象，著名的如五一九綠色運動、鹿港居民反杜邦設廠事件、五二〇農運、無殼蝸牛運動。李登輝於1990年第一屆國民大會第七次會議總統選舉當選之後，仍持續推動民主化與臺灣本土化政策，在任內陸續推動六次修憲。
1991年3月1日東港線結束客運業務(東港線曾經有輝煌的時光，然而東港對外連絡公路橋通車後，東港線業績一落千丈,停駛前一年平均每日僅有60人次乘坐) ，隨後拆除大鵬至東港路線，大鵬站裁撤，大鵬軍用側線（鎮安站起4.21公里處分岐）仍留有軍事運輸功能，協助裝甲部隊運載各式輕重戰車、裝甲運兵車等機械裝備，進出東港訓練中心；3月4日永康火車站新站房完工啟用；5月1日宣布結束「動員戡亂」，並結束「萬年國會」的運作，之後決定在1996年舉行首次總統直選；8月9日南臺南車站廢止，移交高雄工務段管理；9月1日東勢線停駛廢線，豐原北號誌站廢用，又宜蘭中里站降為招呼站，又濁水站由三等站直接降為招呼站，並指定由二水站管理，又集集站降為招呼站，指定由二水站管理，又車埕站由原簡易站降為招呼站，並指定由二水站管理；9月20日台泥側線為配合鐵路地下化，由松山改於南港作業； 11月15日舊山線造橋＝豐富間134號誌站發生1006次自強號與1次莒光號列車側撞的重大事故，造成30人喪生，相關單位因此決定將造橋＝豐富段改線，並開闢新線及新開鑿豐富隧道(第三代西坑尾隧道)，停用造橋隧道；11月16日暖暖降為招呼站；12月1日建興廢站；12月12日富山號誌站正式裁撤，屏東車站曾短暫販賣過至此站之普通、快車通用名片式車票，被鐵道迷視為珍品；12月16日太麻里-枋寮73.7km完工，於枋寮站舉辦南迴鐵路通車典禮；12月25日南迴線營運，台灣環島鐵路網完成，又設「大竹」(今瀧溪)，又原計畫設為富山號誌站，但南迴線通車時並未實際使用。
1992年1月15日南迴鐵路全線進行「臨時營運」；6月30日臺灣鐵路管理局神岡線鐵路貨運支線(今潭雅神自行車道),長度8.7公里，路線自潭子站分歧後，向西行進通往清泉崗空軍基地油庫終點站，全線除土地外,所有建設經費悉由軍方申請美援支付，委由臺灣鐵路管理局管理,由軍方使用並支付養護費用,神岡廢站，神岡線改稱「神岡及倉庫專用側線」，並由潭子站管理；7月14日竹田站由三等站降為簡易站，並指定由潮州站管理；9月花蓮舊站拆除；北迴線開始進行雙軌化、重軌化、電氣化與號誌控制改良工程；9月10日列入六年國建，鐵路地下化延長至板橋之「萬板專案」開工。應地方要求，為振興原後站（汕頭街、萬大路以南地區）繁華需要，再造萬華地區商機及民眾通行之方便，鐵路地下化「萬板專案」即規劃貫穿通萬大路與康定路，此故新站分割為東、西兩棟大樓。東大樓前端為商用辦公室，中端為出站出口，東大樓公廁及原路警萬華所辦公室，後端為行包中心供客商託運，領取行包等。西大樓配置為售、剪票房及候車大廳，供旅客購票候車，經由剪票口進入月台乘車及站長室與總務室、勤教室、西大樓公廁、文藝走廊、統一超商、備用出口等；10月5日南迴線正式營業，環島鐵路網完成，金崙設站，又設「大溪」(今瀧溪)站（本站行政區域屬於台東縣太麻里鄉多良村），因與宜蘭線大溪站同名，後來更名為「瀧溪」站，又多良站啟用，當時設有兩股軌道及月台，但幾天後因為沒有交會需求而拆除山側軌道及兩端道岔，又設大武站，又設古莊站，又設中央號誌站(南迴鐵路最西端的站)，又設枋野號誌站，又設枋山站(全國最南端的火車站)為三等站，又設內獅站為簡易站，並指定由加祿站管理，又設加祿站；12月12日後庄站由三等站降為簡易站，並指定由鳳山站管理；12月16日南迴線全通，卑南站改稱臺東新站，又於枋寮站舉行南迴鐵路通車典禮，太麻里站開始正式營業；1992年10月28日多良站正式成為招呼站，並指定由金崙站管理。
1993年6月17日銅鑼－三義7.5km雙線化通車；10月29日現今岡山車站及新線啟用； 11月1日內獅站由簡易站降為招呼站(臺鐵運量最低的車站)；12月1日花壇火車站由三等站降為甲種簡易站，並指定由彰化站管理；高雄港務局將高雄港站內的扇形車庫索回拆除；鼓山第一代站房停用便拆除，第二代站房啟用。
1994年竹南－苗栗(竹南-造橋2.7km)(豐富-苗栗4.7km)雙線動完工通車；八堵車站二二八紀念碑：由二二八事件受難家屬團體集資設置於車站北邊的二二八事件罹難員工紀念碑，以紀念在1947年3月11日時的軍民衝突中罹難的17名台鐵八堵站人員1993年2月由罹難站長李丹修、副站長許朝宗的遺族推動建碑，興建完成 (澳底砲台士兵,包圍八堵火車站,進站後發生射殺事件,站員五名,張水連,鄧順兼,湯振平,謝清鳳,陳境棋罹難,經勸阻後以點名方式強制載走當日在站執勤之站長李丹修,副站長蘇水木,許朝宗,黃清江,總務周春賢,司事王貴良,廖明華,作業工蘇兩城,林天助,林輝龍父子,據事後傳出消息已被槍殺於獅球嶺。許炎山被槍殺於上班途中,綜合此次事件先後受難者共計十七人。)；3月15日日南站由三等站降為甲種簡易站，並指定由大甲站管理；4月1日干城火車站廢站；6月左右鼓山第一代木房被拆除；7月26日樹林站舊站房拆除，重新改建遷入臨時站房；暖暖站以整修困難為由，木造站房遭到拆除；7月瑞芳站進行了站房鋪磁磚、屋頂防漏、候車室及地下道新裝天花板及牆面油漆、站前平台延伸及鋪設磁磚等工程；9月15日台北車站啟用電腦售票業務，以應日益增加業務之需，以樹立服務旅客新形象。民國50年代後，國家經濟成長，臺北市區發展迅速，人口激增，評鐵路貫穿市區，鐵路平道阻塞，險象叢生，經交通單位多年之研議評估，採行最高功能之包括臺北站納入，興建地下鐵路方案，以解決臺北市中心區交通壅塞問題。
1995年3月1日大禹廢站；3月21日大溪站由三等站降為簡易站，並指定由大里站管理；3月全民健保正式實施，臺灣福利制度的完善初見端倪；5月1日林邊站配合南迴線通車，員工人數由14人降為6人，又鎮安站由三等站直接降為招呼站，並指定由南州站管理； 5月3日高雄－鳳山間電氣化；5月22日：配合山線雙軌工程施工，竹南舊站房拆除；9月於原板橋客車場與原台灣菸酒公賣局板橋酒廠舊址之上，開始興建地下化新站與車站大樓，又三義車站原木造站房拆除，經苗栗卓蘭小雪霸瀑布休閒村重組，目前在休閒村內保存再利用；11月3日岡山站第二代木造站房燒燬；11月8日高雄港站至高雄車站間的屏東線專用路線，鐵軌與高雄川橋先後拆除，高雄站方向的軌道現經由愛河橋接往前鎮的貨運股道；嘉義機務段設立南部通勤電車保養基地。1995年內政部指定臺中車站為二級古績；解放軍在接近臺灣的福建平潭島嶼上舉行一連串攻島軍事演習與多次與在近臺灣外海幾哩外進行飛彈試射，讓海峽兩岸緊張關係陡升，使臺灣人民憂慮與反感，意圖使臺灣無法進行總統選舉，美國為此派航空母艦戰鬥群前往臺灣海域確保臺灣海峽平靜。
1996年3月9日舊南臺南車站臺南市東區區公所認養，進行修繕及美化工作；3月23日，李登輝與連戰獲選為中華民國第9任正副總統，也是中華民國史上首次直接民選的正副元首；3月28日台北捷運通車；7月10日鳳山－屏東間電氣化；8月3日集集站火車票由集集鎮公所代售車票，站等升為簡易站。
1997年1月1日沙鹿火車站由三等站升為二等站；1月6日竹南新建站房完工啟用；3月14日樹林調車場啟用，東部幹線始發及終點從板橋站改為樹林站；8月21日豐原－后里雙線化通車，舊大甲溪橋及九號隧道停用，又后里現今站房於1997年落成；9月27日樹林站跨站式新站房落成啟用；10月7日舊山線豐原＝后里段雙軌化完成，舊山線大甲溪鐵橋與九號隧道停用，舊線改為今后豐自行車道(舊臺鐵山線后里-豐原段)；12月地下化新站與車站大樓部份完工，供臺鐵移入地下營運使用；九曲堂-六塊厝5.0km、豐原-成功26.1km雙向完工，又山線雙軌化工程期間，苗栗車站再次整修為現在的鋁合金烤漆板門面及月台改善、擴建，站內仍可見弧形屋頂。
1998年6月4日造橋車站由三等站降為簡易站，並指定由竹南站管理；6月11日新城（太魯閣）站至花蓮站間雙軌化工程完工通車，已失去交會列車之需要，景美站因業務清淡，故於同日起由三等站直接降為招呼站，並指定由新城（太魯閣）站管理；7月7日第一座捷運化車站，台中線大慶車站完工啟用；8月1日外澳站之管理站由龜山站改為頭城站；9月18日苗栗－南勢雙線通車，舊山線苗栗＝南勢段切換新線，南勢北號誌站裁撤、苗栗隧道（功維敘）停用，苗栗站南路線高架化並新開鑿苗南隧道；9月23日三義－后里改線暨雙線通車，現今西部山線雙線化工程全線完工，勝興站及泰安舊站廢止，舊山線三義＝后里間的舊山線在最後列車（29次莒光號）於晚上通過勝興站後切換線路，舊山線三義至后里路段最後一天行駛列車，深夜路線停用後從舊的泰安站遷至現今的泰安新車站啟用，隔天早上啟用新線；10月7日后里=豐原間鐵道改新山線，大甲溪鐵橋正式走入歷史；10月11日現山線雙軌化工程通車典禮於苗栗車站舉行，並於10月16日進行列車改點，大幅縮短行車時間；臺灣鐵路管理局神岡線鐵路貨運支線(今潭雅神自行車道),長度8.7公里，路線自潭子站分歧後，向西行進通往清泉崗空軍基地油庫終點站，全線除土地外,所有建設經費悉由軍方申請美援支付，委由臺灣鐵路管理局管理,由軍方使用並支付養護費用, 11月起交還軍方運輸署自行管理.養護； 12月18日內政部指定舊台南火車站為國定古蹟（在指定為國定古蹟之前，已由台灣省政府指定為省定古蹟）；中華民國政府為了解決中央與地方行政區的過度重疊而通過了省虛級化凍省。
1999年3月12日「台灣鐵路管理局」為配合萬華—板橋段鐵路地下化竣工的慶祝活動，特地前往德國原廠取得騰雲號原圖，並委由台北機廠進行第二度大幅度整修，以恢復原貌，不過由於為了保有整體歷史性，因此騰雲號無法重新在軌道上奔馳，仍陳列於二二八和平紀念公園作靜態展示，主要由於展示地之解說牌不清、甚至過於商業化（例如投10圓硬幣可聽「騰雲號汽笛聲」，但證實是捏造）；4月16日勝興車站登錄為苗栗縣縣定古蹟；6月板橋車站大樓全部竣工；臺灣鐵路管理局神岡線鐵路貨運支線(今潭雅神自行車道),長度8.7公里，路線自潭子站分歧後，向西行進通往清泉崗空軍基地油庫終點站，全線除土地外,所有建設經費悉由軍方申請美援支付，委由臺灣鐵路管理局管理,由軍方使用並支付養護費用, 6月軍方收回使用權；6月10日苗栗鐵道文物展示館啟用；7月1日臺灣省政府虛級化，鐵路局改隸直屬交通部，進行捷運化計畫，將西部幹線轉型為長程運輸與短程通勤並重，並著手提升東部幹線的運能，臺灣鐵路管理局神岡線鐵路貨運支線(今潭雅神自行車道),長度8.7公里，路線自潭子站分歧後，向西行進通往清泉崗空軍基地油庫終點站，全線除土地外,所有建設經費悉由軍方申請美援支付，委由臺灣鐵路管理局管理,由軍方使用並支付養護費用, 7月1日停駛，神岡支線因貨運業務量縮減，加上功能逐漸由公路取代，宣告停駛；「萬板專案」於7月20日竣工；7月21日新板橋車站正式啟用、地下化後的萬華東、西兩棟新站房啟用；臺灣鐵路管理局神岡線鐵路貨運支線(今潭雅神自行車道),長度8.7公里，路線自潭子站分歧後，向西行進通往清泉崗空軍基地油庫終點站，全線除土地外,所有建設經費悉由軍方申請美援支付，委由臺灣鐵路管理局管理,由軍方使用並支付養護費用,7月29日國防部核准廢除該支線不再使用；8月舊板橋車站拆除，原址轉作為台北捷運藍線（板橋線、土城線）府中站興建用地；8月15日南勢火車站由三等站直接降為招呼站，並指定由苗栗站管理，又豐富車站由三等站直接降為招呼站，並指定由苗栗站管理；9月21日發生芮氏規模達7.3的大地震，此為20世紀下半葉臺灣傷亡損失最大的天災，亦造成集集線毀壞嚴重，濁水車站全毀，集集車站嚴重傾斜，車埕站房受損，多處路線鐵軌也挫曲變形，台中車站受損嚴重；10月1日宜蘭線龜山站由三等站降為甲種簡易站，並指定由頭城站管理；臺灣鐵路管理局神岡線鐵路貨運支線(今潭雅神自行車道),長度8.7公里，路線自潭子站分歧後，向西行進通往清泉崗空軍基地油庫終點站，全線除土地外,所有建設經費悉由軍方申請美援支付，委由臺灣鐵路管理局管理,由軍方使用並支付養護費用, 11月國防部核准拆除; 12月31日至2000年1月1日行駛太麻里站「迎接千禧年第一道曙光」專開列車；舊山線大甲溪鐵橋921大地震後，由當時的臺中縣文化局進行油漆保養工程；1999年李登輝總統接受德國之聲採訪時提出了特殊的國與國關係，表示中華民國(R.O.C.)與中華人民共和國(P.R.C.)在實際上為兩個對等的國家，兩國關係更加緊張。
2000年1月1日行駛太麻里站「迎接千禧年第一道曙光」專開列車；
