壹、 史前時代
臺灣至遲在舊石器時代晚期（50,000年前─10,000年前）已開始有人類居住，在澎湖水道(即澎湖海溝)所發現的澎湖原人之生存時代則距今約45萬至19萬年前。新石器時代（始於紀元前5,000年）以後的史前文化普遍認為屬於南島語系民族。主要的文化有舊石器時代的臺東長濱文化(推到距今約5萬年以上，一直到5000多年前才逐漸消失)、苗栗網形文化(待研究))以及新石器時代的大坌坑文化(約於7,000年前左右)、澎湖粗繩文陶(約5000年前)為代表的新石器文化存在，證明澎湖至少在5000年前已有先住民生活的足跡、卑南文化(約在5200年前至2300年前)、臺南左鎮人(距今3000年)、圓山文化(約西元前3300年至西元前2300年)、營埔文化(前3500年至前1500年)、十三行文化(距今約1800至500年前)、
而馬來-玻里尼西亞語族共有1248種語言，在也於13世紀以前就存在於臺灣島上，這些原住民族分布於臺灣全島，屬於南島語系。臺灣原住民的缺齒、紋身、口琴、卉服、織貝、腰機紡織、貫頭衣、親族外婚、父子連名、年齡分級、老人政治、鳥佔、獵首、靈魂崇拜、室內葬等特徵，都屬印度尼西亞古文化特質。
一、澎湖水道(即澎湖海溝)所發現的澎湖原人: 是在澎湖水道海域發現的原始人類，其下顎骨化石具備直立人的特徵，經鈾同位素之放射性定年及冰河時期海平面的升降判斷其生存年代距今約45萬至19萬年之間，屬更新世中期，為舊石器時代早期的人類。這個化石，是臺灣首度發現的直立人，將臺澎區域的人類活動歷史，由左鎮人時代更往前推進，也使澎湖海溝成為現今直立人在亞洲分布的最東緣。
二、臺東長濱文化: 是到現在台灣所發現最古老的文化，出現在台灣尚與亞洲大陸相連時，是一個以漁獵和採集為生的隊群社會，人口不多，主要居住在海邊的洞穴及岩蔭，不知農耕、畜牧，亦不會製陶，但已知用火，以敲（打）擊的方式製作石器，生活則靠狩獵和採集自然食物維生，分布地點則於台灣東部及恆春半島海岸。該文化由1968年台大考古隊於台東縣長濱鄉八仙洞發現，並根據考古通則，以該地「長濱」為名。長濱文化的年代最早可以推到距今約5萬年以上，一直到5000多年前才逐漸消失。此為舊石器時代晚期
三、1984年劉益昌在苗栗縣大湖鄉新開村，大安溪支流景山溪中游網形地區，也發現一處以打製石器為主的伯公壠遺址。遺址位於溪北側面向南的緩坡地，出土遺物以尖器、剝削器、砍砸器為主，經進行有系統的考古發掘搶救工作，發掘出土大量石質標本，初步確認本遺址出土遺物為罕見於台灣西部地區的舊石器時代遺物。由於文化內涵與長濱文化相似，因此稱之為「網形文化」。(待研究報告)
四、大坌坑文化: 是台灣屬於新石器時代的文化中最早的一層，名稱來自大坌坑遺址。該文化的分布地區，包括台灣本島與澎湖。從各遺址或研究所得的推測年代不一，大致上約於7,000年前-左右。
五、澎湖粗繩文陶:根據台灣大學考古學系黃士強教授在1970年代期間在澎湖所做的調查，至1981年為止，一共發現了新石器時代遺址十一處，從出土的遺物分析，這些遺址屬於同一系統的文化。之後再根據考古學家的考證，澎湖在5000年前就有人類活動，出土的文物以粗繩文陶為代表的新石器文化，據推測當時的先住民可能是來自台灣西南部的暫時性居民，活動地點散布在吉貝、白沙、澎湖本島、西嶼及望安等地，因此有學者認為今日的澎湖白沙鄉的吉貝與赤崁，其地名的由來與台灣西南部的原住民有關。1983年由中央研究院歷史語言研究所臧振華發現白沙島蒔板頭山車邊海岸的蒔板頭山文化遺址。1984年挖掘後發現該遺址有粗繩紋陶（4800年）素麵紅陶、灰黑陶（4000年）、下部歷史層（唐宋）及上部歷史層（南宋）等四層文化層，是台灣地區最早的漢人建築遺址。另外，白沙島有赤崁頭素麵紅灰陶文化遺址位於通梁虎頭山東岸的海崖附近，有年代約4000～4200年前的素麵紅灰陶文化代表遺址，又稱赤崁頭期文化。而七美的南港、西北灣與東湖一帶也有石器製造工廠遺址，其年代大約在4000年前，應屬於素麵紅陶文化。
六、卑南文化: 是台灣東部新石器時期中期的史前文化，存續時間約在5200年前至2300年前，分布範圍大致包含台東平原、花東縱谷南段與東海岸南段。
七、臺南左鎮人: 是臺灣所發現的史前人類（現臺灣所發現年代最久遠的史前人類為澎湖原人），因為其化石是在今臺南市左鎮區的菜寮溪所發現的，所以學者將其稱為「左鎮人」。左鎮人是屬於舊石器時代晚期的現代人（智人種），其年代測定有不同說法，最早的檢定結果為距今2萬至3萬年，2015年檢定結果為距今3000年。但是由於發現化石的菜寮溪河床並非原始堆積所在，故沒有發現相關的文化遺址與遺物以確定其文化類型，而有學者認為左鎮人可能屬於在臺灣東部發現的「長濱文化」，但亦有看法認為可能是屬於住在丘陵臺地地區的網形文化。
八、圓山文化: 位於台北市中山區圓山西邊（台北盆地西邊）緩坡，面積約有2.7公頃，為全台灣最珍貴的史前遺址之一，也是罕見的多文化層遺址。依照國際通行辦法，從圓山遺址發現的新石器時代人類活動紀錄統稱圓山文化，該文化存在時間則約在西元前3300年至西元前2300年。經1897年、1953年陸續出現的考古證據顯示，該遺址主要有兩個文化層，上層為圓山文化，下層則為粗繩紋陶文化，1990年代之後，該遺址更辨認出大坌坑文化、植物園文化、十三行文化等不同時期的史前文化內涵。1988年4月25日，中華民國內政部宣告圓山遺址為國家第一級古蹟，並積極規劃圓山史蹟公園。2006年5月1日行政院文化建設委員會重新指定圓山遺址為國定遺址。（公告文號：文資籌研字第09500017951號）
九、營埔文化: 是台灣中部地區新石器時代重要的史前文化類型，其分布範圍大致分布在台灣中部濁水溪、大肚溪、大甲溪中下游地區的河邊階地和丘陵上。營埔文化第一次發現是1943年日本考古學家國分直一在台中市大肚區營埔里的營埔遺址，為便於學者作分類與比較，往後考古學家便將同類型文化特徵，以最早發現的遺址名稱定名為營埔文化。營埔文化是台灣中部地區分布範圍廣大，遺址眾多的文化類型，台灣史前文化史上中部地區新石器時代重要的文化類型。依據宋文薰教授估計營埔文化的年代為前3500年至前1500年之間，屬新石器時代晚期。
十、十三行文化: 十三行遺址，是臺灣北部重要的考古遺址之一。該遺址位於今新北市八里區淡水河海口交界處的南岸，挖掘出陶器、鐵器、墓葬等各類豐富的史前遺物。該遺址的主人生存於距今約1800至500年前，在文化上屬於臺灣史前時期的前鐵器時代，是目前臺灣確定幾乎接近擁有煉鐵技術的史前居民，很有可能是臺灣原住民凱達格蘭族的祖先。該遺址被中華民國內政部訂為國家二級古蹟，目前保留遺址面積約一公頃，並在遺址旁設立十三行博物館，是臺灣第一座縣立（今為新北市市立）考古博物館。
