外來族群開始移入
宋朝與澎湖
11世紀，已經開始有宋朝的漢人在澎湖群島開墾。宋孝宗乾道七年（1171年），正式占領澎湖群島，劃屬福建路晉江縣。1225年，趙汝適所著諸蕃志提到「泉有海島，曰澎湖群島，隸晉江縣。」，正式確認澎湖群島為南宋所據。
13世紀漢人開始在澎湖群島定居，但因與原住民族部落的敵對，以及原住民貿易資源對漢人缺乏吸引力，雙方少有互動，僅有少數漢族冒險家或漁民與原住民從事貿易，這樣的情況維持到16世紀。
1281年（元世祖至元十八年）元軍東征日本因颱風失敗，迂迴琉求國，道經澎湖設澎湖巡檢司，企圖進取琉求國，作為征日本之準備，然使者僅至澎湖而返。隨後占領澎湖，並劃該地方區劃隸屬於福建泉州路，主官為澎湖寨巡檢。澎湖巡檢司不但是澎湖群島的首次行政區劃，也是臺灣範圍內的首次官署設置。
明朝仍依循前例於澎湖設置該官署，直至1384年因為實施封海政策，予以廢除。明世宗嘉靖四十二年1563年考量沿海治安等因素，復設澎湖巡檢司。此官署直至1622年，荷蘭東印度公司據澎湖為止，但在1624年，明朝福建巡撫南居益又派兵進攻澎湖，並取得了澎湖之戰的勝利，從而將荷蘭勢力驅逐出澎湖，再度占領了澎湖列島。
海盜在臺灣的活動
到了16世紀中期，包含倭寇在內的海盜在中國東南沿海一帶活動，並將臺灣作為躲藏地點。海盜在中國沿海劫掠，遇到官兵追擊，就逃至澎湖，然後再到臺灣，成為除了少數漢族拓荒屯墾移民之外的另一部份住民。同一時期，葡萄牙人是最早抵達東亞與殖民臺灣的歐洲探險者，但是與臺灣的實質關係僅止於用鴉片和稻米來交換一些原住民族的物品，並沒有進一步殖民的企圖。
1624年，顏思齊在魍港（另一說在笨港，今雲林北港及嘉義新港地區）設立十寨作為據點，其繼承人鄭芝龍後來成為中國東南沿海勢力最大的海盜，並在1628年接受明朝招撫。同年閩南大旱，鄭芝龍曾提議招募饑民移殖臺灣，但此提議從未執行。這段期間鄭芝龍曾強力控制中國東南沿海的商船，以及中國大陸對臺灣的貿易。
