國民政府軍事委員會為中國國民黨主導之中華民國國民政府最高軍事機關。1925年7月1日，廣州國民政府正式成立時就設立軍事委員會，其職權是在中國國民黨指導、監督下，管理、統率國民政府所轄境內海軍、陸軍、航空隊及一切關於軍事之各機關。國民革命軍北伐開始後，又設國民革命軍總司令部，蔣中正任總司令，規定軍事委員會內各機關改隸總司令部。軍事委員會專責以軍事武力統一中國。

1928年6月，北伐完成，統一中國，國民政府遷至南京；同年11月10日，軍事委員會職務權責移交國民政府軍政部、參謀本部、軍事參議院等單位後正式結束。1932年，一二八事變爆發，為了與侵華日軍對抗，國民政府恢復設立軍事委員會。隨後，軍事委員會歷經第一階段國共內戰及中日戰爭，直到1946年5月裁撤。

軍事委員會雖隸屬國民政府，不過在中華民國軍政、訓政及第二次世界大戰期間，不論是重要性或職責上都凌駕於其他政府組織。另外，該委員會雖於名義上採合議制，是一種軍事委員會制。但是實際上委員會主席或委員長統馭會務，享有極高軍事、行政、立法、甚至司法之決策權，是一種軍事集權政府。

事實上，自1932年開始，軍事委員會之委員長蔣中正，一般是以此職務統治全中國。因此，不但絕大部分的中國人習慣稱呼蔣中正為蔣委員長；西方人，特別是美國人和歐洲人，也習慣稱呼蔣中正為Gimo，指其特級上將背景（Generalissimo - 大元帥）之英文簡稱。

前身（1917年－1925年）

1917年7月，前中華民國臨時大總統孫中山於廣州成立軍政府，並研擬以武力消滅軍閥、統一中國。而軍政府轄下，設有諮詢功能的軍事委員。該委員會始設時，軍政府軍事委員名額為64名。隔年，孫中山再依其基礎，於軍政府轄下設置採合議制的軍事委員會，將軍事委員縮減為26名，並以李烈鈞爲委員長；不過此兩階段委員會，在以滇、桂、贛、粵等地方割據軍閥力量為主的軍政府組織下，委員會並無任何實權。

1924年7月，在歷經粵軍叛變及一連串軍事整合失敗後，孫中山將軍事力量寄望中國國民黨創立興起的黃埔軍校。軍事委員會改組，正式作爲中國國民黨中央執行委員會屬下最高軍事決策機關，負責東征北伐事宜。而由中央政治會議委派的軍事委員分別是許崇智、楊希閔、劉震寰、譚延闓、樊鍾秀、胡漢民、廖仲愷、蔣介石與伍朝樞等9人，除此還委由蘇俄軍官高和羅夫爲顧問。形式上，已有以軍領政的雛形。1924年11月，該委員會改組，再將權力擴大，並由汪精衛、許崇智、廖仲愷、胡漢民、譚延闓、蔣中正、加倫及伍朝樞擔任，採行合議制的集體領導方式。

北伐（1925年－1928年）

1925年，孫中山應馮玉祥邀請北上商討國是，不料肝癌發作，於3月12日病逝於北京。為了統一全國，中國國民黨中央政治委員會決議籌組國民政府，於7月1日在廣州正式成立，採取合議委員制，以汪精衛為主席。除此之外，並設置以武力統一中國為主要任務之國民政府軍事委員會。該委員會原有中國國民黨轄下軍事委員會為主，以蔣中正、汪精衛、譚延闓為常務委員，汪精衛為兼任軍事委員會主席，並取消各地方部隊名稱，統一稱作國民革命軍，計畫北伐。

此時，中國國民黨在國民政府指導與監督下，軍事委員會統率國民政府所轄境內海、陸軍、航空隊及一切關於軍事各機關，並擁有軍事動員、國防政策、軍制改革、軍官任免、移防、預算、決算等有關事項。另外，該委員會轄下還設有政治部、參謀、軍需、兵工、等旁支單位等。除此，該委員會其編制與領導方式則沿用黨軍委會之習慣，所有決議，須經出席委員三分之二通過方爲有效，並規定，如多數委員不在軍委會所在地時，主席與委員一人有決定處置之權。1926年10月，國民革命軍佔領武漢三鎮。

1927年，北伐軍攻下上海與南京，軍事委員會均隨國民政府遷徙而移駐。3月10日，中國國民黨在武漢召開二屆三中全會，會中決定重設中國國民黨中央軍事委員會，在中央執行委員會下設軍事委員會，作為中國國民黨的最高軍事行政機關。並推舉出16位委員，以汪精衛、譚延闓、蔣中正、唐生智、程潛、鄧演達、徐謙7人組成主席團。4月18日，南京國民政府成立，4月21日國民政府軍事委員會從廣州遷往南京辦公，規定軍事委員會是國民政府最高軍事機關。之後，軍委會主席一度由胡漢民擔任，委員以蔣中正為主的中國國民黨黨員。

1928年1月4日蔣中正恢復總司令職後，胡漢民即辭去軍委會主席一職。2月2日，國民政府特通過「軍事委員會隸屬國民政府，爲國民政府軍政最高機關，凡屬國民革命軍之陸海空軍，均歸其節制指揮」的相關法律。也就是說，此時軍事委員會主席兼總司令成為中國的國家實際領導者，軍事強人蔣中正隨後當選了該職務。

1928年6月，因戰況順利，國民革命軍進佔北京，中華民國國民政府獲得國際承認。8月，中國國民黨第二屆第五次中央全會上宣布撤銷軍事委員會。

1928年10月8日，蔣中正獲選南京國民政府主席，從此軍政一體。10月10日，蔣就任南京國民政府主席，通過國民政府組織法，兼任陸海空軍總司令，統轄全國武裝部隊。11月7日，國民政府發布命令：軍事委員會著即裁撤，該會所有一切事務限於11月10日以前結束，分別移交軍政部、參謀本部、訓練總監部、軍事參議院。為對中國內外表明自始進入訓政時期，三軍總司令蔣中正特別明令軍事委員會停止運行。不過事實上，軍委會權力移轉至蔣中正身上。1931年12月15日，蔣中正辭去國民政府主席一職，第二次下野。

第一階段國共內戰（1932年－1937年）

1932年1月28日，一二八事變爆發。1月29日，中國國民黨召開臨時中央政治會議，決議重設軍事委員會，設委員7人至9人，並以參謀總長、軍政部長訓練總監、軍事參議院長、海軍部長為當然委員。

1932年3月1日召開的國民黨第四屆中央執行委員會第二次全體會議，國民黨決定恢復軍事委員會，作為國民政府軍事最高機關。3月5日，中國國民黨四屆二中全會稱，此次重設軍事委員會，「其目的在捍禦外侮，整理軍事，俟抗日軍事終了，即撤銷之」。軍事委員會負責「國防綏靖之統率事宜」，第一次將國防內容寫進軍事委員會組織大綱。3月8日，蔣介石出任軍事委員會委員長，馮玉祥、閻錫山、張學良、李宗仁、陳銘樞、李烈鈞、陳濟棠、汪精衛、朱培德、何應欽、唐生智、陳紹寬、陳調元等出任委員。其中，汪精衛之後六人為國民政府官員兼任之當然委員。在新修訂之軍事委員會組織大綱上，規定軍事委員會直隸國民政府，爲全國最高軍事機關，其職掌包括統率、軍費、軍隊編遣之最高決定及少將以上將官任免之權利。就成員及執掌而言，1932年－1937年之間，軍事委員會委員均為數人至十數人之間，而任務均為擔任軍事行動之最高決策機關。

軍事委員編制與領導方式沿用黨軍委會之習慣，所有決議，須經出席委員三分之二通過方為有效，並規定，如多數委員不在軍委會所在地時，主席與委員一人有決定處置之權。

雖說此階段軍事委員會是為了抵抗日軍而設置，不過就事實上，至1937年二次國共合作之前，該委員會最大任務乃是應對第一階段之國共內戰。也就是說，在蔣中正的「攘外必先安內」的政策下，軍委會主導了執行了五次對共產黨軍隊的重大戰役，而在統一軍權的國民革命軍全力攻擊下，共產黨軍隊造成重大損失。而這等情形，直至西安事變與第二次國共合作後，才為之改觀。

抗日戰爭（1937年－1945年）

1937年7月7日，盧溝橋事變啟動了全面的抗日戰爭。8月11日，國民黨中政會第51次會議決議，設立國防最高會議，國防最高會議爲全國國防最高決定機關，以軍事委員會委員長爲國防最高會議主席，中國國民黨中央常務委員會於1937年11月議決政治委員會停止開會，其職權交國防最高會議代行。

1937年8月20日，國民政府成立大本營，將全國劃分為5個戰區，組建若干集團軍。1937年8月27日，國民黨中常會授權蔣中正組織中華民國之戰時政府，將行政權歸於戰時軍事組織下。1937年8月30日，蔣介石決定仍以軍事委員會為抗張最高統帥部，不另設大本營，原大本營所設各部轉隸軍事委員會。1937年9月17日，國民黨中常會第51次會議正式決議：由軍事委員會委員長行使陸海空軍最高統帥權，並授權該委員會委員長蔣中正為中國戰時政府之最高統領，並擁有全中國行政、立法甚至司法權。

在此委任下，軍事委員會職權與組織大肆擴張，馴至外界有認為軍事委員會為「第二政府」，成為戰時中國實際政治中心。除了配合首長制將原本合議制的常務委員編製取消外，也設立參謀總長、副參謀總長、秘書長、副秘書長幕僚人員。另外，更在軍委會組織第一部至第六部。期間，軍事委員會職權範圍隨蔣中正權力擴張或縮小而有所變化，但蔣能在軍務倥傯之際，依舊日理萬機，乃是因蔣設置的軍事委員會委員長侍從室在旁襄助之故，侍從室亦為蔣軍事權威建立期間，最為核心的組織。

總的來說，從南京、武漢一路遷移，最後駐於重慶市的國民政府軍事委員會實為第二次世界大戰期間，中國的最高軍政統馭機構，而軍事委員長為中國最高元首。相對地，名義上的中國最高領導人國民政府主席則成為虛位元首。

• 委員長：蔣中正
• 參謀總長：程潛
• 副參謀總長：白崇禧
• 秘書廳：秘書長張群，副秘書長陳布雷
• 第一部，掌軍令，1938年1月與參謀本部合併為軍令部
  • 部長：黃紹竤、徐永昌（1937.11.13-）
  • 副部長：王俊、張定璠（1937.11.18-）
  • 辦公廳主任：王鴻韶
• 第二部，掌政略，1937年11月16日歸併入國家總動員設計委員會
  • 部長：張群、熊式輝（1937.9.11-）
  • 副部長：周佛海、盧作孚
• 第三部，掌財政金融與國防工業。1938年1月歸併入經濟部等。
  • 部長：孔祥熙、翁文灝（1937.9.11-）
  • 副部長：錢昌照、俞大維
• 第四部，掌國防經濟。1938年1月歸併入經濟部等。
  • 部長：吳鼎昌
  • 副部長：何廉、黃季陸
• 第五部：掌國際宣傳。1937年11月16日取消，業務併入國民黨中央宣傳部。
  • 部長：陳公博、董顯光（1937.11.2-11.26）
  • 副部長：谷正綱、董顯光（1937.9.11-11.2）
• 第六部：掌民眾訓練。1937年11月16日併入國民黨中央組織部、中央訓練部
  • 部長：陳立夫
  • 副部長：張厲生、陳健群

1938年1月17日，國民政府改組軍事委員會。

• 委員長：蔣中正
• 參謀總長：何應欽
• 副參謀總長：程潛、白崇禧
• 委員：閻錫山、馮玉祥、李宗仁、程潛、陳紹寬、李濟深、唐生智（1938.6-）、宋哲元（1938.12-）、熊式輝（1942.3-）、衛立煌（1942.4-）、萬福麟（1942.6-）
• 辦公廳：主任朱德培/徐永昌（37.3.6）/賀耀祖（38.1）/熊斌（39.12）/商震（40.5）/賀國光(43.7)/朱紹良（46.2.23）
  • 法制委員會
  • 軍事處
  • 總務處
  • 秘書處
  • 顧問事務處
  • 特檢處
• 秘書廳：秘書長張群、副秘書長陳布雷
• 軍令部：部長徐永昌，次長楊傑、林蔚、劉斐、熊斌、秦德純
  • 第一廳：掌作戰，廳長劉斐、張秉均
  • 第二廳：掌情報、武官，廳長楊宣誠、鄭介民，副廳長鄭介民
  • 總務廳：掌參謀、人事、總務
  • 第四廳：掌測量，廳長晏勛甫
  • 主任高級參謀：張華甫
  • 特級高級參謀：張元祜、劉雲乾、楊宣誠等
  • 工兵指揮部
  • 炮兵指揮部
  • 通訊兵指揮部
  • 戰史編撰委員會
  • 通訊總所
  • 技術室
  • 陸軍大學
  • 中央陸地測量學校
  • 邊務研究所
  • 預備武官訓練班
  • 重慶核心陣地參謀團
  • 特種兵器試驗組
  • 通訊人員訓練班
  • 諜報參謀訓練班
  • (直屬)第十三科，專門主管共產黨的情報和對付共產黨的軍事計劃等工作。科長：蕭毅肅/張繼寅
• 軍政部：部長何應欽、陳誠（1944.11.20-），次長陳誠/張定璠(38.1)/俞大維(44.12)、曹浩森/錢大鈞(42.2)/林蔚(44.12)
  • 軍務司/軍務署（45.1升格）王文宣/方天/
    • 軍事科
    • 防務科
    • 整備科
    • 要塞組
    • 炮兵組
    • 步兵司：司長劉勁持
    • 炮兵司：司長侯志磐
    • 工兵司：司長邱士琛
    • 交輜兵司：司長王鎮
    • 交通兵司：司長吳仲直
    • 機械兵司：司長向軍次
  • 軍法司：司長王震南/張仁德/劉干俊
  • 交通司：44年9月劃給後方勤務部。司長王景祿
    • 汽車科
    • 燃料科
    • 經理科
  • 馬政司：45年1月劃入軍政署。司長余玉瓊/曾廣麟/朱其爙/武泉遠
  • 兵工署：署長俞大維
    • 軍械司：司長陳隱冀/陳東生/洪士奇
      • 機械科
      • 兵器科
    • 製造司：司長楊繼曾
    • 技術司：司長俞大維/鄭家俊
  • 軍需署：署長周俊彥/陳良
    • 財務司：司長李炎光/汪奇柏/孫作人
      • 經理科
      • 出納科
      • 軍人儲蓄科
    • 營造司：司長周子齊
      • 設計科
      • 建築科
      • 營產科
    • 儲備司：司長王鍾
      • 被服科
      • 糧秣科
      • 材料科
    • 糧秣司：44.9劃給後方勤務部，45.2又劃給軍政部
  • 軍糧總局：轄5個處，43年撤銷。
  • 城塞局：1938年3月，軍令部城塞組改隸軍政部。1938年4月1日升格為局。局長馬崇六。副局長李高、楊樹松。
    • 經理處
    • 材料處
  • 兵役署：署長程澤潤/徐思平
    • 總務處
    • 役政司
    • 征補司
    • 國民兵司
  • 軍醫司/軍醫署：38年7月升格為署。梅貽琳/胡蘭生/盧致德/徐希麟/林可勝
    • 第一處
      • 人事科
      • 經理科
      • 事務科
      • 會計室
    • 第二處
      • 醫務科
      • 傷病處理科
      • 材料科
    • 第三處
      • 教育科
      • 衛生科
      • 統計室
    • 視察室
  • 總務廳：廳長項雄霄/陳啟文/劉翼峰/錢壽恆
    • 文書科
    • 管理科
    • 交際科
    • 人事科
    • 會計處：處長陳良
      • 本部
      • 軍政部武昌辦事處
      • 桂林分處
      • 軍事計政設計委員會
• 軍訓部：部長白崇禧，次長劉士毅、陳繼承/黃琪翔（38.7.16）
  • 參事室：主任徐國鎮
  • 秘書室
  • 總務廳：廳長徐國鎮
  • 步兵監：總監阮肇昌
  • 騎兵監：總監門炳岳
  • 炮兵監：總監劉翰東
  • 工兵監：總監林伯森
  • 輜重兵監：總監毛福成
  • 通信兵監：總監華振麟
  • 機械兵監：總監徐庭瑤
  • 國民教育處：處長杜心如
  • 軍事編輯處：處長楊言昌
• 政治部：部長陳誠，副部長黃琪翔、周恩來，梁寒操（40年），秘書長張厲生/賀衷寒（38.7）
  • 一廳管軍中黨務政訓，政工人員銓敘。廳長賀衷寒
    • 一處管部隊政工
    • 二處管軍校及醫院政工
  • 二廳管民眾組訓,廳長康澤。
    • 三處民眾運動，處長梁乾喬/彭國棟。一科管民眾團體，科長漆中權。二科管工人運動，科長劉培初。
    • 四處國民軍訓，處長由杜心如。一科管社會軍訓，科長丘易武，二科管學校軍訓，科長張桓。
  • 三廳掌管宣傳慰勞工作，廳長由郭沫若擔任
    • 五處：國內宣傳，處長胡愈之。第一科文字編纂，科長徐壽軒；第二科民眾宣傳，科長張志讓；第三科印刷發行等總務工作，科長尹伯林。
    • 六處：文藝鼓動，處長田漢。第一科戲劇、音樂，科長洪深；第二科電影製作發行，科長鄭用之；第三科美術宣傳，科長徐悲鴻。
    • 七處：對日對外宣傳，處長范壽康。第一科科長杜國庠，第二科科長董維健，第三科科長馮乃超。
  • 總務廳管後勤，廳長趙志堯/朱代傑
  • 秘書處主管文書，處長柳克述
  • 設計委員會安置閒員
  • 指導委員會安置高層人物。
• 軍事參議院：院長陳調元/李濟深（43.12.31）/龍雲（45.10.2），副院長王樹常/張鍅（38.2.1）
  • 軍事廳：廳長周維寅
  • 總務廳：廳長厲爾康
• 軍法執行總監部：總監唐生智/鹿鍾麟（38.2.9）/何成浚（38.6.14），副總監谷正倫/賀國光（41.1）、王懋功、秦德純（40.12）
  • 總務組
  • 審判組
  • 督察組
• 委員長侍從室：侍衛長錢大鈞/俞濟時（42年），副侍衛長馮聖法、王世和
  • 侍一室：軍事、情報。主任：錢大鈞（36.1-38.3）/林蔚（38.4-39.3）/張治中（39.4-40.4）/賀耀祖（40.4-42.9）/林蔚（42.9-44.11）/錢大鈞（44.12-45.8）/商震（45.9-45.11），副主任鄒競
    • 第一組：組長莫我若/陳希曾
    • 第二組：組長劉祖舜/錢大鈞(兼)/酆悌/邵存誠/劉進/李矗崗(代)/鄒競/於達/聶松溪/趙桂森
    • 第三組：組長陳善周/王世和/馮聖法
  • 侍二室：黨務、政治。主任陳布雷，副主任周佛海/張道藩/陳方
    • 第四組：組長陳方，秘書王學素、汪日章、俞國華
    • 第五組：組長陳布雷/汪日章/李惟果 秘書蕭贊育、沈昌煥、邵毓麟、蕭自誠、曹聖芬。
    • 第六組：組長唐縱， 秘書盧集賢、邵毓麟、王尤生、張國疆
    • 機要組：組長毛慶祥
  • 侍三室：人事、調查、考核。主任陳果夫，副主任羅良鑒、劉詠堯、蕭贊育
  • 參事室：主任朱家驊/王世傑 參事周鯁生、陶希聖、陳豹隱、王征、張忠紱、郭斌佳、甘介侯
  • 侍衛長室
    • 侍三組
    • 警衛團：團長石祖德
    • 特務團：團長柳元麟
• 軍事委員會調查統計局：局長陳立夫/賀耀祖/鄭介民，副局長戴笠、陳焯
• 軍委會銓敘廳：廳長林蔚/吳思豫（38.3），副廳長：錢卓倫
• 後方勤務部
  • 參謀處
    • 人事科（44.10升格為人事處）
    • 章則科
  • 編輯處/兵站史料編輯處（39.5-42.12後併入參謀處）
  • 軍郵督察處（39.6）
  • 交通處（40.4由運輸處與汽車管理處合併）
  • 副官處
  • 經理處
    • 糧服科
    • 會計科
    • 出納科
    • 審核科
  • 會計處（44.8由經理處財務組改編）
  • 秘書處
  • 軍械處
• 軍委會運輸總司令部/軍委會鐵道運輸司令部（40.9，公路船舶運輸業務劃歸後勤部交通處；43年春改為後勤部鐵道運輸處）
• 點驗委員會（38.8）
• 撫恤委員會（38.8）
• 戰地黨政委員會（39.3）
• 新聞檢查局（39.4）
• 校閱委員會（40年）
• 運輸統制局（40年）
• 國防外事局（41年）
• 軍事委員會桂林辦公廳（40.5.15-44.12）：主任李濟深
• 軍事委員會西安辦公廳（40.4-）：主任熊斌（代）/蔣鼎文（41.3）/衛立煌（42.1）/朱紹良（42.3）/胡宗南（代）

1938年2月26日，羅卓英升任第19集團軍總司令兼南京衛戍副司令長官。第六七師師長黃維繼任第十八軍軍長，陳沛任副軍長，隸屬國民黨軍事委員會直轄。此時，第十八軍下轄：第十一師，彭善任師長；第六十師，陳沛兼任師長；新編第23師，盛逢堯任師長。原 第六七師改隸第三十二集團軍。同年7月至9月，武漢會戰爆發後，第十八軍在九江至南昌的南潯鐵路德安地區作戰，打破了日軍迂迴德安之企圖。南潯路作戰結束後，第十八軍由於建製過大，被擴充為第十八軍、第五四軍、第79軍。其中黃維調離

1939年1月，中國國民黨五中全會決議設置國防最高委員會，以統一黨政軍之指揮，由中國國民黨總裁蔣中正出任委員長。

1941年12月，日軍突襲珍珠港，中國躍為同盟國之一，並與美英等國為作戰夥伴。1942年1月1日，中美英蘇等26國在美國華盛頓簽訂反侵略共同宣言，蔣委員長受推舉為同盟國「中國戰區最高統帥」，指揮中、泰、越等地區的同盟國軍隊作戰。

1941年－1945年的第二次世界大戰期間，雖然蔣中正在中國推行的的軍事委員會戰時政府與西方民主理念有很大差距，但是由於同為同盟國盟友，當時西方世界；尤其美國政府、國會、一般民眾對於蔣中正頗有好感。也因此不但中國民眾普遍尊稱蔣中正為委員長，而說英語的外國人；特別是美國人，自此都稱為蔣中正為「Gimo」。而此稱呼，其實就是特級上將（Generalissimo）的英語簡寫。

裁撤（1945年－1946年）

1945年8月，中日戰爭結束，中華民國獲得最後勝利。1945年8月31日，國民政府頒行《收復東北各省辦理辦法綱要》，決定在長春設立「東北行營」，綜理一切事務。從同年9月25日開始，軍委會逐漸縮編。除了陸續關閉位於天水、桂林、漢中、昆明等地的委員長行營，也將防備共產黨軍隊功能的太原、廣西、滇黔、川陝鄂、晉陝綏等綏靖公署移交國民政府軍政部。

1946年5月31日，國民政府於宣布中國即將實施憲政後，裁撤長達22年之久的軍事委員會，並將其所有職能改歸中華民國國防部。