第二次國共內戰時期

1945年10月，國民革命軍第六軍在重慶重建，由青年軍第二0二師、第二0三師、第二0四師、207師組成，軍長鍾彬。1946年6月，第六軍由貴陽調至江蘇徐州地區，1946年9月番號再度裁撤；207師則調往東北，202、203.204師留在上海，後來第二0二師.第二0四師歸國民革命軍第三十七軍與第二0三師歸國民革命軍第五十七軍所轄。

1948年5月，衛立煌以青年軍第二0七師、國民革命軍新第五軍第一九五師合編為第六軍。該軍組成後，主要擔任瀋陽、撫順、本溪地區守備。11月3日，在遼瀋戰役中，瀋陽解放後，趙家驤潛逃南京，其餘全部被殲。12月，207師師長戴樸逃回南京後，重編第六軍，戴樸任軍長，月底，重編後的第六軍開赴台北、新竹一帶整編補充，歸孫立人督訓。1949年春，整編完畢，由戴樸任軍長。

在台時期

國民革命軍第六軍至台灣整編後，下轄第二0七師、第339師、第363師（原台灣警備旅）。於1951年至1952年間師整編時，以三師併為兩師之方式整編為第68師（原第339師）及第六十九師（原第207師）。於1954年軍整編時，第六軍解編，第69師併入第七軍（原第18軍）。