2012.1.5名嘴何博文、徐永明影射苗栗縣長劉政鴻是「狗官」、「惡霸」，苗栗檢方依公然侮辱罪嫌起訴2人。7月26日，苗栗地院審理終結，法官以被告何博文整體言論，並無侮辱的主觀犯意等理由，判決何博文無罪；而徐永明被控侮辱公署部分，法官認為程序上未經合法告訴，判決不受理。
2012.1.5大埔自救會 4戶彭秀春、朱樹、柯成福對內政部提（都市計畫案未切實依本院「劃地還農」)訴願，內政部決定原處分應予維持(臺訴字第1010120676號訴願決定)。
2012.3.27內政部都委會會議結論，作出維持拆除大埔自救會（24戶）其中4戶彭秀春、朱樹、柯成福房屋，及不予原地保留黃福記土地的結論。
2012.7.25內政部都委會舉辦第4次會議，主席簡太郎依照內政部營建署101年3月27日會議結論，作出維持拆除大埔自救會（24戶）其中4戶彭秀春、朱樹、柯成福房屋，及不予原地保留黃福記土地的結論。自救會認為推翻了先前吳敦義保證。
2012.8.7都委會進行第785次會議，最後還是做出確認4戶「拆屋」之決議。至場外抗議的人士，反對政府黑箱作業，準備提出行政訴訟。苗栗縣政府表示倘內政部無法完成後續都市計畫核定、公告，將延宕配地及工程進度，影響98%配合民眾之合法權益。
面對農團質疑，營建署長葉世文則顯得不以為然，「我承認沒辦法做到讓百分百的人滿意，但我們大部分都處理了，哪裡有違反承諾？營建署已經解決一大半，只剩4戶有爭議，不能說是推翻了結論。」他解釋：
2012.10.23張藥局位在道路交鋒處，如不拆除將有交通疑慮，苗縣府也已承諾會低價賣另一塊地作為補償，已做妥善處理。
柯成福是房屋與子女共享持份，但子女已領補償金走人，如果子女願意繳回補償金，保留自然沒有問題。
至於朱樹則是因房屋有一根柱子突出到道路上，其他人幾百戶都拆了，沒有留下朱樹家的理由，所以將用工程技術補強房舍，再拆除朱樹家的樑柱。
黃苗栗縣政府發布新聞稿公告計畫案園區招商進度與成果，2012年土地招商完成8成，目前該計畫案的園專區已有聯亞科、嬌聯、台積電3家廠商公開投標取得，皆非由建商取得。竹南科學園區特定區「園區事業專用區」土地共計5筆約22.55公頃，苗栗縣政府在2012年8月27日公告標售。2.3公頃1筆土地，由嬌聯公司以5億9千餘萬元得標。2筆面積共計14.32公頃土地，由台積電以平均每坪7.5萬元，總價32億1千餘萬元得標。嬌聯公司與台積電兩家公司投資設廠後，估計可提供逾萬個就業機會，促進地方繁榮。福記則是希望把農田配在房屋旁，這部分營建署大部分都做到，只有把一小塊地移到它處。
2012.11.8最高行政法院101年度判字第953號判決指出，內政部土地徵收審議委員會第210次會議初審意見表及會議紀錄，未落實就各該徵收案件之具體情形，核實審議需用土地人於申請徵收前已否確實踐行協議價購之程序？該土地徵收案件之徵收範圍是否為其事業所必需？是否就損失最少之地方為之？興辦事業所造成之損害與欲達成目的之利益有無顯失均衡？審議程序，即難謂適法，「因本件尚有如上事實未明，本院無從據以判決」，將原判決廢棄，發交原審法院重為審理。臺中高等行政法院101年訴更一字第47號更審
2012.12.20大埔自救會 4戶彭秀春、朱樹、柯成福不服行政院101年1月5日院臺訴字第1010120676號訴願決定，在向臺北高等行政法院提起行政訴訟，臺北高等行政法院判決駁回。（臺北高等行政法院101年度訴字第391號判決）
2013.6.11苗栗縣政府再度發文給4名仍有爭議的拆遷住戶，限期7月5日前自行拆遷，否則將強制拆除。
2013.6.29苗栗縣縣長劉政鴻受訪時表示，大埔區段徵收開發，屬縣政府職權，與副總統吳敦義、內政部無關，自己該扛的責任，絕無旁貸。
2013.7.2苗栗大埔自救會等以及聲援團體民眾，近百人北上行政院外靜坐抗議，要求原先原屋保留的承諾。希望行政院院長江宜樺能出面解決，信守當初原屋原地保留的承諾。
2013.7.3由於行政院曾發函給內政部、苗栗縣政府，要求「其所有之建物及基地同意原位置保留，基地部分辦理專案讓售」，但是2012年內政部都市計畫委員會決議拆除大埔自救會成員其中4戶彭秀春、朱樹、柯成福的房屋，黃福記的土地不予原地保留。自救會認為顯示曾參與大埔農地徵收協商的吳敦義，推翻過去所有的承諾。
對於苗栗縣長劉政鴻6月29日指出「大埔區段徵收開發，屬縣政府職權，與副總統吳敦義、內政部無關，自己該扛的責任會來扛」一事，台灣團結聯盟的祕書長林志嘉表示：2010年的協調會，苗栗縣縣長也是出席人員，各機關本就應以研商結論照辦，地方政府怎麼推翻決議，逕自強行迫遷，中央與地方有如黨豺為虐，再由地方政府拆屋鏟田欺壓人民，政府應重視人民的居住正義。
內政部營建署則對於苗栗大埔區段徵收開發4戶爭議表示，大埔自救會24戶成員中的陳情意見，除了彭秀春女士等4人的意見外，其餘地主的訴求均獲得解決。同日上午，苗栗縣政府則召開拆除說明記者會，解釋4戶無法原地原屋保留的原因，苗栗縣政府工商發展處長沈又斌指出，大埔區段徵收工程總面積136公頃，在2009年12月31日公告發布，至今3年半，工程進度已達96.8%，區段徵收參與945名地主，剩下10名地主、9處土地還未配合拆遷，已有810名地主完成配地，其餘地主需等工程完工才能配地點交；縣府為了此項開發案，向地方建設基金貸款總共45億元，若工程延宕，將影響地主配地點交作業，縣府也將繼續支付龐大利息費用。劉政鴻指出，為了顧及其他地主的權益，徵收工程不能延宕，彭秀春等4戶所提出的「建物原地保留」，基於公平性，交通公共安全，縣府無法配合。
2013.7.8苗栗縣政府發布新聞稿表示，大埔四戶中，關於張藥房彭秀春的部分，位在都市計畫道路上6坪房屋必須拆除。朱樹部分，因1.65坪鐵皮屋及樑柱在計畫道路用地上，僅須拆除1.65坪。黃福記，縣府依行政院「劃地還農」政策指示，不但原地保留、農地集中農售區，並且在第二次都市計畫變更時，又將臨公義路原位置保留，酌予增加面積298坪，土地調整較為方整，原面積691坪，增加到989坪。柯成福部分，因另一半產權人已領取補償費，柯成福無法取得同意，無法保留。
2013.7.18大埔自救會等團體北上總統府抗議，苗栗縣縣長劉政鴻趁大埔自救會北上抗議空檔，動員6百名警力迅速拆屋，警方為掩飾強拆行動搭用民間遊覽車至大埔。抗爭戶與聲援學生雖以鐵鍊纏身，誓言守護家園，但均遭抬離，縣府僅花三個多小時就將拒遷戶張藥房位於計劃道路的6坪建築夷為平地。其中警方先用怪手拆除朱樹1.3坪大的鐵皮屋，再拆掉約6坪大的張藥房，至於黃福記的庭院圍牆與柯成福的住宅隨後則同步被拆，大約中午12點左右，大埔四戶位於計劃道路上的部分遭拆除。四戶拆除的隔日，縣長劉政鴻表示趁大埔自救會北上時進行拆除是「天賜良機」。苗栗縣議會議長游忠鈿在2013年7月18日率領苗栗縣議會32位縣議員陪同竹南鎮大埔里民眾共120人北上，到立法院舉行「竹南科大埔都市計畫案執行情形」說明記者會，支持縣政府推動計劃案執行強拆。
2013.7.19在張藥房被拆除隔天，清大學生陳為廷前往劉政鴻家中潑漆。高喊：「劉政鴻強拆大埔，台灣人民抗暴！」但因受警車阻攔，3桶油漆全潑在地上，陳為廷等人隨即也遭到警方逮捕提告。
2013.7.23民眾前往衛生福利部，向出席揭牌儀式的總統馬英九喊口號抗議，其中政大地政系徐世榮教授及聲援的盧姓同學遭警方逮捕。
2013.7.24行政院國科會澄清該徵收地並非竹南科學園區範圍，也不是竹科管理局開發，該地純為苗栗縣政府開發計畫，無關科學園區，國科會也沒有規劃將大埔納為竹南科學園區擴廠。
2013.7.25大埔4戶不服101年12月20日臺北高等行政法院101年度訴字第391號判決被駁回，提出上訴，最高行政法院判決大埔自救會4戶敗訴（最高行政法院102年度判字第469號判決)，即行政院都市計畫合乎「劃地還農」，4戶位於交通用地的部分須拆除。
2013.8.6台中律師公會理事長林志忠等約三十名律師遞交連署書至法務部，表明大埔、華光等社運事件造成參與的學生教授等遭逮捕顯現「公權力踐踏言論自由」。
2013.8.9民進黨主席蘇貞昌拜訪大埔4戶時表示，「土地徵收必須符合絕對公益與必要」，而民進黨也在大埔案後拍攝「聲援大埔農民」短片；台北大學不動產與城鄉環境學系副教授廖本全說，蘇貞昌作為民進黨主席，應以同樣標準檢視自己；直指南鐵東移案是「南方的大埔案」，劉政鴻要求大埔4戶「相忍為地方」，賴清德也指控自救會「阻礙發展」，廖本全批評，「在未釐清開發合理與必要性時就談徵收，賴清德與劉政鴻有甚麼不同？」
2013.8.15:30多名台灣農村陣線的學生一早佯裝成陸客團，成功突入行政院，朝政院招牌砸藍、白、紅油漆，駐警反應不及，稍後學生遭警力強制抬出，現場一名公視記者亦遭警力驅離，並有2人遭移送法辦，最後皆無保飭回。
對於此事件，行政院發言人呼籲民眾要遵守民主法治原則，理性表達意見。台灣農村陣線則表示這是「人民呼喚公平正義的引信，是公民以非暴力行動要求『把國家還給人民』的燎原星火。」
2013.8.16雖申請路權被駁回，「捍衛苗栗青年聯盟」及「守護苗栗大聯盟」18時仍在苗栗縣政府前廣場舉辦「拆政府．守護苗栗音樂會」，訴求「道歉賠償、地歸原主、立即修法、嚴加查辦；政府拆大埔，人民拆政府」等，現場逾千人聲援。終場變調為蛋洗苗栗縣政府，並砸傷一名員警眼角。當天人也在現場的清華大學學生陳為廷，8月18日在臉書解釋，他們並非是一群不負責任、丟蛋快閃的群眾，更痛批縣長劉政鴻假放軟真算計，刻意營造弱弱相殘的衝突。甚至縣警局在晚會進行期間，一度主動告知知道大家有雞蛋。陳為廷提到，即便如此，劉政鴻還是選擇要少數員警站前方不動，「也不為他們準備護目鏡」。
2013.8.18#818拆政府、把國家還給人民
2013.8.19台灣農村陣線律師詹順貴等到最高檢察署遞狀告發劉政鴻涉嫌《貪汙治罪條例》藉勢藉端勒贖金錢、圖利及財產來源不明等三大罪狀，指其向台電威脅勒索10億元回饋金，還將自家祖厝所在的地目變更淨賺2億元，以強徵土地之名，行炒作土地獲取暴利之實，圖利自己和親友，在2年內償還5000萬元負債。詹順貴指出劉政鴻目無法紀的程度已經被民眾稱為「土皇帝」，在縣長任內一方面將工業用地變更為住宅用地，另一方面卻以工業用地不足為理由，強徵大埔的土地共136公頃，名義上是開發，但規劃內容卻只有22.5公頃作為「園區專用區」，他也強調，劉政鴻涉及的不只是弊案，其任內有竹南地政事務所主任賴紹本離奇死亡、大埔居民朱馮敏服農藥自殺等案件，建議特偵組查辦。
2013.8.21擔任「守護大埔巡守隊」隊長林一方，其經營的「竹南咖啡廳」，為參與大埔事件的社運學生、自救會成員常去的聚會場所，本日遭不明人士砸店。林一方找玻璃行安裝強化玻璃，沒想到玻璃行老闆24日傍晚6點才把強化玻璃安裝好，當晚就二度被砸店。林一方表示，這起事件是惡徒蓄意挑釁公權力，砸店1次還不夠，刑事案件的偵辦過程中，居然又砸第2次，這樣的事件不僅危害人民的財產安全，更威脅人民的生命。
2013.8.22行政院院長江宜樺聽取內政部報告「苗栗大埔農地開發案處理情形」後，針對大埔自救會等民間團體之訴求作出回應，他表示，民主政治的基本精神是「不能把個人或個別團體對某修法的看法，當作絕對正義；若訴求不一致，就當作惡法」。大埔自救會相關訴求均已經討論，或經修法入法、或窒礙難行，行政院已請內政部蒐集相關修法意見，保留未來修法的空間。江揆並表示，大埔事件從2009年至2013年分成兩階段，第一階段是徵收範圍中央的二十幾戶農民農地徵收爭議，第二階段則是位於交通要道的4戶住宅是否應保留的眼前爭議，經研議決議拆除。
- 區段徵收問題：土地徵收條例已經大多數訴求都修正入法，兼顧必要性和公益性；少數訴求如廢除土徵條例則不適當。
- 土地徵收審議小組組成問題：機關代表可少於二分之一，但若全由學者專家及公益團體代表組成則窒礙難行。
- 由中央主管機關舉辦聽證會問題：內政部一年徵收案件達上千件，若必須全部由內政部舉辦，實務上明顯不可行。
- 土地徵收案由三名估價師估價問題：會有估價師協會負荷量及估價結果是否代表政府公權力等問題。
2013.8.26因應苗栗大埔案，民眾要求廢除《土地徵收條例》之呼聲，內政部次長林慈玲邀集土地徵收審議小組委員召開座談會，會中決議，認為區段徵收有其必要性，不宜輕言廢除。未來土地徵收審議案，對於都市計畫若擬以區段徵收開發案件，以及特定興辦事業計畫、30公頃以上大面積徵收案，將在內政部土地徵收審議委員會內組成專案小組先行審查，而專案小組可視實際需要決定是否進行現場勘查、聽取土地所有權人及利害關係人意見。若徵收範圍內所有權人有異議時，先由中央目的事業主管機關，先就事業計畫舉行聽證；若土地徵審小組認為仍有必要時，再由內政部依《行政程序法》舉行聽證，以強化民眾參與機制，期土地徵收案審議更為周全及嚴謹，未來將以更謹慎的態度確認區段徵收公益性與必要性。不過由於大埔案屬「區段徵收開發案件」，但因為已完成徵收並拆除完畢，故大埔案不適用，但未來類似的案件就要適用。
2013.8.30苗栗大埔農地徵收更審案，8月8日兩造於臺中高等行政法院進行言詞辯論後，法官裁定在8月30日宣判。然而原本預計8月30日上午宣判，因為臺中高等行政法院合議庭認為案件事實尚有欠明瞭之處，故並未宣判，並另改定9月24日開庭再調查事實。
2013.9.18大埔拆遷戶張藥房老闆張森文上午失蹤，家人報警協尋，搜救人員最後在附近排水溝渠找到他的遺體。
2014.1.3臺中高等行政法院101年訴更一字第47號更審判決(正義法官.必勝.萬歲)
