二代健保實施後，雇主的負擔究竟有多少？衛生署表示，雇主總負擔是依健保總收入來計算其中的35.5%，民國100年健保總收入突破5,000億元，雇主總負擔也要達到1,700億以上。

由於費率、費基都尚未確定，初步估計費率調整前，雇主負擔約1,300多億元，費率調整後，年負擔漲至1,700多億元；進入二代健保後，保費再繼續漲。衛生署表示，二代健保的雇主費率不由衛生署決定，是由各界代表組成的監理委員會決定，衛生署提出的費率只是初估的、試算的費率。

衛生署說明，依據主計處統計98年全台總薪資為3兆2,608億元，計算出企業健保費率為4.35%，各企業只要以全公司的薪資總額乘上4.35%，就得出該企業應繳二代健保保費。

衛生署表示，在二代健保實施後，依當年度健保總收入的35.5%，做為企業主總負擔，衛生署強調，估計未來二至三年內這項比重並不會變動。