1998年台灣高鐵公司成立，殷琪意氣風發出任董事長，2000年網路票選「現代10大女神龍」，她以「特立獨行、美麗自信」排第一，如今財務現實問題，讓她光環盡失，黯然下台。

殷琪繼承父親大陸工程事業，在台灣營造業界頗有口碑。建高鐵是殷琪的夢想，一路走來雖跌跌撞撞，但夢想終究實現，高鐵也改寫台灣交通發展史，成就台灣一日生活圈。雖然財務問題成了高鐵營運最大絆腳石，但不可否認，殷琪對高鐵仍有一定貢獻。

當年以規模不算大的大陸工程主導投資高鐵，即使外界諸多質疑聲浪，殷琪仍展現女強人行事風格。除了公領域，殷琪的私領域也是媒體焦點，無論婚姻、生子、信仰，在在充滿話題。

面對高鐵BOT案，殷琪的「特立獨行」難以施展，去職終成定局。BOT強調政府與民間合作，但高鐵興建期間，殷琪與政府交涉過程，發現彼此認知差距很大。

高鐵動工3年後，殷琪首次對融資問題提出看法，她認為金融法規對單一客戶授信額度、授信年限及融資額度等限制，在獎勵民間參與交通建設條例雖已排除，但是國內金融機構在實務作業時仍極端保守，話中透露對金融機構諸多不滿。

此外，政府效率也令殷琪無法認同。曾有立委質疑，台灣高鐵要求政府投資高鐵，違反台灣高鐵「零出資」承諾。殷琪憤而召開記者會，批評立委對高鐵案捕風捉影，行政部門決心不足，甚至指台灣高鐵最大風險都是政府。她也曾說，在工作崗位上流汗比在政治舞台上流口水有貢獻。

2001年高鐵路線造成南部科學園區振動問題，曾讓殷琪不滿政府態度影響募資，要求交通部、國科會共同面對錯誤決策。

高鐵興建期間雖有風雨，也兩度延後通車，最終還是在2007年正式啟動，但運量未如預期、股東信心不足，都讓台灣高鐵財務黑洞愈滾愈大。在最後攤牌時刻，殷琪難再特立獨行，基於照顧更多股東權益，下台已成她唯一的出路。