『危險心靈』描述現今國中生在面臨教育改革的衝擊與升學壓力之下，與學校師長、教育制度和青少年內心情感所發生的衝突與成長。劇中的主人翁們面臨親情、友情和愛情的考驗，並掙扎在找到真實自我與大人所鋪好的順利未來的選擇中。
在一封黑函的來襲下，小傑注意到了沈韋，一個得了腦瘤的同班同學，在學校的壓力，同學對他的不理不睬，沈韋被迫轉班，小傑才瞭解到原來終日的補習、考試，並非是求學的真正目的；問題人物高偉琦、艾莉的出現，更使得原本是師長口中好學生的他輕而易舉地踏進了這個與所謂的好學生沾不上邊的世界。原本感情瀕臨破滅的小傑父母，也因為小傑與導師發生衝突後引起的一連串事件，開始重新溝通，瞭解彼此。小傑與他身邊的親人好友開始思考自己人生的方向、重新檢視自己，究竟什麼是自己想要的，因而引發了許多與親人、師長與學校的衝突和交流…
人們口中所謂的「大人」總是以他們自己的角度來看孩子的教育與未來，危險心靈是一部以青少年的觀點來出發的戲劇，提供成年人用另一個觀點重新思考的空間。