第二次總廠制時期

大廠制實行之後，由於總廠與糖廠之間權責、督導、協調、聯繫等情況未符合改制理想，遂從1972年7月恢復總廠督導制，而嘉義、麻佳、高雄總廠先後遭到撤銷，烏樹林、小港兩糖廠撤銷，不過在小港糖廠舊址改設小港副產加工廠。而除了這些改變之外，台糖所作的改變還有恢復月眉糖廠的建制，並完成屏東紙漿廠的建設。

公司直轄時期

1985年9月1日，總廠督導部門撤銷，行政管理事項由台糖公司直接辦理，而台糖在1986年5月1日時，在董事會、總經理、副總經理之下設有的單位如下：

• 各種委員會
• 秘書處、人事處、財務處、會計處、資訊處、資產處、物料處、業務處、副產處、工務處、土木處、畜殖處、農務處、企劃檢核處
• 營業所：臺南、臺中、臺北區
• 高雄營運處
• 生產技術服務處
• 訓練中心
• 副產加工廠：新營、埔里、小港
• 畜產研究所、糖業研究所
• 總廠：虎尾、新營、屏東
• 糖廠：臺東、花蓮、溪湖、月眉、臺中、斗六、北港、大林、南靖、岸內、蒜頭、麻豆、佳里、善化、永康、玉井、高雄、仁德、旗山、南州