根據世界各國質子治療文獻統計,整體而言,質子治療對於肝癌3~5年的局部控制率為80~90%,5年整體存活率為20~40%。雖然病人整體存活率取決於各種不同因素,但若能提升腫瘤局部控制,對病人整體病情與生活品質也有一定的幫助。也有臨床研究比較質子治療與其他肝癌局部治療的效果,2021年一篇針對局部復發的肝癌研究發表在肝臟醫學的重要期刊《Journal of Hepatology》,研究顯示,針對局部復發的肝癌病人,分別接受電燒或質子治療,兩組在治療後兩年的局部控制率皆可達到80~90%。雖仍需要更多研究證實,但也顯示質子治療的治療效果與安全性不亞於電燒。